7 апреля 1990 года одновременно праздновались Благовещение и Лазарева суббота. В сей день митрополит Алексий вместе с епископом Арсением освящал в Северной столице собор Владимирской иконы Божией Матери, который петербуржцы просто называют Владимирским. Творение архитекторов Трезини и Кваренги, это один из крупнейших и красивейших храмов Петербурга. В нём отпевали няню Пушкина Арину Родионовну, а в последние годы жизни его прихожанином был Достоевский. С 1932 года здесь размещалась фабрика «Ленмашучет». Стараниями митрополита Алексия собор был возвращён Церкви и отреставрирован. Теперь он его не только освятил, но и принял на себя обязанности настоятеля храма. И в дальнейшем настоятелями будут митрополиты Санкт-Петербургские и Ладожские, сначала Иоанн (Снычев), а затем Владимир (Котляров).

Всю Страстную неделю и Пасху владыка Алексий служил в храмах своей епархии, на Светлой седмице отправился в Эстонию и там служил без устали.

3 мая 1990 года Святейший Пимен отошёл ко Господу. В тот же день Синод избрал местоблюстителем Патриарха митрополита Филарета (Денисенко). Через три дня в Елоховском соборе митрополит Алексий вместе с другими архиереями совершал литургию и отпевание усопшего Предстоятеля. Решено было ровно через месяц провести Поместный Собор и решить судьбу вдовствующей патриаршей кафедры.

Никакого завещания усопший не оставил, кроме устного в беседе с архимандритом Псково-Печерского монастыря Иоанном (Крестьянкиным), которое тот записал и распространил среди архиереев:

«Русская Православная Церковь неукоснительно должна сохранять старый стиль — юлианский календарь, по которому она преемственно молится уже тысячелетие. Россия как зеницу ока призвана хранить завещанное нам нашими святыми предками Православие во всей чистоте. Христос — наш путь, истина и жизнь (ср.: Ин. 14, 6). Без Христа не будет России. Свято хранить церковно-славянский язык молитвенного обращения к Богу. Церковь зиждется на семи столпах — семи Вселенских Соборах. Грядущий восьмой Собор страшит многих, но да не смущаемся этим, а только несомненно веруем Богу. И если будет на новом Соборе что-либо несогласное с семью предшествующими Вселенскими Соборами, мы вправе его постановления не принять».

Этот месяц владыка Алексий снова провёл в своей Северо-Западной епархии. В День Победы отслужил панихиду и совершил крестный ход в память о погибших блокадниках на Серафимовском кладбище, где захоронено более ста тысяч погибших в годы Великой Отечественной войны. И далее служил в городе на Неве, в Новгороде, в Пюхтице, где 18 мая освятил новый баптистерий и колокольню, совершил постриг сразу четырнадцати новых инокинь. В конце мая он направил свои стопы на Валаам, где завершились реставрационные работы в нижнем храме Спасо-Преображенского собора, посвящённом основателям монастыря — преподобным Сергию и Герману.

В первых числах июня владыка Алексий прибыл в Москву, где 6-го числа в Свято-Даниловом монастыре собрался Архиерейский Собор Русской Православной Церкви. Председательствовал митрополит Киевский и Галицкий, Патриарший Экзарх Украины Филарет (Денисенко), наиболее вероятный соискатель Патриаршего престола, его местоблюститель. На повестке дня стоял один вопрос — выдвижение всех соискателей. На тот день епископат насчитывал девяносто два архиерея, из них могли выдвигаться семьдесят пять. Остальные либо не были гражданами СССР, либо не достигли сорокалетнего возраста. И то и другое было, согласно уставу, препятствием к выдвижению.

В соответствии с принятой процедурой голосования каждый архиерей мог голосовать за одного, двух или трёх архиереев, вычёркивая остальных из списка. Итоги тайного голосования оказались несколько неожиданными: митрополит Ленинградский Алексий (Ридигер) — 37 голосов, митрополит Ростовский Владимир (Сабодан) — 34 голоса, митрополиты Киевский Филарет (Денисенко) и Крутицкий Ювеналий (Поярков) — по 25 голосов каждый. Поскольку соискателей долженствовало выбрать троих, прошёл второй тур тайного голосования отдельно по кандидатурам Филарета и Ювеналия, и Филарет получил теперь 34 голоса, а Ювеналий всего на один голос меньше — 33. Итак, завтра предстояло голосовать за Алексия, Владимира и Филарета, из которых первый неожиданно оказался лидером.

