На Адмиралтейской части одной из первых, в 1706 году, была построена деревянная церковь Св. Исаакия Далматского (выбор святого был обусловлен тем, что день его памяти совпадает с днем рождения Петра I). Пётр отдал приказание найти подходящее помещение для будущей церкви. Было выбрано здание большого чертежного амбара, расположенного с западной стороны Адмиралтейства на расстоянии 15–20 м от Адмиралтейского канала и в 40–50 м от берега Невы. Получился сруб из круглых бревен длиной до 18 м, шириной 9 м и высотой до крыши 4–4,5 м. Внешние стены были обиты горизонтальными досками шириной до 20 см.

В этой скромной церквушке 19 февраля 1712 года венчались Пётр I и Екатерина Алексеевна. Вот что было написано в походном журнале в этот день: «В наступившем году, уже не представлявшем ожидания невзгод, Пётр I обвенчался с Екатериной Алексеевной 19-го, во вторник, на всеядной неделе. Венчание его величества совершено утром в Исаакиевском соборе. В 10 часов утра высокобрачные при залпах с бастионов Петропавловской и Адмиралтейской крепости вступили в свой зимний дом».

В 1717 году на месте прежней Исаакиевской церкви начала возводиться другая, каменная, по проекту Маттарнови. Она была окончена только в 1727 году. В честь Полтавской виктории, одержанной 27 июня 1709 года – в день Св. Сампсония, – в 1710 году на Выборгской стороне была заложена Сампсониевская церковь.

В 1721 году на территории Партикулярной верфи была возведена мазанковая Пантелеймоновская церковь, в честь побед в морских сражениях при Гангуте (1714 г.) и Гренгаме (1720 г.). Оба сражения были выиграны в день св. Пантелеймона – 27 июля. По всему городу шло возведение полковых и слободских церквей.

Пётр еще в 1704 году высказывал идею основать в Петербурге монастырь. В 1710 году, 13 июня, был взят Выборг, и таким образом была достигнута безопасность столицы со стороны ближайших границ. После этого государь, будучи в Петербурге, в июле 1710 года «осматривал место, где быть строениям». Тогда и указано было «непременно на том месте быть Монастырю». Определено было именовать монастырь «Живоначальныя Троицы и Святого благоверного Великого князя Александра Невского» и быть по правую сторону Черной речки. Пётр выбрал это место потому, что ошибочно посчитал его местом сражения князя Александра Невского со шведами в 1240 году.

20 февраля 1712 года Пётр Первый приказал объявить архимандриту Феодосию (Яновскому), «дабы начинал на осмотренном месте строить монастырь». Тогда же даны были и средства для постройки – именно к будущему Петербургскому монастырю был приписан богатый Иверский монастырь со всеми вотчинами и доходами. Кроме того, на построение и содержание в монастыре госпиталя к нему была приписана половина монастырских вотчин Олонецкого уезда. Крестьяне освобождались на 3 года от податей и подводной повинности. Точная дата начала работ скоро была утрачена из памяти. Справка из Канцелярии Невского монастыря, данная в 1723 году, устанавливает дату начала работ уже на основании изысканий в документах и относит ее к середине июня: «деревянное строение началось в 712-м году, а по уговору с плотниками значит июня 14-го дне». «В том же году заложена церковь деревянная на том месте, где водружен был крест и часовня стояла. В 1713 году оная церковь совершилась, и марта 25-го дня, при присутствии Царскаго Пресветлаго Величества с его высоким синклитом, во имя Благовещения Пресвятыя Девы Богородицы оная церковь освящена, и того дня Царское Пресветлое Величество, со всеми при нем обретающимися, в новом Монастыре изволил пировать». День 25 марта 1713 года, когда впервые в стенах обители совершена литургия, и является днем, с которого обитель должна считать начало своего бытия.

Пётр стремился сделать новый монастырь образцово-показательным примером новой русской церкви. Проект архитектурного комплекса был разработан два года спустя под руководством Доменико Трезини. Невский монастырь виделся Трезини как симметричный ансамбль каменных строений, занимающих участок между Невой и Черной речкой.

