8 июня Поместный Собор, уже под его руководством, провёл второй день заседаний, где решалось довольно много вопросов, из которых главными были общение с католиками, раскольниками-униатами и зарубежниками. Поместный Собор заканчивал свою работу ещё одним радостным для Святейшего событием — прославлением в лике святых праведного Иоанна Кронштадтского: «На закрытии Поместного Собора, в своём первом слове в качестве Патриарха, я так и сказал, что нахожу подкрепление в предстоящем мне служении ещё и в том, что вступление моё на престол Московских святителей соединилось во времени с великим церковным торжеством — прославлением святого праведного Иоанна Кронштадтского — чудотворца, чтимого всем православным миром, всей Святой Русью, место погребения которого находится в городе, который до сего времени был моим кафедральным градом. Также я позволил себе выразить соборную надежду на то, что канонизация святого праведного Иоанна Кронштадтского послужит единению всероссийской православной паствы».

Около семи часов вечера Поместный Собор закончился, после заключительного слова нового Патриарха хор пропел великое славословие.

— Будем же соборне продолжать наше служение! Христос посреди нас! — возгласил Святейший.

— И есть, и будет, — дружно ответили соборяне.

И вот уже наступил второй день его Патриаршества, а за ним и третий... В субботу 9 июня Святейший отдыхал, готовился к завтрашней интронизации. Она состоялась в неделю Всех Святых в Богоявленском Елоховском соборе Москвы. Божественную литургию Святейшему помогали совершать Католикос-Патриарх всей Грузии Илия II, представитель Патриарха Антиохийского епископ Филиппопольский Нифон, постоянные и временные члены Священного Синода и многочисленное духовенство. Около девяти часов утра Святейший прибыл в собор, на кафедре состоялось облачение по патриаршему чину с возложением великого парамана с крестом.

— Святый Боже, Святый крепкий, Святый бессмертный, помилуй нас! — трижды пропели хор и собравшиеся.

— Призри с небесе, Боже, и виждь, и посети виноград сей, и утверди и, его же насади десница Твоя, — возгласил новый Патриарх.

Все в храме стали возжигать свечи. На горнем месте рядом с Патриархом встали Белорусский и Украинский Экзархи, оба Филарета. Митрополит Минский возгласил:

— Вонмем!

Митрополит Киевский продолжил:

— Божественная благодать, немощная врачующи, оскудевающая восполняющи и промышление всегда творящи о святых своих православных Церквах, посаждает на престоле святых первосвятителей Российских — Петра, Алексия, Ионы, Макария, Филиппа, Иова, Гермогена и Тихона — отца нашего Алексия, Святейшего Патриарха великого града Москвы и всея Руси, во имя Отца. Аминь. Аксиос!

Два Экзарха усадили наречённого Патриарха на горнем седалище и тотчас, взяв его под руки, подняли.

— Аксиос! — возгласило духовенство.

— Аксиос! Аксиос! Аксиос! — поочерёдно возгласили три хора.

— Аксиос! Аксиос! Аксиос! — трижды повторили все верующие в храме.

— И Сына. Аминь! — произнёс Филарет Киевский.

— Аксиос! — возгласил Филарет Минский.

Экзархи во второй раз посадили и восставили Патриарха. Вновь прозвучало многократное «Аксиос!».

— И Святаго Духа. Аминь!

— Аксиос!

В третий раз усадили...

Собственно говоря, это троекратное усаживание на трон и есть главное действо интронизации, хотя сидение на троне не является главным в дальнейшей жизни Патриарха. Паства вообще почти никогда и не видит его сидящим на троне. Да ведь он и называется не председателем, а Предстоятелем! Человек, обладающий светской государственной властью, действительно чаще всего председательствует перед своим народом. Иное дело Патриарх — он предстоятельствует пред Богом за свой народ, на коленях перед Всевышним молит Творца: да пощадит Он своё грешное творение. Поразительно то, что само слово «предстоятель» отсутствует в других языках, кроме русского, украинского, белорусского, болгарского, сербского. В других его заменяет слово «примат» — «первенствующий», но насколько богаче и полнее слово «предстоятель»!

