Он же доложил о своём участии в комиссии по разработке закона «О свободе совести и религиозных организациях». И по итогам его доклада в соборные определения были внесены положения: «1) юридическое признание Церкви как единой религиозной организации и уравнение её в правах с другими общественными организациями; 2) предоставление равных прав для религиозного и атеистического обучения, воспитания и пропаганды; 3) предоставление возможности широко и многообразно осуществлять дела милосердия и благотворительности; 4) свободное издание и распространение религиозной литературы; 5) доступ Церкви к средствам массовой информации; 6) отмена дискриминационного налогообложения и уравнение в этом отношении духовенства и церковных работников со всеми советскими гражданами».

Если в отношениях с зарубежниками наметились какие-то положительные сдвиги, то на Украине вовсю нарастали беды, с которыми Алексию, уже на посту Патриарха, придётся бороться до самых последних дней его жизни. И на Архиерейском Соборе 1989 года тревожные слова об этих бедах ранили сердца собравшихся. Минский митрополит Филарет (Вахромеев) говорил о росте национализма на Западной Украине и попытках возрождения Унии, крайне враждебной Русской Православной Церкви. В Галиции уже возникли первые приходы автокефалистов, объявивших о своём выходе из юрисдикции Московского Патриархата и возрождении раскольничьей Украинской Автокефальной Православной Церкви. Участники Собора возмущались, включая и Экзарха Украины митрополита Филарета (Денисенко), который, к сожалению, очень скоро сам станет раскольником-автокефалистом. События на Украине начнут развиваться в худшую сторону; уже 29 октября униаты захватят во Львове Преображенскую церковь, 1 ноября епископ Житомирский Иоанн (Боднарчук) заявит о своём выходе из Русской Православной Церкви. А 1 декабря Горбачёв встретится с папой римским Иоанном Павлом II и даст тому клятву узаконить раскольническую Украинскую Церковь, после чего на Западенщине начнут вовсю захватывать и уничтожать православные епархии, бить священников. А там уже не за горами и предательство Денисенко...

Ещё одной бедой стало ухудшение отношений с Константинопольским Патриархатом, который, предвидя грядущий распад СССР, готовился взять под свою юрисдикцию православные епархии в бывших союзных республиках. Собор подготавливал архиереев к тому, что впереди их ждёт борьба за сохранение московской юрисдикции.

Одним из постановлений Собора стало учреждение Белорусского Экзархата, включающего в себя Минскую, Могилёвскую, Брестскую и Полоцкую епархии. Экзархом стал митрополит Филарет (Вахромеев). Ему предстояло бороться с западнобелорусским сепаратизмом, и он со своей задачей вполне справится.

Ноябрь 1989 года ознаменовался новым радостным событием в жизни вверенной митрополиту Алексию епархии — передачей в ведение Церкви части здания Свято-Иоанновского монастыря на Карповке.

Летом пост первого секретаря Ленинградского обкома КПСС занял новый человек — Борис Вениаминович Гидаспов. Можно говорить, что он обладал передовыми взглядами, любил родину, не имел отрицательных черт партийной номенклатуры, но лучше сказать проще: это был хороший человек. Достаточно привести отрывок материала из журнала «Огонёк» (№ 37 за 2005 год): «4 апреля 2004 года на набережную Фонтанки на огромной скорости влетел автомобиль “мицубиси” и, проломив ограждение, упал в реку. В ледяной воде оказались не только водитель иномарки — молодая девушка, но и две её подруги. На помощь женщинам тут же прыгнул какой-то человек, который начал вытаскивать пострадавших из воды. Когда на место происшествия прибыли спасатели, они открыли рот от удивления — героем оказался 71 -летний Борис Гидаспов, бывший последний секретарь Ленинградского обкома КПСС».

Фамилию Гидаспова в Санкт-Петербурге до сих пор произносят с придыханием. Гидаспов дал путёвку в жизнь многим из тех, кого сегодня называют «питерскими». До своего похода во власть Борис Вениаминович всю жизнь занимался химией. Был членом-корреспондентом Академии наук СССР, директором Государственного института прикладной химии и даже получил Ленинскую премию за разработку новых взрывчатых веществ.

