Больше года уже прошло после предсказанного Чазовым срока, состояние Предстоятеля с каждым днём ухудшалось, и уже было очевидно, что в 1990 году предстоят выборы нового Патриарха. Митрополит Алексий, безусловно, являлся наилучшим кандидатом на Патриарший престол. За годы своего архиерейского служения он сделал благих дел больше, чем кто бы то ни было, его более других уважали и в стране, и в мире, причём не только православном и не только христианском. Весь его облик, природа и поведение выявляли в нём, что называется, богоизбранность.
Тем не менее он нисколько не лукавил, говоря, что в 1990 году не рассчитывал, что его изберут Патриархом, поскольку волею обстоятельств чаша весов склонялась в пользу соискателей-украинцев — митрополита Ростовского и Новочеркасского Владимира (Сабодана) и митрополита Киевского и Галицкого Филарета (Денисенко).
К началу 1990 года положение на Украине стало главной бедой Русской Православной Церкви. Пытаясь как-то уладить дело, Синод пошёл на разработку нового положения об Украинском и Белорусском Экзархатах, которое давало бы им больше автономии и финансовой независимости, разрешало иметь собственный Синод. Положение взялся разрабатывать новый председатель Отдела внешних церковных сношений архиепископ Кирилл (Гундяев), сменивший на этом посту митрополита Филарета (Вахромеева). Но к январю 1990 года раскол на Украине разлился во всю ширь. Сказывался сговор Горбачёва с римским папой, ведь раскольники получили поддержку не кого-нибудь, а человека, возглавляющего советскую империю!
Митрополит Филарет (Денисенко) ничего не мог поделать, да он и не имел к себе должного уважения в собственном Экзархате, поскольку, как пишет в своей книге «Автокефалистские расколы на Украине в постсоветский период 1989—1997» В. И. Петрушко, то была «личность откровенно коррумпированная и безнравственная. Ни для кого на Украине не было секретом, что митрополит открыто попирал монашеский обет безбрачия, сожительствуя с некоей Евгенией Родионовой». Эта властная женщина, дочь высокопоставленного украинского советского чиновника, с юности являлась его незаконной супругой. Денисенко был при ней подкаблучником, и в народе Евгению Петровну именовали «владычицей Киевской и всея Украины». «Одиозная личность Экзарха Украины немало способствовала дискредитации Русской Православной Церкви и её Украинского Экзархата. Митрополит Филарет, управлявший Киевской митрополией грубо и деспотично, стал причиной ухода из юрисдикции Московского Патриархата множества клириков и мирян, не желавших более испытывать на себе произвол первоиерарха Украинской Церкви».
В итоге под занавес 1989 года Синод принял решение о созыве внеочередного Архиерейского Собора, посвящённого именно украинским бедам. И он состоялся в два последних дня января 1990-го. Страдалец Пимен председательствовал на нём. Перед самой смертью ему — а потом точно так же перед самой смертью и его преемнику — пришлось расхлёбывать пересоленный и переперченный украинский борщ.
На Соборе открыто прозвучало, что после предательской встречи Горбачёва с папой Иоанном Павлом Войтылой Украинская раскольничья Церковь обрела законный статус и пошла в решительное наступление. На требование Патриарха Пимена пресечь узаконивание раскольников на Украине генсек Горбачёв ответить не соизволил.
В президиуме Собора между Патриархом Пименом и митрополитом Алексием сидел с недовольным видом Христораднов. Отделись Украинская Церковь, ему же меньше хлопот будет, вероятно, размышлял он, слушая взволнованные речи архиереев.
Собор выработал обращение к правителям СССР и Украины с просьбой «способствовать немедленному прекращению актов насилия и беззакония со стороны униатских экстремистов». Горбачёву была направлена особая телеграмма с требованием вмешаться, хотя ясно было, что Михаилу Сергеевичу это безразлично, ведь он отрадно кивал, хлопая влюблёнными глазами, только когда к нему обращались с просьбами лидеры «прогрессивного человечества».
Разработанное архиепископом Кириллом Положение о Экзархатах Московского Патриархата было внесено в Устав об управлении Русской Православной Церкви. При этом Собор упразднил зарубежные экзархаты, подчинив девять зарубежных епархий Патриарху и Синоду.
