Дивизия Дезе, двигавшаяся впереди, начала заходить направо, прошла в двух пушечных выстрелах от укрепленного лагеря, а затем направилась против центра линии мамлюков. Дивизии Репье, Дюгуа, Виаля и Бона следовали за Дезе на некотором расстоянии. Напротив того пункта в линии противника, где намечался прорыв, находилась деревня. Она служила французам ориентиром. Около получаса французская армия двигалась в таком порядке и при полном молчании. Затем Мурад-бей, являвшийся главнокомандующим, догадался о намерении французов и решил помешать им завершить свой маневр. Он понял, что имея многочисленную кавалерию, ему следует атаковать неприятельскую пехоту немедленно, пока она на марше.

С 8000 всадников Мюрат-бей устремился вперед с быстротой молнии, проскакал между дивизиями Дезе и Ре-нье и окружил их. Дезе успел перестроить своих солдат. Одновременно пять французских колонн перегруппировались в каре 300 метров по фронту и 50 метров вглубь. Кавалерия, поделенная на пять дивизионов, находилась внутри строя, артиллерия — на флангах. Со всех четырех сторон каре атакующих всадников стал поражать ружейный и картечный огонь. Генерал Ренье также не замедлил принять оборонительную позицию и открыть огонь.

В это время дивизия Дюуба, с которой находился Бонапарт, продвинулась вперед и очутилась между Нилом и дивизией Дезе, отрезав этим маневром противника от Эмбабы и преградив ему путь к реке. Вскоре дивизия открыла огонь в тыл мамлюкам из своих орудий. В течение часа продолжалась эта яростная схватка, поле сражения покрылось телами убитых и раненых. Иррегулярная, храбрая конница разбилась о несокрушимые французские каре. Некоторые мамлюки поодиночке врубались в строй противника и проскакивали сквозь него. Но неумение скоординировать свои усилия не позволило им сломить французскую пехоту. Всадники утомляли своих лошадей, подскакивая один за другим к каре, и гибли на штыках.

Наконец они отступили за пределы действия огня. Мурад-бей с 3000 человек отошел в Гизу по дороге в Верхний Египет. Остальные мамлюки, оставшиеся позади каре, искали опоры в укрепленном лагере в тот момент, когда его атаковала дивизия Бона. В это время генерал Рампон с двумя батальонами захватил ров pi дамбу, прервав сообщение между Эмбабой и Гизой.

Находившаяся в лагере египетская кавалерия, атаки которой были отбиты дивизией Бона, пыталась прорваться в Гизу. Но, остановленная Рампоном и поддержавшей его дивизией Дюгуа, заколебалась, стала метаться из стороны в сторону и, наконец, бросилась в Нил, где множество людей утонули. Укрепленный лагерь не оказал никакого сопротивления. Арабская пехота, видя разгром кавалерии, вышла из боя и стала переправляться через Нил на небольших лодках и вплавь. Большая ее часть спустилась по левому берегу реки и под покровом темноты разбежалась на открытой местности.

Мурад-бей предпринял нескольких атак в надежде восстановить связь со своим укрепленным лагерем и облегчить отход находившимся там войскам, но все они были отбиты. К ночи он отступил и приказал поджечь флот.

Из 12 000 мамлюков только 3000 человек во главе с Мурад-беем отступили в Верхний Египет; 1200 остались вместе с Ибрагим-беем для обороны Каира и впоследствии отошли в Сирию. Потери египтян составили убитыми, ранеными, утонувшими и пленными около 10 000 человек и все пушки. Мурад-бей в бою был ранен. Французская армия потеряла 300 человек. При свете пожаров солдаты всю ночь обшаривали трупы в поисках золота в мамлюкских поясах.

24 июля Бонапарт вступил в Каир, где нашел массу съестных припасов. Его армия отдохнула после тяжелых переходов. Правда, неприятно было то, что жители слишком уж были напуганы, и командующий издал специальное воззвание с призывом сохранять спокойствие. Но так как он же одновременно приказал разграбить и сжечь село Алькам, заподозрив его жителей в убийстве нескольких солдат, то страх арабов еще более усилился. Такие приказы в подобных ситуациях Наполеон не колеблясь отдавал всюду, где бы он ни воевал: его войско должно было видеть, как страшно карает их начальник всех и каждого, кто посмеет поднять руку на французского солдата.

1 августа произошла катастрофа. Перед французским флотом, стоявшим в Абукирском заливе, внезапно предстала ожидаемая давно, но все же не в этот момент, эскадра адмирала Нельсона. Хотя французы имели превосходство в количестве орудий, Нельсон захватил инициативу в свои руки и к 11 часам утра 2 августа французский флот перестал существовать. Адмирал Брюэс погиб в бою.

Абукирская катастрофа повлекла за собой трагические последствия для армии в Египте — она оказалась надолго отрезанной от Франции. Бонапарт узнал о происшедшем только две недели спустя от курьера, посланного Клебером. Человек сильного характера, главнокомандующий, как это всегда бывало с ним в момент опасности, испытал прилив огромной энергии. Его письма Гантому, Клеберу и Директории динамичны, трезвы, в них нет ни тени колебаний; он уверенно намечает ряд неотложных мер, призванных спасти то немногое, что осталось от флота, он готов восстанавливать его, собирая по кораблю во всех средиземноморских портах. О его сильном душевном волнении можно лишь догадаться по настойчивости, с которой он доказывает Директории, что счастье его не покинуло.

Однако на армию известие разгроме французского флота около Абукира Абукирском заливе произвело гнетущее впечатление. Собственно, разочарование и даже недовольство началось еще раньше. Египет в действительности оказался очень не похож на тот волшебный мир восточных красот и чудес, который рисовало воображение солдат на пути из Тулона в Александрию. После Италии это было разительным контрастом. Бесплодные, выжженные солнцем пустыни, бедность, убогость, темный народ, видевший во французах врагов, отсутствие денег, нехватка воды, постоянно мучающая жажда и все испепеляющий зной! Катастрофа в Абукире приумножила эти настроения. Бонапарт должен был поддерживать дух своей армии, и он это делал, но, оставаясь наедине, сам давал волю мрачным чувствам. Когда Бурьенн высказал надежду, что Директория придет на помощь, Бонапарт не дал ему договорить: «Ваша Директория — это кучка дерьма. Они меня ненавидят и оставят здесь погибать!»

На Директорию он не надеялся, понимая, что может рассчитывать только на самого себя.

 В целом к осени 1798 года положение французов в Египте было стабильным. Они имели достаточно продовольствия, установив правильно действующую систему снабжения и реквизиций. Самое жаркое время прошло, страна сделалась совсем иной. Армия отдохнула и усилилась. Кавалерия энергично пополнялась лошадьми.

Генерал Дезе с 5000 человек и речной флотилией был направлен в Верхний Египет преследовать Мурад-бея и нанес ему поражение в битве при Седимане. Клебер успешно завоевывал дельту Нила. Пользуясь затишьем, Бонапарт активно занимался созданием благоприятных условий для своей армии. На побережье возводились новые батареи, укреплялась Александрия, войска готовились к новым боям, опираясь на опыт, полученный в прошедшей кампании.

Пехотинцы обучались обороне против всадников маленькими группами по 2—8 человек, образуя своего рода каре. Для прикрытия пехоты от кавалерийских атак стали применяться специальные колья с острыми металлическими наконечниками. Колья, воткнутые в песок, скреплялись между собой цепочками, образуя длинные частоколы перед фронтом каре. В кавалерии, получившей 3000 прекрасных арабских коней, также полным ходом шла подготовка к предстоящим сражениям. Лошадей приучали к ружейной и артиллерийской пальбе, изготавливались седла арабского типа. Артиллерия занималась переустройством своих упряжек для использования верблюдов, мулов и даже буйволов.