В чинопоследовании интронизации, пожалуй, важнее не усаживание на трон, а поднятие с трона, после которого Патриарх из председателя снова становится Предстоятелем.

И вот Святейшего Патриарха вновь под руки подняли с трона два Филарета. Ключарь и диаконы поднесли на блюде новый саккос и омофор — верхнее облачение иерарха, подали две панагии и крест. Иподиаконы переоблачили Патриарха. Филарет Минский в Царских вратах возгласил ектению:

— Ещё молимся о спасении и заступлении Святейшего Отца нашего Алексия, ныне посаждаемого Патриарха, рцем вси прилежно...

Митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий, встав в Царских вратах лицом к востоку, прочитал молитву:

— Владыко Вседержителю и Господи всяческих, Отче щедрот и Боже всякаго утешения! Ты сохрани пастыря с паствою, зане Ты еси благих вина, Ты еси сила немощным, Ты еси Помощник беспомощным, Ты еси Врач душам и телесем, Спаситель, чаяние и живот, и воскресение, и вся, яже к вечному, спасительному бытию сочетавый нам. Ты вся, яже хощеши, можеши: избави убо, сохрани и покрый, и огради нас. Ты убо, Господи, даждь сему председящему область и благодать решите, еже подобает решите, и вязати, еже подобает вязати. И Церковь Христа Твоего избранником Твоим умудри и, яко добру невесту, сохрани ю. Ты бо всесилен и Вседержитель Бог еси, и Твоё есть Царство и сила, и слава Отца и Единородного Твоего Сына и Всесвятаго и Благаго и Животворящаго Твоего Духа.

Литургия закончилась, Святейший в зелёной патриаршей мантии, но ещё не в куколе и без жезла, благословил верующих, выйдя на солею, где его вновь встречали Экзархи. Филарет Минский протянул ему куколь:

— Святейший владыко! Приими и возложи на главу свою сей священный куколь Патриарха. Как и все священнические одежды, он имеет свою историю и значение. Происходя от древнего монашеского обычая покрывать главу иноков покрывалом искреннего смирения и всегдашнего о Господе послушания, куколь есть духовный шлем спасения. Тебе, как Предстоятелю Церкви, как никому, надлежит блюсти постоянное духовное любомудрие, уподобляясь ангельскому чину серафимов, пламенеющих любовью к Богу. Их изображение отныне будет покрывать твою главу, отныне ты ангел Всероссийской Церкви, отныне забота о чистоте веры православной, о чистоте жизни всероссийской паствы становится смыслом твоего служения. И белоснежный куколь, всякий раз возлагаемый на главу, да воспоминает тебе о словах Спасителя: «Блаженны чистые сердцем, яко тии Бога узрят».

Святейший, взяв из рук Филарета Минского куколь, поцеловал его и возложил себе на голову сию белоснежную патриаршую Голгофу, увенчанную блистающим крестом.

Филарет Киевский вручил ему жезл:

— Ваше Святейшество новоизбранный Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий Второй! Волеизъявлением священного Поместного Собора Русской Православной Церкви ты избран пятнадцатым Патриархом Московским и всея Руси. Если, по словам Христа Спасителя, даже волос не падает с головы человека без воли Божией, то тем более не поставляются предстоятели без соизволения самого Господа — Главы Церкви. Мы верим, что при твоём избрании проявилась воля Божия. Ты согласился взять на себя бремя патриаршего служения, с одной стороны, в благоприятное для нашей Церкви время, когда расширяются возможности духовно-нравственного обновления общества, проявления любви и милосердия к больным, престарелым, инвалидам, сиротам, бедным, заключённым в темницах и ко всем страждущим. А с другой стороны, перед нами стоят проблемы, которых мы раньше не знали. Это прежде всего начавшееся разделение нашей Церкви. Твоё Патриаршество будет проходить в совершенно иных условиях, чем Патриаршество твоих предшественников Алексия и Пимена. Уже сейчас можно сказать, что оно будет трудным и болезненным. Неизвестно, что твоему сердцу придётся больше испытать: радостей или скорбей, но ты не должен смущаться этим. Господь избрал тебя, Он и поможет тебе всесильною благодатью Святого Духа.