После издания «Истории Русской Православной Церкви» митрополита Макария и возникла идея начать издание полномасштабной «Православной энциклопедии». Кравец принялся издавать её под непосредственным руководством Предстоятеля.
Сергей Леонидович представил и замечательные воспоминания о самой личности Святейшего: «Патриарх Алексий II был абсолютно не материальный человек. У него были различные религиозные предметы, которые ему постоянно дарили, передавали по завещанию почившие архиереи. Что-то осталось из семейных реликвий. Но не было собрания. Были отдельные вещи. Он не был коллекционером по натуре, не был ни в какой мере стяжателем. Интереса у него к этому всему не было совершенно никакого. Выставки эти не были его инициативой. И сам Патриарх не принимал в их устроении практически никакого участия, отбирали экспонаты другие люди, наши сотрудники. У него вообще не было интереса к вещам. Один раз он показал мне домашнюю фотографию начала 2000-х годов, на которой он был изображён в рубашке с надписью “Ленинград”. То есть ей было уже более двадцати лет как минимум. Ему это было абсолютно всё равно: что дали, то он и надел. Он был чужд всякого вещизма. На одном из юбилеев один из наших попечителей — руководитель крупного банка — решил сделать Патриарху Алексию подарок. Он подарил ему “неразменную” банковскую карту сроком на два года. Сколько с неё ни трать, на ней всегда останется та же сумма денег. Так вот за эти два года Патриарх потратил с неё 25 с половиной долларов. Находясь на отдыхе, он один раз купил фотоплёнку и один раз купил четыре порции мороженого, угостив бывших с ним гостей.
Патриарх Алексий не был выдающимся оратором, он не был и острым на слово человеком, но он находил какие-то вполне простые и традиционные приёмы и слова, которые очень сильно действовали на окружающих, западали в душу. Некоторые такие моменты я действительно часто вспоминаю. Например, когда одно из наших общецерковных учреждений буквально разваливалось на глазах и, казалось, что с ним уже ничего нельзя сделать, обсуждался вопрос о его ликвидации. Патриарх тогда сказал: “Я ничего закрывать не буду. Всё должно выжить или не выжить само”. Прошло несколько лет, и учреждение действительно не только выжило, но и стало развиваться дальше. Именно тогда мне пришла в голову мысль, что Патриарх Алексий в этом очень напоминает Кутузова из романа “Война и мир”, который говорил: “Я не принимаю решений, я ничего не инициирую. Я помогаю тому, что мне кажется разумным, и не помогаю тому, что мне кажется не разумным”. Всё должно развиваться в какой-то степени из себя, изнутри, можно помочь, но нельзя придумывать за других и принуждать к чему-либо.
Другое яркое воспоминание связано с одним из разговоров с Патриархом Алексием. В беседе с ним я что-то говорил, видимо, с таким нажимом и энтузиазмом, что Патриарх мне сказал: “Подумай сам, ведь когда ты предстанешь перед Судом Божьим, тебя же не будут спрашивать, сколько языков ты знал, защитил ли ты диссертацию, сколько издал энциклопедий. Тебя будут спрашивать об очень простых вещах, о которых нельзя забывать: ты мог помочь и не помог, ты мог прийти к кому-то с поддержкой и не пришёл. Речь пойдёт об этом”. И это было очень отрезвляюще. Люди, связанные с наукой, часто приходят в такой, своего рода, образовательный экстаз, когда яркость ума, острота слова, глубина исследований становятся главными критериями оценки в жизни. Это одна из причин того, что мы часто не слышим друг друга. Люди из исследовательского мира часто не представляют, какими могут быть нравственные ограничения на научные исследования. Патриарх Алексий всегда имел в виду эту эсхатологическую перспективу. Он всегда жил в перспективе того, что скоро эта “командировка” закончится и начнётся жизнь вечная.
Он очень не любил судить. Когда речь заходила о каких-то персоналиях энциклопедии, Патриарх Алексий говорил: “Пишите всё, что есть, но не берите на себя функцию судьи. Это очень тяжёлая, очень неблагодарная и полная огромного риска ошибки сфера”. Он часто заступался за тех, кто вызывал нарекания, не потому что считал их невиновными, а просто считал, что это не его дело — судить, виноват человек или нет, но он должен ему помочь. Несомненно, были вещи, из-за которых он иногда сердился и негодовал. Обычно это было связано с ложью и хамством».
