18 марта армия вышла к стенам старинной крепости Сен-Жан д'Акр. Турки называли ее Акка. Надо было сломить сопротивление этой твердыни — «судьба заключена в этой скорлупе». За Акрой открывались дороги на Дамаск, на Алеппо, Бонапарт уже видел себя идущим великими путями Александра Македонского. Выйти только к Дамаску, а оттуда стремительным маршем к Евфрату, Багдаду — и путь в Индию открыт.

Крепость располагалась в северной части бухты. С двух сторон город Хайфа выходил к морю, с третьей, на Туронском плато стала лагерем французская армия. Между дивизией Ренье, имевшей приказ обложить Акру, и гарнизоном, который засел в старых развалинах впереди города, не желая укрываться за стенами, завязалась оживленная артиллерийская и ружейная перестрелка. К вечеру 19 марта Репье загнал турок в крепость, блокировав гарнизон во главе с Джеззар-пашой. Началась правильная осада.

Дивизия Ренье составила левый фланг французских войск, Клебера — правый, Ланна и Бона — центр. Кроме того, Бонапарт выделил четыре небольших наблюдательных отряда — всего около 2000 человек — под командованием Мюрата, Ламбера, Жюно и Виаля для патрулирования окрестностей и прикрытия осадной армии.

На следующий день инженеры генерала Кафарелли произвели рекогносцировку. Крепость, с двух сторон окруженную морем, со стороны суши огораживали две стены. Восточная с шестью башнями, протяженностью около 600 метров, и северная, длиной 1000 метров, имевшая семь башен. Эти две стены образовывали почти прямой угол, в его вершине находилась большая старая башня, которая господствовала над ними и над городом. Вид стен позволял надеяться на скорое падение крепости, французы решили, что 12-фунтовых орудий окажется вполне достаточно, чтобы пробить брешь, и что взять город будет также несложно, как и Яффу. Инженеры предложили атаковать восточную сторону как более легкодоступную, пробить брешь в большой башне и произвести штурм.

К 21 марта в 300 метрах от стены была заложена траншея и установлены восемь батарей. Вся артиллерия осаждавших состояла к этому времени из тридцати шести 12-фунтовых полевых орудий и четырех 6-дюймовых мортир. 12 орудий были выделены для нужд наблюдательных отрядов. Кроме того, имелись две взятые в Хайфе крупнокалиберные карронады, но к ним не было ни лафетов, ни ядер соответствующего калибра. Бонапарт ожидал прибытия морем осадных орудий. Однако 22 марта, на глазах французов, английские корабли перехватили в бухте французский конвой, что привело позднее к печальным последствиям. С этого момента английский флот, постоянно наращивая свои силы, осуществлял прикрытие крепости с моря.

23 марта французы начали артиллерийскую атаку. Сутки орудия вели непрерывный огонь и на следующий день пробили-таки брешь в основании большой башни. Казалось, что Акра будет взята уже к вечеру. Но посланные на разведку саперы наткнулись на возведенный турками контрэскарп. Он парализовал все усилия осаждавших в течение четырех дней. Все эти дни саперы вели подземную галерею под препятствие, а артиллеристы пытались привести в боеспособное состояние трофейные карронады — 32- и 24-фунтовую. Лафеты изготовили сами. А 32- и 24-фунтовые ядра, выпущенные из крепости и с британских кораблей, собирали солдаты и сдавали в артиллерийский парк по пять су за ядро. Со временем это превратилось у французов в своеобразный вид спорта. Пехотинцы развивали бурную деятельность на берегу под дулами английских пушек: рыли траншеи, таскали орудия, изображали строительство батарей — лишь бы вызвать огонь противника. И тут собирали ядра.

28 марта минеры взорвали часть контрэскарпа, и французы предприняли штурм. Часть передового отряда прорвалась в башню, но не поддержанная подкреплениями полностью погибла. Французы откатились от стен, потеряв 114 человек убитыми и ранеными.

