Дезориентированный этими событиями Макк решил, что за Дюпоном как раз и следуют главные французские силы, и поспешно отдал приказание войскам вернуться обратно в ульмский укрепленный лагерь, приняв решение — на другой день начать отступление в Богемию. Этот маневр Макк решил прикрыть демонстрацией отряда Шварценберга по правому берегу, а войсками Иелачича — вдоль левого берега реки Иллер. Однако, когда корпус Иелачича в течение 13 октября уже отошел на переход от Ульма, Макк, под влиянием «подтвердившихся» ложных слухов о высадке английского десанта на берега Франции и начавшимся в связи с революцией в Париже отходом французов к Рейну, приказал своим войскам вновь сосредоточиться в ульмском укрепленном районе.

Теперь Наполеон полностью владел обстановкой и был уверен в успехе. Из Мюнхена он писал Мюрату: «Дело идет не о том, чтобы бить врага, но необходимо, чтобы враг не ускользнул от него... Этот день должен быть в десять раз более знаменит, чем день Маренго».

14 октября, имея под Ульмом 120 000 человек, император начал окружение противника. На отдельных участках произошел ряд стычек, которые закончились для австрийцев потерей нескольких тысяч человек и сжатием кольца к 16-му числу. Генерального сражения, в сущности, так и не было. После начавшегося артиллерийского обстрела Ульма Макк 17 октября лично отравился к Наполеону и заявил о своем решении капитулировать.

Французам было сдано 23 000 человек и 59 орудий. Отряд генерала Вернека, преследуемый Мюратом и окруженный им под Трахтельфильгеном, также вынужден был капитулировать, сдались в плен 8000 человек. Только Иелачич с 5000 солдат прорвался к югу, а эрцгерцог Фердинанд и генерал Шварценберг с 2000 конницы сумели ночью ускользнуть из Ульма на север. Общие потери австрийцев составили около 50 000 человек, Наполеон потерял только 6000. Так закончилась Ульмская операция. Оставшаяся лицом к лицу перед превосходящими силами французов Дунайская армия французов перестала существовать.

В этой операции Наполеон дал пример искусно организованного марш-маневра, который заканчивается окружением противника. С одной стороны, помимо подавляющего превосходства в силах, мы видим ясность и определенность поставленной цели — уничтожение живой силы врага. Эта цель достигается решительным и энергичным проведением широкого маневра с внезапным появлением на фланге и в тылу австрийцев. С другой — неопределенность цели, непонимание сложившейся обстановки, ряд непродуманных решений, не доведенных до конца, и отсутствие стремления выйти из тяжелого положения энергичным проведением хотя бы одного из принятых решений.

Причина поражения Дунайской армии заключалась не только в слабости Макка, известного как теоретика, придававшего преувеличенное значение местности, и сторонника замысловатых планов, часто не вытекающих из обстановки. Главное крылось в том, что союзники не сумели определить решающий театр военных действий и не противопоставили Наполеону превосходство в силах, а между тем численная слабость Дунайской армии и нерешительность ее руководства позволили Наполеону закончить операцию и фактически уничтожить армию Макка без крупного сражения.

Пленением остатков Дунайской армии под Ульмом еще не закончилась война Наполеона с третьей коалицией.

Армия Кутузова в это время, изнуренная форсированным маршем, к 11 октября сосредоточилась в Браунау и оказалась одна против главных сил французского императора. В столь невыгодной обстановке, имея всего 46 000 войска, Кутузов принял решение отступать на соединение с корпусом Буксгевдена и австрийскими войсками. Наполеон, в свою очередь, стремился помешать этому, прижать русскую армию к Дунаю и уничтожить. Однако она умело уходила вдоль правого берега Дуная из-под охватывающих ударов противника под прикрытием арьергарда генерала Багратионе, который успешно отбивал атаки. С флангов его прикрывали австрийские отряды Кинмайера и Ностица.

Для усиления арьергарда Багратиона в полупереходе между ним и главными силами русских войск следовал отдельный отряд генерала Милорадовича. Русская армия, поспешно отходя, достигла реки Трун. Уничтожение переправ через Инн задержало французов ненадолго.

В городе Вельс был созван военный совет для обсуждения дальнейшего плана действий. Кутузов предлагал частью сил задержать французов на реке Энс, а главную армию переправить через Дунай, обходя в Богемию; Вену не защищать и в случае необходимости сдать Наполеону. Австрийцы добивались от Кутузова решения защищать переправу у Кремса, «чего бы 0то ни стоило», надеясь, что за это время успеют подойти австрийские войска из Северной Италии. Но русского командующего, к тому же имевшего сведения о тайных переговорах союзников с французами о сепаратном заключении мира, мало интересовали австрийские пожелания. Русская армия с арьергардными боями продолжала отход через Энс к плато у города Санкт-Пельтеи.

Такое движение было расценено Наполеоном как желание Кутузова защищать Вену на более удобной позиции. В правильности этого предположения императора убеждало приближение к Ольмюцу Волынской армии Буксгевдена и стягивание австрийцев к столице. Считая, что Кутузов будет стремиться удержать позицию, Наполеон решил окружить его в районе Сен-Пельтена. С этой целью император направил корпус Даву в обход противника с юга, чтобы встать между ним и Веной; а корпус Мортье был переправлен у Линца на левый берег Дуная с задачей, продвигаясь на восток, захватить переправы у Кремса и отрезать русским пути обхода. Главные силы Наполеона должны были раздавить небольшую армию Кутузова.

Кутузов, ведя непрерывную разведку, разгадал замысел противника. Узнав о переправе корпуса Мортье, русская армия 28 октября под прикрытием арьергарда снялась с позиции. Кутузов решил не защищать Вену, а спасать свое войско. 29 октября русские переправились через Дунай у Кремса, упредив Мортье, 30-го разгромили его корпус. Французы были прижаты к Дунаю и потеряли 4000 человек убитыми и ранеными. Русские захватили свыше 1500 пленных и 5 орудий. Этот быстрый маневр и первая победа, казалось, создавали благоприятные условия для выполнения стратегического плана Кутузова. Однако, прибыв в Эберсбрюн, Кутузов узнал, что 1 ноября австрийцы сдали Вену.

В этой так удачно начавшейся для французов войне все продолжало им благоприятствовать. Венский мост охранял арьергард австрийской армии под командованием князя Ауэрсперга, австрийский генерал имел жесткую директиву — при отступлении мост взорвать. Французам, видимо, предстояли бы тяжелые бои за овладение мостом. Но три французских генерала — Ланн, Мюрат и Бельяр — отважились на неправдоподобно дерзкую авантюру. Они отправились без свиты, без охраны к князю Ауэрспергу и представились ему как парламентеры. Заверив австрийского командующего, будто подписано перемирие, расточая ему комплименты и любезности, они настолько увлекли его беседой, что князь Ауэрсперг забыл о своем прямом воинском долге. Пока продолжался поглощавший все его внимание разговор с тремя любезными французскими генералами, наполеоновские солдаты бесшумно и беспрепятственно переходили через мост. Когда же князь понял, что его обманули, было уже поздно.

Наполеон вступил в Вену, а Кутузов вновь оказался перед необходимостью спасать армию от окружения и разгрома. «Неприятель перешел при цесарских войсках Дунай близ Вены безо всякого сопротивления и, не касаясь отнюдь цесарских войск, объявил им, что идет искать меня. Сии неожиданные для меня большие силы по сю сторону Дуная приводят армию... в большую опасность», — доносил Кутузов Александру I.