Да, с годами, по воспоминаниям многих людей и его собственным признаниям, Святейший нередко стал впадать в гнев. Каялся в этом. Мог накричать на кого-то из ближайшего окружения за то, что тот совершил промах, поленился, соврал, недоделал что-либо. Но потом непременно извинялся и что-нибудь дарил обиженному им человеку. Гневливость он признавал своим основным грехом. Но это была не гневливость избалованного и капризного человека. Пожалуй, она сродни гневливости Петра Великого, который изо дня вдень клал самого себя на алтарь Отечества, жаждал ежедневной пользы для России и раздражался, когда видел, что окружающие далеко не всегда точно так же выкладываются в полной мере. Алексий II строил великую и обновлённую Церковь, не жалея себя, совершая титанический подвиг ежедневного труда и молитвы. Верша грандиозные дела, старался как можно чаще совершать Божественную литургию, памятуя, что без этого Господь не воззрит на его труды и не придёт на помощь.
Осенью 2000 года состоялся первый пастырский визит Святейшего Патриарха на Урал — в Екатеринбургскую и Челябинскую епархии. Он посетил монастырь под Алапаевском, возведённый на месте убиения преподобномучениц великой княгини Елизаветы, инокини Варвары и других алапаевских мучеников, побывал в урочище Ганина Яма, где уничтожались тела царственных страстотерпцев, заложил капсулу с памятной грамотой в основание храма-памятника на крови во имя Всех Святых, в земле Российской просиявших, в Екатеринбурге, на месте дома Ипатьева. Посетил он также и духовную столицу Урала — Верхотурье, побывал в Свято-Николаевском Верхотурском монастыре, где почивают мощи святого праведного Симеона Верхотурского. Освятил он и бронзовую статую архангела Михаила, отлитую рабочими Уралмаша и установленную напротив храма Рождества Христова в Екатеринбурге.
В ноябре Святейший руководил Международным миротворческим форумом, собравшимся в московском Свято-Даниловом монастыре, а также трёхсторонней встречей с Католикосом всех армян Гарегином II и духовным лидером мусульман Азербайджана и Кавказа Шейх-уль-исламом Аллах-шукюром Паша-заде, на которой вырабатывались пути урегулирования многолетнего армяно-азербайджанского конфликта. То, что не под силу было политическим руководителям, взяли на себя религиозные предстоятели.
15 декабря в зале Церковных Соборов кафедрального соборного храма Христа Спасителя состоялось юбилейное заседание Епархиального собрания города Москвы. Патриарх Алексий II выступил на нём с большой речью, в целом повторяющей всё то, что он провозглашал на юбилейном Архиерейском Соборе в августе. Огласил статистику, согласно которой к концу 2000 года Русская Православная Церковь имела 130 епархий, её епископат насчитывал 153 архиерея. Количество монастырей достигло 545, из них 265 мужских и 280 женских, не считая 150 монастырских подворий. Общее число приходов (не считая находящихся на Украине) — 19 417, на них служат 15 837 священнослужителей. В Москве количество монастырей практически осталось прежним: 4 мужских и 5 женских монастырей. В ведении Патриарха находились также 24 ставропигиальных монастыря. На конец 2000 года общее количество духовных школ составило 95, в том числе 5 духовных академий, 29 семинарий, 40 духовных училищ, 1 богословский институт, 2 православных университета, 8 подготовительных пастырских курсов (не считая имеющихся на Украине), 2 епархиальных женских духовных училища, 8 школ катехизаторов. Кроме того, имелись регентские и иконописные школы и отделения, а также множество церковно-приходских воскресных школ. В Москве находилось 519 православных храмов и часовен. Богослужения совершались в 410 храмах, не считая 45 часовен и 18 монастырских храмов; в 39 храмах богослужения ещё не были возобновлены; 35 храмов не были освобождены от прежних арендаторов. Всего в непосредственном ведении Патриарха находилось 590 храмов.