Собор причислил к лику святых Русской Православной Церкви для общецерковного почитания ряд подвижников веры и благочестия, установил памяти в честь новых святых, постановил считать их останки, если таковые сохранились, святыми мощами, а также определил составить вновь прославленным святым особые службы. За всю историю Церкви в один день не было причислено к лику святых столько подвижников и мучеников за веру Христову! Собор рассмотрел материалы о 814 подвижниках, чьи имена известны, и о 46 подвижниках, имена которых установить не удалось. Свидетельства об этих святых поступили из тридцати епархий и пяти ставропигиальных монастырей. К этому числу 860 подвижников в Собор новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания включены имена 230 ранее прославленных новомучеников в лике местночтимых святых в следующих епархиях: Алматинской, Костромской, Казанской, Красноярской, Московской, Омской, Пермской, Рязанской, Тверской, Уфимской, в Украинской Православной Церкви и в Белорусском Экзархате. Рассмотрев вопрос о канонизации царской семьи, члены Собора приняли решение о прославлении императора Николая II, императрицы Александры и чад их: Алексея, Ольги, Татьяны, Марии и Анастасии как страстотерпцев в Соборе новомучеников и исповедников Российских.
Далее Собор выслушал доклады архиереев о деятельности Церкви по всем пунктам, изложенным в докладе Предстоятеля, и принял соответствующие определения дальнейшей деятельности по всем направлениям. Было направлено письмо президенту Путину о дальнейшем и окончательном возвращении церковной собственности.
Увы, Собор собрался в те дни, когда вся страна с замиранием сердца следила за поступающими сведениями о затонувшем подводном атомном ракетном крейсере «Курск». О том, что спасти никого не удалось, станет известно уже после Собора и других юбилейных торжеств, и 22 августа Святейший выступит со скорбным телеобращением.
А за три дня до этого, в праздник Преображения Господня, Предстоятель совершал большое освящение храма Христа Спасителя, ставшее, по его словам, кульминацией торжеств, посвящённых 2000-летию Рождества Христова, ибо и сам главный собор России посвящён пришествию в мир Спасителя. Свершилось то, о чём он так мечтал! Храм, построенный по вдохновению святителя Филарета и разрушенный большевиками, вновь воскрес посреди Москвы-столицы. И он, Алексий II, дожил до торжественного дня его освящения. А на следующий день в освящённом храме состоялась канонизация всех новомучеников, в земле Российской просиявших, причисленных к лику святых деянием великого юбилейного Собора 2000 года!
И лишь после этого страна узнала, что больше не осталось надежд на спасение экипажа «Курска». Так великая радость нередко бывает омрачена глубокой скорбью. В стране был объявлен траур. А 27 августа произошёл ещё и пожар на Останкинской телебашне, унёсший жизни трёх человек и заставивший говорить о целой череде дурных предзнаменований в первый год президентства Путина. А ведь в начале августа ещё был теракт в подземном переходе московской станции метро «Пушкинская», унёсший жизни тринадцати человек и покалечивший сотню...
В официальных заявлениях Святейший не говорил об этом, но в частных беседах иной раз со вздохом объяснял все несчастья тем, что до сих пор нет подлинного народного воссоединения с Богом. Вот и власть пока недопонимает, что надо делать для избежания несчастий. Уже десять лет вроде бы и благосклонна к религии и Церкви, а не спешит расставаться с церковным имуществом, изъятым большевиками. Самое время было об этом напомнить. И в конце августа Святейший призвал российское руководство вернуть Русской Православной Церкви ту собственность, что была отнята у неё при советской власти. К тому времени в собственности Церкви на территории России находились лишь два столичных объекта: храм Всех Святых на Кулишках и Донской монастырь. Остальное было передано ей в бессрочное безвозмездное пользование. Русская Церковь даже не являлась полноправным собственником своего кафедрального собора, то есть храма Христа Спасителя, и своего духовного центра — Троице-Сергиевой лавры. В своё время была попытка создать на части лавры музей, а остальную территорию обители передать Церкви, однако музейное руководство воспротивилось этому. В итоге лавра так и не стала хозяином на своей территории. Патриархия через агентство «Интерфакс» перечислила целый ряд других знаковых церковных объектов, в которых по-прежнему располагались музеи. Это соборы Московского Кремля, самый большой собор Санкт-Петербурга — Исаакиевский, где службы проходили по согласованию с музейными работниками. То же самое касается и Петропавловского собора Северной столицы, где захоронены члены династии Романовых. «Не менее важным для Церкви было бы возвращение знаменитого петербургского храма Спаса на Крови, где сегодня даже не совершают богослужений», — отметили в Патриархии, напомнив, что этот собор является «памятником русской скорби, ибо построен на месте убийства императора Александра II. После канонизации его внука — Николая II такое возвращение было бы особенно символичным, ведь оба императора, по сути, пали жертвой одних и тех же сил». Представители Патриархии отметили, что «во всех бывших соцстранах Европы вопрос о возвращении церковной собственности давно решён и ни у кого протеста не вызвал. У нас же до сих пор сохраняются рецидивы атеизма, и любые справедливые требования Церкви о передаче того, что у неё было отобрано, наталкиваются на бешеное сопротивление и клевету в печати». «Некоторые деятели культуры даже заявляют, что в претензиях Церкви на то, что ей принадлежало, есть угроза национальному достоянию. Таким образом, главную национальную силу кое-кто ставит вне нации. Между тем восстановление прав Церкви на прежнюю собственность было бы важным шагом к возрождению России и её народа».