Таким было последнее важное деяние Святейшего Патриарха Пимена. Впереди у него оставались мучительное угасание и рождение в жизнь вечную. Он принял Русскую Православную Церковь не в руинах, как Патриарх Сергий (Страгородский), но всё же изрядно измотанную за время хрущёвской «оттепели», а оставлял её хотя и в состоянии смуты, вызванной украинской самостийщиной, но окрепшей, имеющей более одиннадцати тысяч приходов.
Для митрополита Алексия его первый патриарший год начался с того, что он весь январь почти ежедневно служил в храмах Северной столицы, Новгородской и Таллинской епархий, о чём свидетельствуют его записи, по-прежнему вносимые бисерным почерком с немецкой педантичностью. Он мечтал вернуть Церкви два огромных питерских храма — Исаакиевский и Казанский соборы. Оба они оставались музеями. В Исаакии с потолка свисал маятник Фуко, наглядно показывающий посетителям, как вращается планета Земля, а в Казанском по-прежнему размещался Музей истории религии и атеизма. В праздничный день Рождества Христова 7 января 1990 года по распоряжению Гидаспова митрополиту Алексию разрешили отслужить в Казанском соборе молебен и литию.
В конце января он участвовал в Архиерейском Соборе, а по сути дела руководил им. В феврале, марте и апреле вновь очень часто служил в Таллине, в городе на Неве, в Пюхтице, в Новгороде. Он будто спешил как можно больше отслужить здесь, в огромной своей Северо-Западной епархии, поскольку при всех обстоятельствах душою-то чуял грядущую великую перемену в жизни. Ему предстояло взять патриарший жезл в эпоху глобальных перемен, сопоставимых с теми, что свершались, когда Патриархом стал Тихон. Падали все дальние и ближние бастионы империи, созданной Лениным и Сталиным, откалывались европейские союзники — ГДР, Польша, Чехословакия, Румыния, Венгрия, Болгария, прибалтийские республики, Закавказье. Скоро и сам великий и могучий Советский Союз рассыплется на составляющие. Третий съезд народных депутатов, состоявшийся в марте, избрал Горбачёва «Горби», как фамильярно-снисходительно именовали его на Западе, первым (и последним) президентом СССР и отменил однопартийную систему.
23 марта впервые за многие десятилетия советской власти по Москве прошёл крестный ход, начавшийся у стен Кремля и завершившийся возле храма Вознесения Господня у Никитских Ворот. Считается, что в этом храме, известном на Москве как «Большое Вознесение», тайно венчались Екатерина Великая и Потёмкин; затем здесь явно венчались Пушкин и Гончарова, здесь отпевали первых белогвардейцев, павших осенью 1917 года, защищая Кремль и Москву от красных. 5 апреля 1925 года в храме совершил своё последнее богослужение — хиротонию епископа Сергия Никольского — Патриарх Московский и всея России Тихон. Теперь государство возвращало Большое Вознесение Русской Церкви. И митрополит Алексий возглавлял этот крестный ход.
А на другой день он уже снова был на брегах Невы, совершал наречение, а затем хиротонию настоятеля собора Александра Невского в Таллине архимандрита Виктора (Пьянкова), ставшего отныне епископом Подольским, викарием Московской епархии и председателем хозяйственного управления Московского Патриархата. Этот предприимчивый архиерей в том же 1990 году создаст под эгидой своей хозяйственной службы акционерное общество «Международное экономическое сотрудничество», которое будет успешно заниматься инвестиционно-банковской и производственно-коммерческой деятельностью, а главное — экспортом нефти. Эта сфера деятельности Московской Патриархии станет козырем для искателей компромата на Патриарха Алексия — мол, посмотрите на наших бессребреников! Но впереди у Святейшего была огромнейшая гора, сдвинуть с места которую ему бы никто не помог: предстояло открывать и реставрировать сотни храмов и десятки монастырей. Откуда взять денег? Постоянно выпрашивать у власть имущих и у новоявленных олигархов? Или отказаться от гигантского объёма деятельности, ограничиваясь малым, в час по чайной ложке?