С Гидасповым митрополиту Алексию работалось гораздо легче, нежели с его предшественниками. Он общался с архиереями без благоговения, но на равных. И довольно быстро решил вопрос с монастырём на Карповке. В октябре, отправляясь в Москву на Архиерейский Собор, владыка получил ключи от нижнего храма монастыря, тотчас связался с Пюхтицей и пригласил к себе в московскую квартиру двух своих возлюбленных сестёр во Христе — Варвару (Трофимову) и Георгию (Щукину). Когда те приехали, он за обедом сказал:

— Предлагаю создать подворье Пюхтицкого монастыря в городе на Неве. Вот ключи от храма Иоанна Рыльского на Карповке. Это Иоанновский монастырь. В нём покоятся мощи Иоанна Кронштадтского, который и Пюхтицу, к слову сказать, благословил в своё время. Так что тут непосредственная связь.

В тот же день ночным поездом матушки Варвара и Георгия отправились в Северную столицу, нашли храм на Карповке, открыли двери, вошли внутрь и ахнули, увидев, какая там была страшная разруха. Вскоре в том же храме будет обнаружено захоронение святого праведника. 19 октября 1989 года нижний храм обители на Карповке был заново освящён, и, таким образом, благодаря неустанным стараниям митрополита Алексия началась возрождённая жизнь этого славного петербургского монастыря.

В ноябре того же года митрополит Алексий путешествовал по Финляндии, совершал богослужения в православных финских приходах. Ему необходимо было найти всё, что сохранили здесь, в стране озёр, валаамские беженцы. А 13 декабря, в день памяти апостола Андрея Первозванного, в Большой Никоновской бухте у Воскресенского скита на остров Валаам ступили четыре монаха и два послушника. Они поселились в поселковой гостинице и вскоре стали совершать богослужения в нижнем храме Спасо-Преображенского собора среди почерневших от многолетней сырости стен. Неимоверно трудными были эти первые дни, но они знаменовали собой начало новой жизни Валаамского монастыря, обители, в которой Алексей Ридигер родился как будущий монах.

Две возрождённые обители — женская на Карповке и мужская на Валааме... Какой подарок к Новому году мог быть для него лучшим?

Наступал 1990-й. Год его восхождения на патриаршую Голгофу.

Тяжела шапка Мономаха. Куколь Патриарха не легче, а порой и гораздо тяжелее. Вот уже восемнадцать лет нёс свой крест Патриарх Пимен. Больной ещё с войны, где он заработал туберкулёз позвоночника, а в последние годы страдавший раком кишечника. Наступил его последний год временной жизни в земной юдоли. Думалось ли митрополиту Алексию, что именно ему суждено будет сменить Пимена в сие лето? Нет оснований не верить его собственным признаниям, а сам он так описывал события своего избрания: «Я не ехал на Собор с чувством, что могу вернуться Патриархом. За четыре года управления Северо-Западной митрополией я слишком сроднился с ней... И, конечно же, никакой, говоря светским языком, “предвыборной кампании” я не вёл... Только после Архиерейского Собора, состоявшегося накануне открытия Поместного, где я получил больше всех голосов архиереев, я подумал: есть опасность, что чаша сия меня может и не миновать. Опасность — потому что, будучи двадцать два года управляющим делами Московской Патриархии при Святейших Патриархах Алексии I и Пимене, я прекрасно знал, насколько тяжёл крест Патриаршего служения. Но я положился на волю Божию: если будет воля Господня на моё Патриаршество, то, видимо, Он даст и силы».

В начале 1990 года все уже знали, что Святейшего Патриарха Пимена скоро не станет. Ещё в октябре 1988 года врачи обнаружили у него злокачественную опухоль на поздней стадии развития. Министр здравоохранения Евгений Иванович Чазов по просьбе больного откровенно сообщил ему, что если не сделать операцию, то в ближайшие полгода он умрёт в мучениях. Больной от хирургического вмешательства отказался, преодолевая страшные боли, являлся в те собрания, где его присутствие было необходимо, и приезжал к председателю Совета по делам религий Христораднову, который сам не желал приехать в Патриаршую резиденцию, ибо, как и большинство советских чиновников, любил «вызывать на ковёр».