Одним из заметных событий 2000 года стал выход первого тома «Православной энциклопедии», которую по благословению и при непосредственном попечении Патриарха Алексия II начал выпускать издательский центр под руководством Сергея Леонидовича Кравца. Знакомство Патриарха с книгоиздателем началось в 1992 году, когда тот задумал переиздание «Истории Русской Церкви» митрополита Макария. Патриарх вызвался помогать. Как вспоминал потом Кравец: «Первое, что удивило, — это реакция Патриарха на незнакомого человека, и эта реакция была доверие. То есть он исходил из того, что пришли не для того, чтобы его обманывать, а для того, чтобы сделать что-то полезное, и предлагают ему какую-то живую важную идею... Мне кажется, что Патриарх Алексий по своему складу потенциально мог бы стать хорошим историком, если бы служение иерарха Церкви не отнимало у него почти всё время. Именно потому, что в нём не было желания подчинить реальность какой-то своей собственной теории или парадигме, что губит многих хороших историков. В нём было доверие к истории, и в нём было очень глубокое понимание того, что исторические процессы прошлого влияют на сегодняшнюю жизнь, иногда прямым образом, иногда косвенно... Он был очень систематичен и очень аккуратен в собственных наблюдениях. Когда он стал архиереем в Эстонии, он на протяжении десятков лет ежегодно, систематически делал записи о том, сколько людей к нему подошло под помазание за всенощной в такой-то праздник, в такой-то церкви, сколько людей было в церкви, сколько около церкви стояло машин, автобусов, мотоциклов, велосипедов и даже подвод. Патриарх указывал в записях, на каком языке он служил (на церковнославянском или эстонском), указывал, почему он служил на том или ином языке, пояснял, в каких приходах больше православных эстонцев, в каких русских и т. д. Всё это записывалось, очень точно, до одного человека. Казалось бы, зачем нужна такая статистика, да ещё в советские годы, когда её нельзя было афишировать? Но, когда эта статистика выстраивается за 30 лет, это даёт огромный исторический материал!
Поэтому, когда мы, публикуя его книгу “Православие в Эстонии” и вместе с ним продолжая эту книгу до более поздних времён, задумались об источниках, записи Патриарха оказались очень востребованным историческим материалом. Обычно сегодня доступны такие источники по новейшей церковной истории, как рапорты, донесения, доклады уполномоченных Совета по делам религий. Ими в основном и пользуются историки. Но в отношении Православной Церкви в Эстонии во 2-й половине XX века у нас есть ещё и этот уникальный источник — записи Патриарха Алексия. Причём данные в этих записях и сведения из донесений уполномоченных часто принципиально расходятся. Конечно, уполномоченные часто скрывали неблагоприятные для них факты или вообще фантазировали... Патриарх сам много работал в архивах, сам подбирал материалы для своей диссертации, всё это давало возможность ему реализоваться как учёному. Но, к сожалению, жизнь не дала ему в полной мере проявить себя как историку. Он был невероятно загружен работой и как правящий архиерей, и как управляющий делами Московской Патриархии. В сущности, диссертация, которую он написал, стала возможна только по причине его инфаркта в середине 1970-х годов. Из-за этого ему пришлось взять некоторое время для лечения и отдыха. И в это самое время он смог, наконец, подготовить диссертацию в результате этого вынужденного отпуска...»