25 октября 1721 года открыли школу для детей священнослужителей. «По содержанию Его Императорского Величества указов и Духовного регламента» указано было «учредить во общую пользу при Александро-Невском монастыре для учения юных детей чтения и писания Славянскую школу, в которой, как того монастыря служительских детей, так и сирот, не имеющих родителей и своего пропитания, и посторонних, кто кого отдать похочет, принимая от 5-и до 13-и лет, – учить Славенского чтения и писания по новопечатным Букварям, и потом и грамматике». Главным учебным пособием был «Букварь или начальное учение отроком» Феофана Прокоповича.

В 1724 году сюда с великими почестями перевезли прах Александра Невского, рака которого стала одной из святынь парадиза. Во всех церквях Петербурга священники были обязаны читать проповеди в защиту строительства новой столицы. Также для того, чтобы защитить людей от «лихоимства», с 1720 года по велению царя в церквях стали зачитывать указы Сената и Камер-коллегии о сборе податей.

Пётр стремился сделать Петербург символом нового, синодального периода существования православной церкви. Как и во всех других случаях, он стремился регламентировать жизнь духовенства до мелочей.

После 1714 года отставных солдат начали размещать при монастырях: после 25-летней службы многие теряли дома и семьи, многие становились инвалидами. Другие указы запрещали уходить в монастыри тем, кто бы полезен государству: лицам моложе 30 лет, женатым людям, сыновьям без разрешения родителей, солдатам без дозволения начальства, крестьянам без «отпускного письма» от помещика и т. д. Так именно с петровского времени монастыри начинают превращаться в приюты для одиноких старых солдат, инвалидов и убогих. Им отводились земли, «дабы сами себе хлеб промышляли».

Отношения царя с духовенством были напряженными – он заставил их давать присягу, превратив архиереев в государственных чиновников, переплавлял колокола на пушки, в 1721 году учредил Святейший Синод. Странное дело – окончательное юридическое слияние церкви и государства, свершившееся при Петре, привело к секуляризации государства и общества. Это сказалось на дальнейшем развитии петровской столицы. Роль церкви в жизни Петербурга, несмотря на всю свою значительность, так никогда и не стала определяющей. Петербуржец с первого дня был светским человеком.

29 июня 1703 г. состоялся первый официальный праздник в истории Петербурга. Пётр отпраздновал свое тезоименитство именно здесь: «Праздник апостолов Петра и Павла, ЕЦВ изволил торжествовать c набожеством и веселием звычайным в вышепомянутой Санктпитербурхской крепости». В этот день в центре Петропавловской крепости была заложена небольшая деревянная церковь во имя апостолов Петра и Павла, на месте которой в 1712–1732 годах был возведен каменный собор, который служил усыпальницей русских императоров.

Именно в подобные первые дни складывались многие традиции города. С лета 1703 года пушка на Государевом бастионе Петропавловской крепости сообщала о начале и прекращении работ. Уже в 1704 году на Государевом бастионе под пушечный залп поднимали и опускали флаг, который был поднят «от пробития утренней зари до вечерней». Позднее с крепостного вала Адмиралтейства пушка стала оповещать о подъеме воды в Неве во время наводнений.

Первые годы, до приобретения столичного статуса, праздников в Петербурге было немного. Чаще всего это были торжества, связанные с закладкой и спуском на воду на Адмиралтейской верфи нового корабля. По сигналу пушки все гости отправлялись в Адмиралтейство. Главный корабельный мастер вбивал гвоздь в киль и мазал его смолой. То же самое делал царь и остальные гости. Это сопровождалось непрерывной стрельбой из пушек. После закладки корабля царь со свитой следовали во «флагманскую залу» (в которой хранились трофейные шведские знамена) и устраивали там пир.

При спуске корабля Пётр в адмиральском мундире сам подрубал одну из подпорок, после чего корабль скользил в воду. Раздавались пушечные выстрелы, народ, собравшийся по обеим берегам Невы, ликовал. После этого на корабле устраивалось торжество. В верхних каютах накрывали стол для дам, в нижних – для мужчин. За столом по правую руку сидели те, кто строил корабль, по левую – высшие сановники государства. Часто к столу подавали «корабельные блюда»: копченое мясо, зельц, ветчину, языки, морскую рыбу, масло, сыр, сельдь, устриц, лимоны и апельсины, сухари, пиво и раков. Пир продолжался допоздна, причем часовые никого не выпускали с корабля без царского дозволения.