С огромной энергией Бонапарт взялся и за общественное переустройство Египта, но оказался в состоянии полной изоляции от населения. Он вел переговоры с духовенством о возможности принятия всей его армией магометанства, но арабы отнюдь не были восхищены «освобождением от тирании мамлюков». В конце октября дело дошло до попытки восстания в самом Каире. Несколько человек из оккупационной армии были убиты, и в течение трех дней восставшие оборонялись в нескольких кварталах. Усмирение было беспощадным. Кроме множества перебитых жителей при самом подавлении, несколько дней потом шли показательные казни: от 12 до 30 человек в день. Головы мятежников водружались на колья в назидание остальным мятежникам. «Это окажет на них благотворное действие. Мягкостью здесь много не добьешься».

Но армия-победительница беев оказалась заложницей своих побед. Бонапарт искал выхода из мышеловки, в которой он оказался. Надо было вырваться из Египта, пробиться к необозримым плодородным просторам Востока, и тогда все будет переиграно. Бонапарт не отказался от своих грандиозных планов. В сентябре у него появился новый противник. Турецкое правительство решило ни в коем случае не поддерживать распространенный Бонапартом вымысел, что он не воюет с Оттоманской (Османской) империей, и, отчасти под впечатлением победы англичан над французским флотом около Абукира, объявило войну Франции. В Сирию выдвинулась турецкая армия под командованием сераскера (главнокомандующего) Ахмеда Джеззара-паши, по прозвищу Мясник. Другая армия, при поддержке британской эскадры, готовилась к вторжению в Египет с острова Родос.

Французский полководец решил, не дожидаясь начала действий противника, самому нанести удар по турецкой армии в Сирии, вооружить сирийских христиан и прорваться к Дамаску.

К концу 1798 года численность французской армии в Египте составляла 29 700 человек, из них 1500 были небоеспособны. Для похода в Сирию главнокомандующий мог выделить только 13 000 солдат. В этот экспедиционный корпус вошли дивизии Клебера, Ланна, Бона и Ренье, кавалерия Мюрата в составе двух бригад, артиллерия и вспомогательные части. Это количество Бонапарту представлялось вполне достаточным для начальных наступательных операций. К тому же он весьма низко оценивал боеспособность турецких войск. Сирия должна была быть лишь первым актом в широко задуманном плане действий. Как позднее писал Наполеон, он рассчитывал, «если судьба будет благоприятствовать, несмотря на потерю флота, к марту 1800 года во главе 40-тысячной армии достичь берегов Нила».

9 февраля маленькая армия выступила в поход. Генерал Бонапарт вслед за дивизиями Ланна и Бона покинул Каир 10-го числа. Он оставлял достаточно обеспеченный и хорошо организованный тыл: 2 февраля генерал Дезе взял Асуан, завершив завоевание Верхнего Египта.

Путь французских войск был тяжелым, изнуряющим, даже в феврале жгло солнце, солдат мучила жажда. Но всех воодушевляла надежда: армия шла вперед. Авангард Ренье, преодолев бесплодную пустыню, отбросил на север мамлюков Ибрагим-бея и атаковал Эль-Ариш, но взять город с ходу не смог. На следующий день прибыл Бонапарт и приказал установить артиллерию. Через два дня огонь был открыт и, после пробития бреши в стене, гарнизон пошел на переговоры. 19 февраля Наполеон заключил с осажденными договор о сдаче, согласно которому 3000 человек гарнизона должны были отправиться в Багдад, дав клятву не воевать против французов в течение года.

После четырехдневного отдыха армия двинулась к Газе. Теперь в авангарде была дивизия Клебера. С приближением французов турки оставили Газу. 25 февраля армия Бонапарта вошла в город, здесь ей пришлось пережить четырехдневный проливной дождь, которого солдаты не видели почти год. 1 марта французы двинулись дальше, оставив в Газе госпиталь с заболевшими и ранеными.

