В качестве подарка будущему монарху Бутурлин соглашался на передачу Швеции уже занятых войсками Делагарди русских территорий. Переговоры, перемежаемые пирами, шли в Хутынском монастыре, где разместилась ставка шведского генерала. Дело шло к подписанию судьбоносного договора, как вдруг возникло препятствие в лице граждан Великого Новгорода, возмущенных тем, что за их спиной решается судьбы исконных новгородских земель. Потеря русского побережья Балтики лишала Новгород главного торгового преимущества — выхода к морю.

Поняв, что убедить горожан не удастся, Делагарди, с ведома Бутурлина, решил действовать силой. 16 июля шведы внезапно атаковали город. Их лазутчик открыл наступавшим Чудинцевы ворота. Не ожидавшие такого вероломства новгородцы оказались не готовы к отпору. Шведы убивали безоружных. Еще один удар в спину нанес воевода Бутурлин. Он не только ушел со своим отрядом из города, но и ограбил по пути Торговую сторону.

Горожане пытались организовать сопротивление. Стрелецкий голова Василий Гаютин, атаман Шаров, дьяки Голенищев и Орлов не пожелали сдаться и легли на месте. Шведы подожгли город. В пламени пожара геройски погиб протопоп Амос. Уцелевшие защитники заперлись в Детинце, но в крепости не было ни продовольствия, ни боеприпасов. Поняв, что сопротивление бесполезно, воевода Одоевский и митрополит Исидор запросили перемирия.

Теперь уже Делагарди мог диктовать свои условия.

25 июля 1611 года между Новгородом и шведским королем «с ведома бояр и народа московского» был подписан договор, согласно которому шведский король объявлялся покровителем России, а один из его сыновей становился московским царем и новгородским великим князем.

Однако королю Карлу IX было не суждено пожинать плоды этой нежданной удачи. В разгар событий король умер. На шведский трон воссел семнадцатилетний Густав II Адольф. Претендентом на русский престол и великим князем новгородским теперь становился его младший брат Карл Филипп.

Перед генералом Делагарди открылись заманчивые перспективы. Став военным диктатором огромной территории, он рассчитывал посадить на русский престол десятилетнего кронпринца, чтобы самому стать регентом при будущем русском царе. В письмах королю Делагарди просил как можно быстрее отправить Карла Филиппа в Новгород, чтобы отсюда в нужный момент быстро переместиться в Москву. Однако Густав Адольф упорно игнорировал обращения генерала. Молодой король вовсе не хотел, чтобы его брат стал русским царем. С ним был согласен шведский риксдаг, полагавший, что для Швеции выгоднее аннексировать русский Северо-Запад вместе с Новгородом, чем основывать московитскую династию. Как писал Карамзин: «Державе предпочли город».

Что касается отношений Новгородского государства с Москвой, то они были весьма запутанными по той причине, что самого Московского государства в это время фактически не существовало. Вместо него был клубок мятущихся провинций. Правительств было два. Первое сидело в блокированной Москве и контролировалось поляками. Земское правительство находилось в Ярославле, где под руководством князя Пожарского формировалось новое ополчение. Если с московским пропольским правительством Новгородское государство находилось в состоянии войны, то с Земским оно сразу установило дружественные отношения.

Осенью 1612 года объединенные силы двух ополчений освободили Москву от поляков. Зимой 1613 года в освобожденной столице собрался Земский собор для выборов нового царя. Одним из кандидатов на русский престол был назван шведский кронпринц Карл Филипп. За его кандидатуру ратовал Дмитрий Пожарский. Однако, несмотря на заслуги князя перед Россией, большинство Собора выступило против его кандидата. Народ, который только что с огромным трудом изгнал интервентов, хотел русского царя. К тому же шведы успели показать себя не с лучшей стороны, отторгнув у ослабевшей России Новгород.

После бурных споров Собор избрал на русский трон никому не известного шестнадцатилетнего Михаила Романова. В России возникла новая династия.

