В первую очередь земледельцы почитали божеств земли и злаков (та-но ками), охотники и путники — богов гор и вулканов (яма-но ками). Небесные божества почитались в храмах, земные — часто вне культовых сооружений, при посредничестве священников (каннуси). При этом священнослужители читали обычно молитвы, называемые норито. Почитание божеств Синто включало в себя обряд очищения (очищение осуществлялось тремя способами: хараи — изгнание демонов, мисоги — омовение тела водой и ими — воздержание), умилостивление духов, когда им преподносили материальные пожертвования (пищу, напитки, гохэй — полоски бумаги, символизировавшие одежду), выражение благодарности и испрашивание для себя различных благ. Почитание сопровождалось обычно танцами и музыкой.

Храм Синто является чрезвычайно важным местом, где происходит контакт человека с миром сверхъестественных существ, то есть ками. Все храмы Синто обычно включают в себя алтарь (хондэн), в котором находятся символические объекты поклонения — зеркало, меч и драгоценности, и молельню (хайдэн). Непременной принадлежностью храмов Синто являются священные ворота тории, устанавливаемые при входе. Тории, так же как и сэминава — толстые веревки, сплетенные из рисовой соломы с вплетенными в них полосками белой бумаги, считаются в синтоизме, во-первых, преградой для всего злого, а, во-вторых, объектами, производящими очистительное действие.

Постепенно разрозненные синтоистские представления и выработавшиеся на их основе культ природы и культ предков, а также вера в магические силы и суеверия, первобытные шаманские и колдовские обряды были оформлены в мифы, объединенные одной сюжетной линией. В этих мифах с относительной последовательностью толковалось, как возникло все существующее в мире, как возникла страна, именуемая Японией, и кому должны быть благодарны японцы за свою страну. Эти мифы и составили официальную синтоистскую мифологию, на которой базируется национальная религия японцев, не имеющая четко выраженного и зафиксированного свода догм.

Основные мифы синтоизма донесены до нашего времени двумя известными памятниками японской старины, произведениями VIII века — «Кодзики» («Записки о делах древности» 712 года) и «Нихонги», или «Нихон секи» («Анналы Японии» 720 года).

В соответствии с древне-японскими мифами, история и создание Японии, происхождение ее национальных божеств и населения было связано с богами Идзанаги-но Микото и Идзанами-но Микото, спустившимися с небес по повелению верховных богов. Боги, произведенные на свет Идзанаги и Идзанами, стали «хозяевами» морей и рек, местностей и явлений природы.

Но одним из главных деяний Идзанаги является создание им трех самых главных богов синтоизма: солнца, луны и ветра. Этими божествами были богиня солнца Аматэрасу Омиками, или «Великая богиня, сияющая на небе», получившая под власть небеса — «Высокую небесную равнину» («Такамагахара») и ставшая покровительницей синтоистского пантеона, бог бури и стихии Сусаноо-но Микото, и бог луны, которого стали называть Цукуёми-но Микото.

Божество солнца (Аматэру ками) почитается в Японии и сейчас. Солнцестояние или равноденствие (хиган) считается праздником. В этот день, а также в первый день нового года верующие приветствуют восходящее солнце обычно на вершине горы. В то же время Сусаноо-но Микото ассоциируется с богом Годзу Тэнно, который почитается в синтоистском храме Ясака в Киото.

Последующие события мифологического периода также сначала касаются деяний небожителей. Затем действия переносятся на землю и рассказывают уже о людях — легендарных личностях, стоявших у истоков японской истории и государства. Одним из них был внук богини солнца Ниниги-но Микото (сына Амэно Осихомими), который должен был установить там верховную власть и начать править Срединной страной Тростниковых Зарослей, то есть Японией. Посылая Ниниги на землю, Аматэрасу вручила ему три реликвии: изогнутый яшмовый драгоценный камень (Ясакани-но Магатама), священное зеркало (Ята-но Кагами) — воплощение божества и солнца и знаменитый священный меч (Амэ-но Муракумо-но Цуруги, получивший впоследствии название Кусанаги-но Цуруги или Кусанаги, трофей Сусаноо, добытый им из хвоста огромного кровожадного дракона), а также копье. Зеркало, драгоценности и меч с момента отправки Ниниги-но Микото на землю начали рассматриваться как главные символы Синтоизма и императорские регалии, означающие законность власти императора. С Ниниги начинается божественное правление на земле. И помогает власти неба именно меч. Драгоценности, как явствует из легенд, всегда хранились в императорском дворце, зеркало находилось в храме Исэ, а меч — в храме Ацута. Там они почитались как особо священные объекты — вместилища божеств (тела богов) — синтай. Копии зеркала и меча специально изготавливались для императора, и он держал их у себя.

Земными правителями древней Японии, как явствует из мифов, были прямые потомки Ниниги-но Микото. Первым императором государства летописи «Кодзики» и «Нихонги» называют Камуямато-Иварэхико, посмертно получившего имя Дзимму-тэнно. Дзимму называют праправнуком Аматэрасу Омиками. Его воцарение и начало правления источники относят к 660 году до н.э. Первого января (по лунному календарю) 660 года до н.э. Камуямато-Иварэхито взошел на престол во дворце Касивара в древнем государстве Ямато и начал править страной.

В императорской Японии эта дата обозначалась как «кигэнсэцу» — день основания японской империи, считаясь государственным праздником. В настоящее время этот праздник называется «кэнкоку кинэнби» — юбилейная дата основания государства. Он был официально восстановлен правительством после оживленных дискуссий в 1967 году. Как и прежде, он является национальным праздником и отмечается ежегодно 11 февраля (по солнечному календарю).

Если основываться на древних источниках, то сейчас идет 2669 год со дня возведения на трон императора Дзимму, и нынешний император является его 125-м прямым потомком. Однако на основании данных истории и, учитывая то, что календарь в Японии был принят только в 603 году н.э., даты, приведенные в «Нихонги» можно рассматривать как весьма условные. В VII веке до н.э. на территории Японии не было никакого государства, и миф о Дзимму был использован для того, чтобы связать «эпоху богов» с земными правителями. В настоящее время считается, что хронисты VIII века дату воцарения Дзимму на престол называли произвольно. Она была введена в хроники, очевидно, в соответствии с китайской теорией цикла, который для каждого эпохального события определяет промежуток времени в 1260 лет. Авторы хроник отсчитали, вероятно, время назад от 601 года, когда принцем Сётоку Тайси была начата разработка важных реформ по созданию сильного централизованного государства и крепкой власти, и определили, таким образом, дату начала правления императора Дзимму — 660 год до н.э., от которого пошел царский род Ямато.

Как указывается в древних записях, свои деяния Дзимму начал с завоевательных походов в возрасте 45 лет. С острова Кюсю, где во дворце Такатихо в Хьюга (вероятно, в современной префектуре Миядзаки) находилась его ставка, он предпринял военные экспедиции в непокорные земли, в частности, на остров Хонсю. Победы над местными вождями и завоевание области Ямато некоторые исследователи связывают с утверждением на главном острове Японии земледельческой культуры Яёи, пришедшей с Кюсю. В числе побед Дзимму, описанных в летописях, упоминается уничтожение бунтовщика по прозвищу Земляной паук Возможно, что в хрониках повествуется о победе над айнским аборигенным населением, в японских источниках имевшим название «земляные пауки» (цутигумо). Предки современных айнов в то время жили в вырытых жилищах — землянках. За боевые подвиги японские воины признали Дзимму военным божеством.