Пристрастие Альенде к марксизму и тот факт, что чилийская компартия была самой многочисленной и прекрасно организованной во всей Южной Америке, делало Чили превосходной мишенью для экспансии советского блока в этой части света. С геополитической точки зрения возможное установление финансируемой Москвой коммунистической диктатуры представляло угрозу национальной безопасности США. Те, кого бранили за помощь чилийским политическим партиям, вроде христианских демократов, были действительно виноваты в поддержке чилийских коммунистов, как это показала цепь последующих событий.
Вскоре Альенде стал президентом Чили, и режим в Восточной Германии был готов оказать ему помощь в лице специалистов Штази.
В течение считанных недель в Сантьяго под дипломатическим прикрытием были отправлены десятки специалистов по ведению подрывных операций и партизанской войне. Помимо них в Чили оказались специалисты и из других восточно-европейских государств, в том числе и офицеры из Чехословакии, которых разместили в лагере под Вальпараисо. Из СССР в Чили поступили оружие и сборные домики. Учениками разведчиков из Восточной Европы стали молодые марксисты из Революционного фронта Мануэля Родригеса.
Когда военный переворот, состоявшийся в сентябре 1973 года, завершился смертью Альенде и крахом его режима, большинству сотрудников Штази удалось скрыться из Чили благодаря своим дипломатическим паспортам и вернуться домой. Однако кое-кто из восточных немцев остался работать в Сантьяго под дипломатическим прикрытием. Сотрудники Штази помогли десяткам коммунистических лидеров, социалистов-радикалов и выдающихся деятелей правительства Альенде и членам их семей бежать в Восточную Германию и найти там политическое убежище. Среди них были Клодомиро Альмейда, принадлежавший к леворадикальным кругам социалистов и занимавший в различное время посты вице-президента, министра иностранных дел и обороны в социалистическо-коммунистическом коалиционном правительстве Альенде; бывший министр иностранных дел Рикардо Нуньес и генеральный секретарь радикальной социалистической партии Чили Карлос Альтамирано. Несколько сотен менее известных левых радикалов также получили убежище в Восточной Европе. Все они получили щедрую помощь от правительства ГДР, главным образом благодаря тому, что дочь Эриха Хонеккера была замужем за чилийским активистом. Мильке приказал управлению внутренней контрразведки генерала Кратча взять на себя ответственность за безопасность чилийских изгнанников. Его подразделение по надзору за иностранцами, руководимое полковником Райнером Вигандом получило приказ вербовать информаторов из числа чилийских эмигрантов и наблюдать за их политической деятельностью.
Демонстрируя свое непрестанное внимание к чилийским делам, Мильке 18 декабря 1976 года письменно обратился ко всем управлениям Штази: «Чекисты ГДР с великим энтузиазмом и радостью приветствуют великую победу дела международной солидарности, ознаменовавшейся освобождением генерального секретаря чилийской компартии, нашего друга и товарища Луиса Корвалана». Корвалан находился в заключении в Чили. «Благодаря борьбе всех прогрессивных сил мира особенно стран соцлагеря, международного рабочего и коммунистического движения, славного сына чилийского народа товарища Корвалана удалось вырвать из лап фашистской военной хунты», — писал на одном дыхании Мильке. Он заявил, что КГБ СССР приняло «определенные меры», заставившие хунту освободить Корвалана. Чего Мильке не сказал, так это того, что вождя чилийских коммунистов обменяли на Владимира Буковского, русского писателя, помогавшего пролить свет на практику расправ советских властей над диссидентами путем принудительного психиатрического лечения. Натаниэль Дэвис, бывший посол США в Чили в дни переворота и ставший позднее послом в Швейцарии, осуществлял последние переговоры по обмену. «Это, видимо, было первым в истории подобным событием, — писал посол впоследствии, — когда Советы менялись „политзаключенными“ с режимом наподобие пиночетского и своими действиями признали, что Буковский был именно таким заключенным, а не обычным преступником или психически больным человеком».
Когда сотрудники Штази, оставшиеся в Чили, завершили работу по вывозу противников пиночетовского режима за пределы страны, они снова взялись за укрепление связей с компартией и в особенности с Революционным фронтом Мануэля Родригеса. Когда компартия Чили публично объявила о том, что от пассивного сопротивления переходит к «вооруженной борьбе», восточно-германский режим оказался вполне готов к этому. Офицеры управления внешней разведки Штази организовали «подпольную железную дорогу», пролегавшую через Мексику. Чилийских коммунистов снабжали поддельными паспортами, а радикалов-специалистов тайно переправляли сначала в Чехословакию, а затем в ГДР.