Утром 7 июня Троице-Сергиева лавра встречала участников Поместного Собора, в числе которых были 90 архиереев, 92 клирика, 88 мирян, 39 посланников монастырей и 8 представителей духовных школ. Итого, 317 делегатов. В Троицком соборе лавры совершилась Божественная литургия, после которой местоблюститель Филарет возгласил:

— Приспело время явить свидетельство соборного служения и в нём познать волю Божию о имени Предстоятеля Русской Церкви. Господи! Сердцеведче всех! Действием Духа Святаго покажи нам того, кого Ты избираешь принять жребий патриаршего служения!

Хор пропел:

— Бог Господь! И явися нам! Благословен грядый во имя Господне!

В полдень в Сергиевом трапезном храме началось заседание. Местоблюститель снова держал речь, лживо провозглашая в ней то, против чего вскоре сам же и станет выступать:

— Главное, о чём мы сегодня молимся, — это о нашем единстве. Тысячелетняя история Русской Церкви, двухтысячелетний опыт Вселенского Православия с очевидностью свидетельствуют, что уклонение от чистоты веры и от полноты предания приводит лишь к смутам и расколам, раздирающим нешвенный хитон Христов. Да вразумит Господь всех тех, кто ищет славы человеческой, а не славы Божией — своего земного благополучия, а не жертвенного служения Церкви Христовой.

После голосования по новым кандидатурам список остался прежним: Алексий, Владимир и Филарет.

Приятным сюрпризом оказалось отсутствие каких-либо указующих наставлений со стороны Христораднова, который лишь выступил с приветственным словом. «Поместный Собор 1990 года был первым Собором в послевоенный период, который проходил без вмешательства Совета по делам религий, — вспоминал впоследствии Святейший. — Это, конечно, стало большой неожиданностью для всех. И я отчётливо увидел на лицах многих печать растерянности. Люди просто недоумевали — где же указующий перст? Но его как раз и не было, решать предстояло самим».

Наступило время голосования, участники Собора получили бюллетени, заполнили их и опустили в урну. Из розданных 318 бюллетеней в урне оказалось 317. Кто-то решил не опускать свой бюллетень. Шесть бюллетеней оказались недействительными, ибо были неправильно заполнены. Наконец, председатель счётной комиссии митрополит Сурожский Антоний (Блум) огласил итоги: за владыку Алексия — 139 голосов, за Владимира — 107, за Филарета — 66. Поскольку ни один не набрал 50 процентов, то есть 157 голосов, предстояло во втором туре выбирать теперь из двух соискателей. Результаты второго тура оказались следующими: количество голосовавших — 317; количество бюллетеней в урне — 317, из них недействительных 8 и действительных 309; за митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия проголосовало 166 человек; за митрополита Ростовского и Новочеркасского Владимира проголосовало 143 человека.

Алексий (Ридигер) — пятнадцатый Патриарх Московский и всея Руси! Это свершилось 7 июня 1990 года в 22 часа 20 минут по московскому времени.

— Какое-то время я просто не мог поверить в то, что всё происходящее вокруг касается меня непосредственно. Я — Патриарх?! — осознать это было совсем нелегко.

Председательствующий митрополит Филарет сокрушённым голосом вопросил:

— Владыка Алексий! Освящённый Поместный Собор Русской Православной Церкви избрал тебя Патриархом Московским и всея Руси. Приемлешь ли ты это избрание?

Как и полагается в таких случаях, избранник ответствовал:

— Избрание меня Освящённым Поместным Собором Русской Православной Церкви Патриархом Московским и всея Руси со благодарением приемлю и нимало вопреки глаголю.

Все члены Поместного Собора поставили подписи под грамотой, которая тотчас была зачитана: «Высокопреосвященнейшему Алексию, митрополиту Ленинградскому и Новгородскому. Изволением Святого Духа Освящённый Собор Русской Православной Церкви, собравшийся в Свято-Троицкой Сергиевой лавре, в составе Преосвященных архипастырей, представителей клира, честного иночества и мирян Русской Православной Церкви, избрал Вашу Святыню Патриархом Московским и всея Руси».