Но ничего нельзя было поделать до тех пор, пока Иоанне не удастся отделаться от навязчивых ухаживаний Роберта. Папа, в последний момент, отговорил  его брата Людовика от нападения на столицу, пообещав одобрить брак с королевой. "Если Вы прислушаетесь к нашим наставлениям и послушаетесь их, воздержавшись от нынешних беспорядков, мы поступим в отношении Вас настолько благоприятно, насколько это возможно в тех делах, о которых Екатерина, ваша августейшая мать, нам писала", — сообщал Климент[153]. Хотя Роберт видел, что влияние матери работает на пользу его младшего брата, он по-прежнему был полон решимости жениться на королеве. Несмотря на уговоры Иоанны и Папы, предупреждавшего, что его постоянное присутствие в Кастель-Нуово подстрекает венгров, старший принц из дома Таранто упрямо отказывался покинуть замок, и пока Роберт находился там, у Иоанны было мало надежд на объединение королевства.

Однако, 4 октября, после болезни, длившейся всего несколько дней, и через несколько часов после отлучения от Церкви за отказ выдать властям Карла и Бертрана д'Артуа, константинопольская императрица совершенно неожиданно скончалась. Хотя участие императрицы в заговоре против Андрея так и не было доказано, ее влияние на события, последовавшие за убийством, было несомненным. Она и Никколо Аччаюоли вместе выбрали возможного преемника Андрея, защищали, по крайней мере, одного из его убийц и обеспечили победу дома Таранто над домом Дураццо. Безжалостная, целеустремленная, с прагматичным взглядом на политические выгоды, Екатерина по способностям превосходила всех своих сыновей, и после ее смерти обязанности главы дома Таранто пришлось принять на себя Никколо Аччаюоли.

Смерть тети предоставила Иоанне возможность, которую она так долго искала. По приказу королевы похороны Екатерины должны были состояться 8 октября в церкви Сан-Доменико, в самом центре старого Неаполя. Когда, как и ожидалось, Роберт Тарентский выехал из Кастель-Нуово, чтобы отдать последние почести своей матери, Иоанна была уже готова. Согласно Доменико да Гравина и Chronicon Siculum, она со своей стражей быстро выгнала из замка челядь своего кузена, а затем приказала закрыть и запереть ворота. Когда вечером Роберт вернулся, ему было отказано во въезде. Таким образом королева избавилась от одного нежелательного претендента.

Но она не стала сразу же бросаться в объятия младшего брата Роберта, так как это лишь еще сильнее подстрекнуло бы венгров к вторжению, а Иоанне нужно было время. Вместо этого она прибегла к практике своей бабушки и обратилась к Клименту с просьбой разрешить ей окружить себя четырьмя сестрами из близлежащего монастыря клариссинок. 30 октября Папа удовлетворил эту просьбу. Когда 20 ноября папский легат, кардинал Бертран де Де, после длительного турне по Италии наконец добрался до Неаполя, то он тоже обосновался в Кастель-Нуово.

Хотя первое начинание кардинала было благосклонным — 6 декабря он повторил церемонию возведения Карла Мартела в герцоги Калабрийские, тем самым дав официальное одобрение Церкви политике королевы и узаконив ее сына как наследника трона, — Иоанна понимала, что присутствие легата в Неаполе означает, что она больше не сможет защищать Филиппу и Санцию от казни. Обе женщины уже были осуждены, а у Бертрана де Де были свои инструкции. Если бы королева воспротивилась его указаниям, она рисковала бы вызвать гнев Святого престола в тот момент, когда Неаполитанскому королевству нужны были все союзники, которых оно могло заполучить. У королевы не было иного выбора, кроме как пожертвовать своей приемной матерью и одной из самых близких подруг, несмотря на вполне обоснованную отсутствием доказательств уверенность в том, что они невиновны в преступлении, в котором их обвинили.