Тщательно засекреченный и надежно охраняемый специальный учебно-тренировочный лагерь, получивший кодовое наименование «Байкал», был организован восточнее Берлина близ польской границы. Это было идиллическое местечко, располагавшееся между двух озер, окруженное высокими соснами. Чилийцы проживали в шести уютных бунгало и питались в обшитом сосновыми досками банкетном зале. Кроме охраны здесь находились двое поваров и два человека, занимавшихся уборкой помещений. Этот лагерь обычно использовался в качестве тайного места отдыха для сотрудников управления внутренней контрразведки. Согласно указанию Мильке это управление должно было курировать учебу чилийцев. Сам Мильке получал приказы об этом же от генерального секретаря СЕПГ Эриха Хонеккера, руководствовавшегося при этом рекомендациями Германа Аксена. Учебный план на объекте «Байкал» включал в себя методику саботажа и убийств, обращение со взрывчатыми веществами и марксистско-ленинскую теорию. Обращению с оружием чилийцы обучались на стрельбище, созданном персоналом управления госбезопасности в Мотцене, к юго-востоку от Берлина. Для маскировки чилийцев одевали в национальную охотничью одежду зеленого цвета. Курсы длились пять месяцев и обычно начинались в марте. Для того чтобы удостовериться в том, что Штази точно выполняет указания высшего руководства СЕПГ, последнее внимательно надзирало над учебными планами. Функционеры ЦК часто посещали объект «Байкал» с целью контроля над учебным процессом и отдавали новые приказания и тем самым, по свидетельству бывшего полковника Штази Райнера Виганда, «демонстрировали чилийцам руководящую роль партии». Хотя кое-кто из чилийцев обучался и на Кубе, наиболее важное обучение осуществлялось именно в ГДР.
Группы левых городских партизан развязали в 1983 году волну террора в Чили, осуществив ряд взрывов и убийств — именно так, как их обучали специалисты Штази. Бомбы взрывались в Сантьяго, Винья дель Мар, Кильпе, Консепьсьоне и Тальке, разрушая супермаркеты, автобусы, правительственные учреждения и четыре магазина в крупнейшем торговом центре чилийской столицы. С 1983 по 1986 годы произошло более четырех тысяч взрывов, приписываемых подпольному Коммунистическому фронту и Революционному Движению, ответственным за убийства 21 офицера армии и полицейских. В 1984–1988 годах восточные немцы переправили чилийской компартии 6 795 015 долларов для финансирования террористических актов.
В начале августа 1986 года чилийские силы госбезопасности обнаружили 6 тайных складов оружия и; боеприпасов на севере страны. Согласно заявлениям руководства госбезопасности, в тайных арсеналах находилось 3223 автомата, 281 противотанковое реактивное ружье, три тонны взрывчатых веществ, 12 959 гранат и 2 миллиона единиц боеприпасов. Был арестован 21 участник Революционного фронта Мануэля Родригеса. Арестованных обвинили в разгрузке оружия с кубинской рыбацкой лодки. В числе этого оружия были винтовки М-16 производства США, захваченные в свое время северными вьетнамцами.
Самый серьезный инцидент произошел вечером 7 сентября 1986 года, когда партизаны совершили попытку покушения на президента Аугусто Пиночета, устроив засаду в пригороде Сантьяго. Пиночет остался жив и невредим, однако пять человек из его эскорта были убиты, а десять — ранены. Президентский конвой атаковали двенадцать членов Революционного фронта Мануэля Родригеса, использовавших стрелковое оружие и гранаты. Об их судьбе правительство умолчало. Поскольку об арестах ничего не сообщалось, то следует предположить, что все террористы были убиты. Это нападение побудило Клодомиро Альмейду порвать с коммунистами — он заявил, что подобное насилие вызовет репрессии пиночетовского режима против мирного населения. Поступок чилийца поставил его восточно-германских покровителей в неловкое положение. От Альмейды нельзя было просто отказаться, поскольку это могло вызвать ненужные дискуссии в среде международного коммунистического движения. Щекотливая ситуация возникла для ГДР, потому что Карлос Альтамирано, генеральный секретарь радикальной социалистической партии, перебрался из Восточного Берлина в Париж, разочаровавшись в антидемократическом режиме ГДР. Социалист Рикардо Нуньес также публично высказал свое недовольство недостатком свобод у граждан ГДР.