Решение Земского собора вызвало в Швеции запоздалую реакцию. Поняв, что русские могут своими силами преодолеть тяжелый кризис, Густав Адольф теперь готов был навязать Карла Филиппа в качестве претендента на московский престол. Летом 1613 года юного принца привезли в Выборг, где начались переговоры с новгородской делегацией во главе схутынским архимандритом Киприаном. На переговорах в Выборге шведы потребовали от новгородских послов, чтобы они просили Карла Филиппа стать русским царем. Когда новгородское посольство отказалось сделать это, шведы попытались заставить членов новгородского посольства присягнуть шведскому королю.

Это вызвало резкий отпор новгородской делегации. Один из послов, купец Степан Иголкин, заявил, что новгородцы не подчинятся шведской власти, как не подчинились польской, до тех пор, пока в живых останется хотя бы один ребенок. Горн, сменивший Делагарда, приказал схватить Иголкина и даже хотел казнить его, но затем отпустил купца, чтобы не обострять и без того острую ситуацию.

Переговоры закончились полным провалом. Зимой в Новгород были стянуты дополнительные шведские войска. Чтобы придать оккупации вид законности, власти решили организовать своего рода референдум. Через пятиконецких старост новгородцам было предложено ответить, кого они хотят в правители: короля или принца? В самом вопросе заключался подвох. Поддержав короля, новгородцы автоматически становились подданными Швеции, поддержав принца, выступали за государственную самостоятельность. Горожане отвечали, что не могут присягать королю, так как уже присягали принцу, но при этом желают быть в составе Российского государства, ибо «особно Новгородское государство от Российского царствования не бывало».

Несколько месяцев спустя шведы вновь попытались повести новгородцев к королевской присяге. В городе развернулась настоящая пропагандистская кампания. За короля кроме самих шведов активно агитировали их местные «назначенцы». Одновременно власти начали выколачивать из населения налоговые недоимки. Людей сгоняли на площадь и ставили на правеж. Тех, кто соглашался принять королевскую присягу, освобождали от уплаты долгов.

Однако и эти меры не помогли. Главным вдохновителем гражданского сопротивления шведским оккупантам выступила новгородская церковь. С амвонов многочисленных храмов священники призывали паству отстоять веру и отечество и поддержать законного государя Михаила Федоровича. Сообщая об отказе новгородцев присягнуть королю, Эверт Горн писал в Стокгольм: «Владычество их земляков так сильно им по душе, что все они сговорились лучше лишиться жизни, чем отделиться от московского государства».

В поисках выхода из сложившейся ситуации Горн разрешил отправить в Москву новгородскую делегацию, якобы для того, чтобы убедить бояр признать царем Карла Филиппа. Делегацию возглавил хутынский архимандрит Киприан. Напутствуя Киприана, владыка дал ему тайную инструкцию просить царя взять Новгород под защиту. Во время аудиенции послы обрисовали Михаилу Романову ситуацию на Русском Севере и в самой Швеции. Молодой царь дал новгородцам две грамоты: одну для предъявления шведам, гневно осуждающую их попытку склонить москвичей к измене царю Михаилу Федоровичу, другую, тайную, где говорилось, что государь «скорбит душой и телом о Новгороде и помышляет о его освобождении».

Эта грамота, размноженная тогдашним «самиздатом», ходила по рукам в Новгороде, пока не попала в руки шведам. Посольство арестовали, Киприана, невзирая на его сан, морили голодом и избивали на правеже. В ответ новгородцы составили грамоту, в которой отказывались от присяги королевичу Карлу Филиппу. Разъяренный Эверт Горн приказал посалить на кол Якова Боборыкина, который вручил ему отказную грамоту. Только вмешательство англичан спасло новгородца от мучительной казни.

Насильственное удержание Новгорода превращало возрождающееся Московское государство в опасного противника, которых у Швеции и так хватало. Но пока Москва еще не оправилась, можно было добиться от нее крупных территориальных уступок.