Перейдя Суэцкий перешеек, Бонапарт 3 марта осадил Яффу. Гарнизон был блокирован за стенами города. Дивизия Ланна составила левый фланг осадной армии, генерала Бона — правый, Клебер был выдвинут к северу для прикрытия. Траншеи для батарей были готовы к 6 марта. Перед штурмом в город послали парламентеров с предложением сдаться. Офицера и трубача турки приняли, но четверть часа спустя французы увидели их головы, насаженные на пики, а трупы — сброшенными со стен.

В ответ Бонапарт приказал пленных не брать, впрочем, вся армия и так разделяла его мнение. Артиллерия открыла огонь и к 16 часам в одной из башен пробила брешь. Генерал Ланн с полком солдат бросился в нее и захватил цитадель. Ночью состоялся общий штурм: со стороны моря дивизией Бона и с суши — войсками Ланна. После упорного сопротивления город пал. Ворвавшиеся на его улицы солдаты принялись истреблять буквально всех, кто попадался на пути. Дома и лавки были отданы на разграбление.

Спустя некоторое время, когда грабежи и избиение уже подходили к концу, главнокомандующему доложили, что около 4000 уцелевших турецких солдат при полном вооружении заперлись в одном обширном, со всех сторон загороженном месте и что когда французские офицеры подъехали и потребовали сдаться, эти солдаты объявили, что выполнят приказ только в том случае, если им будет гарантирована жизнь, а иначе будут обороняться до последней капли крови. Французские офицеры обещали выполнить условие, турки вышли из своего укрепления и сдали оружие. Пленников французы заперли в сарае, среди них оказались и те, кто под честное слово были отпущены из Эль-Ариша.

Бонапарт был всем этим очень разгневан. Он считал, что совершенно незачем было обещать туркам жизнь. «Что мне теперь с ними делать? — кричал он. — Где у меня припасы, чтобы их кормить?» Не было ни судов, чтобы отправить их морем в Египет, ни достаточно свободных войск, чтоб конвоировать 4000 сильных солдат через все сирийские и египетские пустыни в Александрию или Каир. Командующий раздумывал три дня, однако на четвертый отдал приказ расстрелять всех турок. 4000 пленников были выведены на берег моря и здесь убиты все до единого. «Никому не желаю пережить то, что пережили мы, видевшие этот расстрел», — писал один из французских офицеров.

Вслед за Яффой пала и Хайфа. К середине марта в сражениях с турками была завоевана вся Палестина.

 Чем дальше па восток продвигалась армия Бонапарта, тем становилось труднее. Население Сирии, на поддержку которого он надеялся, было так же враждебно к «неверным», как и арабы Египта. При взятии Яффы французы проявили крайнюю жестокость к побежденным. Но ни арабов, ни друзов, ни турок нельзя было ни запугать, пи привлечь на свою сторону. В Яффе обнаружились первые признаки заболевания чумой. Болезнь вызвала страх у солдат, но эпидемии пока надеялись избежать.

Бонапарт шел впереди армии — молчаливый, хмурый. Война складывалось несчастливо, все шло не так, как он ожидал, все оборачивалось против него. Судьба ему больше не благоприятствовала. Его угнетало еще и другое: в самом начале Сирийского похода у Эль-Ариша Жюно, неизвестно зачем, рассказал, что Жозефина ему неверна. Ярость Бонапарта была беспредельна, он осыпал имя жены солдатской бранью, это было едва ли не самое сильное потрясение последних месяцев. На время оно заслонило все остальное.

Чтобы не остаться в долгу перед Жозефиной, он сошелся с молоденькой женой одного из офицеров, прокравшейся в Тулоне на корабль в мужском платье. Полина не устояла перед льстившими ей ухаживаниями главнокомандующего армией. Лейтенанту, ее мужу, во избежание осложнений было дано срочное поручение во Францию. Вскоре Бонапарт взял себя в руки. Он был солдат и командующий, и на нем одном лежала ответственность за этих людей, под палящим солнцем двигающихся на восток.