Особенно болезненной для японских военных моряков была потеря флагманского корабля «Мусаси», потопленного американской авиацией во второй день сражения, 24 октября. «Мусаси» стал флагманом японского Объединенного флота в феврале 1943 года, имел мощное вооружение и наряду с таким же «непотопляемым» линкором «Ямато» являлся гордостью японцев. Американские бомбардировщики и торпедоносцы много часов подвергали «Мусаси» атакам и обрушили на него массу бомб и торпед. Потопить корабль американцам действительно оказалось нелегко. По меньшей мере, в него попало 30 авиабомб и 26 торпед. Японские офицеры и матросы сделали все возможное, чтобы спасти погружающийся в воду линкор. Но выбросить его на берег острова Сибуян команде не удалось. Командир «Мусаси», контр-адмирал Иногуги Тосихира, считая себя виновным в гибели корабля, приказал команде покинуть его, а затем совершил на тонущем гиганте обряд харакири и вместе с ним ушел на дно. Более 1200 человек экипажа погибло в волнах.

Большие жертвы японцев не принесли им значительных результатов. Американцы не были остановлены и начали вторжение на острова с целью захвата архипелага. Но американский успех в разгар боев на море был омрачен столкновением с неведомой им доселе тактикой камикадзе.

Утром 25 октября после завтрака и прощальной церемонии в воздух поднялись 7 из 11 групп первого отряда камикадзе, в том числе 4 группы с базы Мабалакат.

В проливе между островами Лейте и Самар, около прибрежного города Таклобан, летчиками подразделения «Сикисима» были обнаружены американские авианосцы — основная цель японской авиации. Около 11 часов эскадрилья лейтенанта Сэки, летевшего во главе своего подразделения, атаковала противника. Несмотря на заградительный огонь, самолету Сэки удалось поразить эскортный авианосец «Сент Ло» (CVE-63), который днем раньше остался цел после обстрела орудиями главного калибра линкора «Ямато». Летная палуба «Сент Ло» была пробита бомбой и одновременно машиной камикадзе в 5-м отделе посадки самолетов. По сообщению пилота из группы сопровождения камикадзе, вслед за первым самолетом в тот же авианосец и почти в то же место врезался второй истребитель группы. Удары камикадзе вызвали внутри корпуса «Сент Ло» пожар, а несколько мощных взрывов разорвали переборки и разметали самолеты. В результате пожара и взрывов авианосец через 20 минут начал тонуть. Все попытки потушить на корабле огонь и остановить поступление в отсеки забортной воды окончились безрезультатно, и вскоре он затонул.

Ранее, с 23 октября 1943 года, «Сент Ло» назывался «Мидуэем». 14 сентября 1944 года это название было присвоено новому авианосцу, а прежний «Мидуэй» был переименован в «Сент Ло». Такое название было у корабля, успешно воевавшего на европейском театре военных действий. По морским поверьям, переименование корабля — плохая примета. Мистика мистикой, но гибель авианосца стала фактом.

В этот же день в заливе Лейте другие пилоты специальных сил также бросили свои машины на американские авианосцы и шесть из них повредили. Разной степени повреждения получили эскортные авианосцы «Сувани», на котором возник пожар, «Сэнгамон», «Санти», «Киткан Бэй», «Калинин Бэй» и «Уайт Плэйнс».

26 октября «Сувани» вновь подвергся нападению камикадзе в проливе Суригао и снова был подожжен. Истребитель «Дзэро» попал прямо в подъемник для самолетов. Несколькими днями позже от атак камикадзе около Филиппин пострадали авианосцы «Интрепид» (29 октября, у Манилы), «Франклин» (CV–13) (30 октября, около о. Самар) и «Белло Вуд» (CVL-24) (30 октября, у Лейте).

С аэродрома Мабалакат Сэки вылетел на свое последнее задание в звании лейтенанта. После гибели он был повышен в звании по приказу адмирала Тоёда Соэму.

Налеты камикадзе на корабли союзников во время сражения за Лейте оказались в первые дни битвы в высшей степени эффективными, чего нельзя сказать о действиях обычной авиации 2-го воздушного флота адмирала Фукудомэ, в результате которых (в массированных атаках 24 и 25 октября участвовало около 250 самолетов) было повреждено только 5 американских кораблей. Первоначальный успех принесла неожиданность, и почти все машины камикадзе достигли цели. Американцы, не сталкивавшиеся ранее с такого рода военной тактикой, понесли при атаках смертников потери, несоизмеримые с таковыми у японцев. Подсчет потерь после атаки 25 октября показал, что было убито и пропало без вести 1200 американских военнослужащих и уничтожено 128 самолетов.

Один авианосный корабль был потоплен и несколько других выведено из строя. В последующие дни на крупных авианосцах США «Интрепиде» и «Франклине» в результате падения на них самолетов камикадзе и пожара погибло 10 и 56 моряков, соответственно, на «Белло Вуд» атака смертников унесла жизни 92 американцев (убито и пропали без вести). После второго нападения камикадзе на «Сувани» (26 октября) авианосец горел 7 часов. За два дня на его борту погибло 250 человек Множество американских военнослужащих на авианесущих кораблях, крейсерах, эсминцах и вспомогательных судах было ранено.