29 декабря Филиппу ди Катанья и ее внучку Санцию пытали и сожгли. Боккаччо сообщает, что их обнаженными и "привязанными к столбам, везли в повозках через весь город"[154], но Джованни да Баццано, другой хронист того времени, выражается более определенно. "Санцию, которая перенесла пытки… но спокойно и неоднократно отрицала обвинения, привезли на берег моря недалеко от Кастель-Нуово. Там ее подвесили к венцу мачты галеры, облили серой и кипящей смолой, а затем сбросили в море рядом с судном… Не в силах сопротивляться такой пытке, она призналась"[155]. Филиппа, к счастью, похоже, умерла от пыток задолго до того, как попала на костер, но Санция, более молодая и выносливая, пережила весь этот мучительный процесс: "После этого ее [Санцию] выставляли то тут, то там, растягивали на раскаленных углях и пытали щипцами, пока ее внутренние органы не сгорели и она не испустила последний вздох"[156], — заключает хронист.

Нет никаких сведений о личной реакции Иоанны на мучения, которым подверглись в этот день те, о ком она заботилась больше всего на свете.

Но несмотря на повторяющиеся пытки, ни одна из женщин никогда не назвала королеву соучастницей в убийстве своего мужа.

После прибытия легата события развивались стремительно. Как и следовало ожидать, казнь последней партии осужденных убийц ни в коей мере не остановила венгерскую агрессию. В течение нескольких недель после бесполезной смерти Филиппы и Санции Людовик Венгерский и его младший брат Стефан организовали военный совет с императором Священной Римской империи, королем Польши, сыном короля Богемии и другими многочисленными сеньорами, графами и баронами. Англичане же в это время были заняты осадой города Кале. На встрече 24 января и еще одной позже в феврале присутствующие заключили союз с целью отомстить за смерть Андрея. Каждый из них обещал прибыть на сбор 22 апреля, в день праздника Святого Георгия, с войсками и припасами в ожидании вторжения в Неаполь. 27 марта Людовик Венгерский отправил в Авиньон официальное объявление войны королевству Иоанны.

Климент отреагировал на это, усилив давление на своего легата, чтобы тот выполнил двойную задачу: забрал Карла Мартела у матери и осудил и казнил кого-либо из членов королевской семьи, предпочтительно саму Иоанну, что, по мнению Папы, еще могло бы остановить короля Венгрии. Бертран де Де, то ли из-за трусости, слабости, некомпетентности, то ли из-за искреннего нежелания преследовать тех, кого он считал невиновными, не смог достичь этих целей. Почти сразу после прибытия, легат доложил Клименту, что "принцы невиновны"[157], но это не удовлетворило понтифика, который заподозрил, что кардинал уклоняется от преследования королевской семьи в Неаполе, опасаясь репрессий. "Очень важно, чтобы Вы провели активное и надежное дознание в отношении королевы и принцев в соответствии с указаниями, которые мы Вам отправили. Наше намерение, конечно, не состоит в том, чтобы подвергать Вашу жизнь какой-либо опасности. Но если это дело не может быть безопасно или практически осуществлено во дворце, или в Неаполе, или в одном из поместий королевы, то совершенно необходимо, чтобы Вы непременно сделали это… и мы верим, что Ваше благоразумие направит Вас"[158], — ответил Климент своему представителю в письме от 17 февраля 1347 года. Что касается первоначального впечатления легата о невиновности королевы и ее семьи, Климент продолжил: "Мы весьма рады это слышать, но тем не менее Вам не следует прекращать дознание".

Кардинал так же безуспешно пытался убедить Иоанну отдать своего ребенка на попечение Церкви. Папа, очевидно, реагируя на информацию, полученную ранее от легата, который имел достаточно времени, чтобы наблюдать за Иоанной с сыном, попытался склонить Бертрана де Де к действию, написав, что если Карл Мартел будет вывезен из королевства, "ничто не вызовет подозрений в отношении королевы, которая любит, заботится и воспитывает своего ребенка с необычной материнской нежностью"[159].