1 апреля минеры Каффарелли взорвали еще одну мину, которая обрушила контрэскарп. Но к этому времени осажденные сделали брешь непригодной для приступа: они заполнили ее бомбами, заряженными гранатами, железными шипами вперемежку с мусором. Французы все же сделали попытку ворваться в крепость, но снова неудачно. Оставалось надеяться на подземную войну. Каффарелли повел минную галерею подо рвом к большой башне.

Драгоценное время уходило, для Бонапарта обстановка ухудшалась с каждым потерянным днем. 5 апреля поняв, что город держится и турки полны решимости сопротивляться, в Акре высадились англичане. Коммодор Сидней Смит дал дополнительно гарнизону сотню своих офицеров и опытных канониров. Он же доставил в крепость захваченную у французов артиллерию. Опытный инженер Филиппо, соученик Бонапарта по Бриеннской школе, стал советником Джеззар-паши по ведению обороны. Уже 7 апреля осмелевшие турки в количестве 1500 человек предприняли вылазку с целью уничтожить минную галерею. После жестокого штыкового боя они были отброшены в крепость, потеряв 800 солдат.

В это время паша Дамаска сумел собрать 30-тысячное войско. К нему также присоединился Ибрагим-бей со своими мамлюками. Дамасской армии было приказано перейти Иордан, как только в Акре высадится Родосская армия. Но угроза штурма крепости побудила Джеззар-пашу как сераскера послать дамасскому паше приказ не мешкая перейти Иордан и перерезать коммуникации французов с Египтом.

Сирийская армия двинулась из Дамаска на юг двумя колоннами. Сам паша с 25 000 солдат стал лагерем на левом берегу Иордана. На правый берег он выслал авангард, чтобы занять Лубийские высоты перед бродами. Его сын с отрядом в 8000 человек занял мост Якова и направил авангард для осады форта Сафад.

Положение французов становилось затруднительным. Из 13 000 человек, вступивших в Сирию, тысяча солдат были убиты или ранены в боях и осадах, около тысячи больных находились в госпиталях Назарета, Яффы и Газы. 5000 солдат были необходимы для ведения осады. Оставались только 4000 человек для борьбы с 40-тысячной Дамасской армией. Первой на север пошла дивизия Клебера. 15 апреля ему на помощь отправился Бонапарт с дивизией Бона и всей кавалерией.

В это время французские наблюдательные отряды, выигрывая время, нанесли противнику ряд чувствительных ударов. Мюрат с 1000 человек разбил малую колонну турок. Генерал Жюно занимал Назарет. Как только он узнал, что авангард Ахмед-паши в 3000 солдат перешел Иордан, то двинулся ему навстречу и остановил, хотя имел всего 400 человек. 11 апреля к Жюно присоединилась дивизия Клебера. В распоряжении последнего теперь было 2500 солдат, он двинулся на высоты Лубии, разбил турецкий авангард, но на следующий день, опасаясь быть отрезанным от Акры, вернулся на позицию на высотах Назарета. Тогда Ахмед-паша уже всей армией переправился через Иордан и двинулся к Акре.

Генерал Клебер решил, следуя за турками, выйти им в тыл и перерезать их сообщения с Дамаском. Его ошибка заключалась в том, что противнику в данном случае это было безразлично — он налаживал коммуникацию с Акрой, а у французов было слишком мало сил. Поэтому войска Клебера попали в очень тяжелое положение. В 7 часов утра 16 апреля они атаковали с тыла турецкий лагерь и через короткое время были окружены 30-тысячной армией.

В 9 часов, следуя на север, Бонапарт в бинокль увидел у подножия горы Табор два небольших каре, со всех сторон охваченных и атакованных очень большой армией. Главнокомандующий построил свои войска в три колонны и скрытно приблизился к месту сражения. Подобравшись незамеченными, три французских каре с короткой дистанции ударили в тыл неприятелю картечью и штыками. Турки были разбиты при соотношении сил 10:1 в свою пользу. Потери французов составили 300 человек. Добрую службу сослужили долго носимые пехотинцами колья, выставленные в 5—6 рядов перед фронтом каре. Мнение Бонапарта о качестве турецких войск еще более укрепилось: «50 или 60 тысяч турецких солдат образуют толпу, но не заслуживают названия армии. Она не способна выдержать удар французской дивизии численностью в 6000 человек».