Возвращая утраченное и обновляясь, Русская Православная Церковь вступила в XXI век и в третье тысячелетие от Рождества Христова.

Конечно же, отметив год назад вступление в новое тысячелетие, человечество признало, что оно начинается не в 2000 году, а в 2001-м — чтобы можно было ещё раз отпраздновать столь громкую дату. И Церковь не стала спорить с человечеством.

Начало года ознаменовалось особым событием. Такого никто не мог припомнить! Власть России осыпала представителей Церкви целым дождём государственных наград. 16 января в Екатерининском зале Кремля президент Путин вручил ордена Почёта и Дружбы целому ряду архиереев, священников и мирян. Причём Патриарх Алексий заранее попросил Владимира Владимировича его самого не награждать, и Путин лишь отметил большой вклад Предстоятеля в духовное и нравственное возрождение России и укрепление гражданского мира.

21 января Святейший выступил с докладом на IX Международных Рождественских чтениях. Сначала он поздравил собравшихся с наступлением нового тысячелетия, а затем обратился к критике современного общества:

— С чем же вступает в новое тысячелетие мировая цивилизация? Она добилась немалых успехов на пути овладения научными знаниями и технологиями. Пронизанный всеохватывающими телекоммуникационными связями мир как будто стал меньше. Рушатся преграды между странами и людьми. Всё больше полномочий передаётся наднациональным структурам управления. Но приблизились ли люди друг ко другу в результате всех этих процессов? Становятся ли отношения между ними чище, откровеннее, теплее? Остаётся ли в нынешней многосуетной жизни место для любви и сострадания? Приведут ли технологические, информационные и политические нововведения к выходу из духовного кризиса, отягощённого экономическими и экологическими проблемами? Может ли истинно нравственная система ценностей основываться на приоритете пользы и равнодушии к духовной истине? Стремление к неограниченному потреблению, столь характерное для западного мира и, к сожалению, воспринятое известной частью нашего общества, может разрушить коренные основы взаимопонимания между народами. Абстрактные либеральные идеи не помогут устранить противоречия между интересами «золотого миллиарда», пользующегося львиной долей мировых ресурсов, и несчастьями множества людей, выброшенных на обочину жизни...

К 2001 году в Церкви назрела ещё одна — и весьма неожиданная! — проблема. Разгорелись яростные споры вокруг ИНН. Идентификационный номер налогоплательщика, сокращённо ИНН, это цифровой код, упорядочивающий учёт налогоплательщиков, который с 1993 года присваивался организациям, с 1997-го стал присваиваться индивидуальным предпринимателям, а с 1999 года прочим физическим лицам, то бишь всем. После этого появилось огромное количество православных, которые стали утверждать, что сие и есть то самое «число зверя», о котором говорится в Апокалипсисе, что каждый, принимающий ИНН, принимает «число зверя», то есть по ведению или неведению заключает договор с врагом рода человеческого и отрекается от Христа. Большинство более трезво относилось к обычному государственному нововведению, не видя в нём ничего сатанинского, ведь были некогда и противники паспортов, считавшие сей документ богомерзким. Казалось, проблема выеденного яйца не стоит. Однако к 2001 году страсти разгорелись нешуточные, запахло новым церковным расколом между ярыми противниками ИНН и теми, кто оставался спокоен.

В феврале 2001 года по благословению Святейшего Патриарха в Троице-Сергиевой лавре прошло расширенное заседание Синодальной богословской комиссии, на котором обсуждалась эта проблема и было вынесено постановление о том, что ИНН не является печатью антихриста.

Святейший Патриарх не прекращал попыток наладить отношения с зарубежниками, но пока ему приходилось с горечью говорить об отсутствии хороших отношений. Зарубежная Церковь продолжала обвинять Московский Патриархат в сергианстве и экуменизме, и Алексий II решительно возражал зарубежникам.

В конце июня Патриарх совершил свой четвёртый пастырский визит в Белоруссию, где его почти постоянно сопровождал президент Александр Григорьевич Лукашенко, который в то время активно повернулся в сторону Православия и был самым верным другом Москвы.

В это же время, несмотря на открытые протесты со стороны Русской Православной Церкви, на Украине с визитом находился римский папа Иоанн Павел II. Митрополит Украинской Православной Церкви Московского Патриархата от встречи с ним отказался. Раскольничий «патриарх» Филарет (Денисенко), который в то время особенно активизировался, надеялся на полную поддержку Иоанна Павла, однако так и не получил её.

В июле Святейший посетил Чувашию, открывал и освящал храмы, участвовал в праздниках, катался на теплоходе по Волге, даже летал на вертолёте вместе с чувашским президентом. Любопытная новость пришла в те дни из Японии, где двое авторитетных учёных Татцуо Нагаи и Ташуо Оказаки огласили результаты своих исследований и доказали, что екатеринбургские останки, которые под руководством Ельцина в 1998 году были с помпой захоронены в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга, на самом деле не принадлежат царю Николаю II. Тем самым была доказана осмотрительная мудрость Патриарха Алексия II, отнёсшегося три года назад скептически к найденным останкам и отказавшегося участвовать в их захоронении, признав деяние Ельцина фарсом.

В августе с благословения Святейшего Патриарха произошла канонизация особенного святого — флотоводца-адмирала Фёдора Ушакова. Многие годы свидетельства о его святости собирал председатель Союза писателей России Валерий Николаевич Ганичев, общение которого с Алексием II не прекращалось с девяностых годов. Прославление святого праведного Феодора проходило в Мордовии, где в Санаксарском монастыре окончил свои дни адмирал, не проигравший ни одного морского сражения, мало того, не потерявший ни одного корабля!

С 12 по 14 августа 2001 года Святейший Патриарх побывал в третий раз в Тюменской епархии. Нефтяники Западной Сибири охотно принимали Предстоятеля, поддерживали Церковь материально.

Вскоре после возвращения из Западной Сибири он летал на север и с 20 по 22 августа вместе с Путиным посетил Соловки. Президент и Предстоятель вместе поклонились мощам основателей обители преподобных Зосимы, Савватия и Германа Соловецких в надвратном Благовещенском храме, посетили местный музей, откуда прошли в главный храм Соловецкой обители — Спасо-Преображенский собор.

Президент и Предстоятель осмотрели Соловецкие острова с воздуха, пролетев на вертолёте на остров Анзер — второй по величине остров архипелага, где находится Голгофо-Распятский скит, построенный на вершине горы, носящей название Голгофа. В страшные времена сюда привозили больных тифом и оставляли здесь умирать.

Возвратившись в монастырь, Патриарх и президент ответили на вопросы журналистов. Путин, находясь в особом состоянии духа, не стеснял себя правилами политеса, говорил так, как подобает говорить правителю великой России:

— Испокон веков нашу страну называли Святой Русью, и в это название прежде всего вкладывался большой нравственный смысл. В нём подчёркивалась особая роль, которую Россия взяла на себя добровольно как хранительница истинных христианских ценностей. Трудно не согласиться с теми, кто утверждает, что без Христианства, без Православной веры, без возникшей на их базе культуры вряд ли состоялась бы Россия. Поэтому сегодня, когда мы ищем нравственные основы нашей жизни, очень важно и своевременно возвратиться к этим первоистокам.

Вечером, в канун дня памяти преподобных Зосимы, Савватия и Германа Соловецких, в Спасо-Преображенском соборе Святейший совершил всенощное бдение. Путин, не стесняясь, молился, трепетно приложился к мощам Соловецких чудотворцев, подошёл к елеопомазанию. Предстоятель обратился к нему с отеческим словом: