Увы, ряд перенесённых болезней сильно ослабил здоровье Предстоятеля, ему больше приходилось отдыхать, совершать прогулки, отказываться от любимых дел, связанных с патриаршим служением. Но отказаться от участия в торжествах по поводу 100-летия прославления преподобного Серафима Саровского он не мог и 29 июля прибыл в Саров. На торжествах в Сарове присутствовали президент Путин, Сербский Патриарх Павел, митрополит всея Америки и Канады Герман, архиепископ Кентерберийский Роуэн Уильямс и другие высокопоставленные лица.

В августе Предстоятель побывал с визитом в Дмитровской епархии на 850-летнем юбилее города Дмитрова. Постепенно стихали злопыхательские слухи о смертельной болезни Патриарха. Все видели его вновь деятельным, и лишь некоторая особая хриплость в голосе, появившаяся с недавних пор, намекала, что он всё же не вполне здоров.

В сентябре ему уже позволили летать на самолётах, и он отправился с официальным визитом в Эстонию. В аэропорту Святейшего Патриарха встречал его старинный друг детства — митрополит Таллинский и всея Эстонии Корнилий (Якобс). А министр внутренних дел Эстонии Яан Ыунапуу, приветствуя гостя, сказал:

— Поздравляю Ваше Святейшество с приездом на родину!

И во время ужина в гостинице «Палас» министр заверил Святейшего, что все имущественные проблемы Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата будут в ближайшее время разрешены.

Утром 26 сентября Патриарх посетил кафедральный Александро-Невский собор в Таллине, отреставрированный специально к его приезду. Сильнейшее волнение охватило его — здесь начиналось православное служение Алёши Ридигера, здесь сорок два года назад архимандрит Алексий (Ридигер) был рукоположен во епископа Таллинского и Эстонского! На площади Лотси плате Патриарх благословил тех, кто не смог попасть на богослужение внутрь переполненного собора, где смогли поместиться лишь полторы тысячи человек. По дорожке, выложенной сплошным ковром из живых роз, Предстоятель направился в храм своего детства и юности. После богослужения все собравшиеся пропели ему «Многая лета!» по-русски и по-эстонски. Затем Алексий II отправился на Александро-Невское кладбище, где совершил панихиду у могил своих родителей — протоиерея Михаила Ридигера и Елены Иосифовны Ридигер (урождённой Писаревой). 30 сентября в таллинском районе Ласнамяэ Патриарх освятил закладной камень будущего православного храма в честь иконы Божией Матери «Скоропослушница». Именно здесь, по решению эстонских властей, после кончины Святейшего появится первая площадь его имени...

Вернувшись в Москву, полный свежих сил и приятных воспоминаний о поездке на малую родину, Патриарх возглавил торжества по поводу перенесения мощей святителя Петра Московского, мероприятия в честь святого благоверного князя Даниила Московского и принял участие в праздновании Дня города. В Успенском соборе Московского Кремля он совершил литургию и там же наградил орденом Святого равноапостольного князя Владимира 3-й степени командующего Воздушно-десантными войсками генерал-полковника Георгия Ивановича Шпака за вклад в развитие сотрудничества между армией и Церковью.

Продолжались усилия по сближению с зарубежниками.

С 13 по 17 декабря в Нью-Йорке прошёл Архиерейский Собор Русской Зарубежной Церкви, от которого на имя Святейшего Патриарха пришло очень дружелюбное послание за подписью митрополита Лавра и всех архиереев Русской Зарубежной Церкви. Говорилось о необходимости «разрушения средостений, до сих пор разделяющих русскую паству в Отечестве и за рубежом». Однако «вопрос о полном евхаристическом общении может являться только конечным итоговым результатом соборной деятельности обеих частей Русской Церкви, подготавливаемым соответствующими комиссиями». Архиерейский Собор Русской Зарубежной Церкви образовал такую комиссию, она всесторонне рассмотрит вопросы взаимоотношений с Русской Православной Церковью (Московским Патриархатом) и «предложит приемлемые для обеих сторон шаги».

Это было подобно прорыву блокады!.. Наконец-то! После стольких усилий, продолжавшихся десятилетиями!..

Ежегодное Епархиальное собрание города Москвы 2003 года состоялось 23 декабря в зале Церковных Соборов храма Христа Спасителя. На сей раз Предстоятель был здоров, полон сил, радовался известиям из Нью-Йорка. Как и положено, он выступил с обширным докладом. Извинился за то, что на прошлом Епархиальном собрании не мог присутствовать из-за болезни. Рассказал о важнейших событиях уходящего года. Очередное выступление Патриарха на Епархиальном собрании вновь состояло на треть из хвалы и на две трети из критики. Вновь Предстоятель грозно и взволнованно говорил о том, что вверенная ему Церковь ещё далека от совершенства.

В канун Нового года Его Святейшество дал интервью корреспонденту телеканала «Россия» и поздравил соотечественников с гражданским новолетием. Он с радостью и надеждой говорил о наметившемся сближении с Зарубежной Церковью и о том, что всем людям нужно находить точки сближения, преодолевать распри.

— Каждая Церковь также служит своему народу и проповедью, и внутренним своим убранством, потому что человек, зашедший в храм, не пойдёт, выйдя из храма, с открытым забралом на своего ближнего. Он уйдёт из храма умиротворённым. Преподобный Серафим Саровский, говорил: «Стяжи Дух в мире, и тысячи спасутся вокруг тебя». Я думаю, что всем нам надо умиротворения. И сознание того, что мы все должны общими усилиями, всем миром строить наше Отечество, сынами и дочерьми которого мы являемся.

С начала девяностых Рождество Христово стало выходным днём, а с начала нового столетия превратилось в настоящий церковно-государственный праздник, который государство стало отмечать более широко, хотя и не так, как Новый год. 8 января Патриарх совершил богослужение в Успенском соборе Московского Кремля, а на следующий день в Государственном Кремлёвском дворце поздравлял детей, пришедших на Рождественский праздник. Подумать только, что каких-нибудь двадцать лет назад подобное невозможно было представить — священникам начинают давать пенсию, глава государства с супругой приезжают поздравлять с Рождеством главу Церкви, он служит в кремлёвских соборах, поздравляет детей в Кремлёвском дворце!.. А теперь, в 2004 году, это уже вошло в привычное русло российской жизни.

3 февраля в Свято-Троицкой Сергиевой лавре на открытии VIII Всемирного Русского Народного Собора Патриарх произнёс вступительное слово, в котором заявил, что «настала пора переосмыслить роль Православия в мировой истории, в начертании судьбы человечества».

Приближался очередной — и, увы, последний! — юбилей Святейшего Патриарха Алексия II. 23 февраля ему исполнялось семьдесят пять лет.

Ожидание этой даты было омрачено двумя страшными московскими трагедиями — взрыв в поезде метро, 42 погибших, более сотни покалеченных, и обрушение крыши аквапарка «Трансвааль», под которой погибли 28 человек, в основном дети...

Прямо накануне юбилея, в Прощёное воскресенье 22 февраля, в Чистый переулок прибыли католики. Целая делегация во главе с председателем Папского совета по содействию христианскому единству кардиналом Вальтером Каспером, который передал Его Святейшеству письменное поздравление от Иоанна Павла II. Предстоятель Русской Православной Церкви был, как положено, любезен, но выразил недовольство политикой Ватикана в отношении России. В ответах гостей Святейший не услышал ни оправданий, ни обещаний преодолеть противостояние.

А Святейший отправился в храм Христа Спасителя, где вместе с Дмитровским епископом Александром совершил Великую вечерню и Чин прощения.

— Может быть, и я кого-то огорчил, обидел, не выслушал, не помог в трудную минуту, — говорил Святейший. — Поэтому я прошу всех вас, сослужители мои, дорогие братья и сёстры: простите меня за вольные и невольные согрешения мои, чтобы и мне примирённым и с совестью, и со всей нашей паствой вступить на поприще Великого поста. Простите меня, отцы и братия!