Рано утром 3 июня 2 авианосца и их эскорт находились в 180 милях к югу от Датч-Харбора. Плохая погода, ранее укрывшая авианосцы от американцев, теперь сорвала атаку. С них взлетели 15 истребителей, 12 пикирующих бомбардировщиков и 9 торпедоносцев. Один из торпедоносцев «Рюдзё» разбился сразу после взлета. Погода вынудила все самолеты «Дзуньё» и 2 торпедоносца «Рюдзё» вернуться назад. Сократившаяся до 6 истребителей и 6 торпедоносцев ударная группа атаковала Датч-Харбор. (Один из вернувшихся истребителей «Дзуньё» сбил недалеко от соединения «Каталину». 3 американских летчика были подобраны японским крейсером.)

Самолеты появились над целью в 5.45. Над Датч-Харбором они нашли почти идеальную летную погоду. В гавани находились база гидросамолетов, подводная лодка, катер Береговой Охраны, 2 войсковых транспорта. Японские самолеты бомбили и обстреливали гавань в течение 20 минут. Во время атаки серьезно пострадали береговые сооружения, погибли 25 человек. Одна «Каталина» была сбита, вторая сожжена на воде.

Один из японских пилотов сообщил, что видит в соседней бухте 5 или 6 американских эсминцев. После этого сообщения адмирал Какута поднял вторую волну, состоящую из 9 истребителей, 6 пикирующих бомбардировщиков и 6 торпедоносцев, вооруженных бомбами, а также 4 разведывательных гидросамолета с крейсеров. Плохая погода вынудила вернуться и эти самолеты. Однако 3 возвращающихся пилота все-таки сумели найти противника и обстреляли оказавшуюся на поверхности американскую подводную лодку.

4 гидросамолета натолкнулись на 2 армейских истребителя. 1 японский гидросамолет был сбит, второй поврежден. Этот короткий бой произошел прямо над новой базой ВВС на острове Умнак, однако низкие тучи скрыли взлетную полосу от японцев.

После того как первая волна относительно удачно отбомбилась по Датч-Харбору, на обратном пути произошло событие, оказавшее серьезное влияние на дальнейший ход военных действий на Тихом океане. Один истребитель «Зеро», поврежденный над Датч-Харбором, был вынужден сесть на остров Акутан. На японских картах этот остров был обозначен как место вынужденной посадки поврежденных самолетов. Позднее подводная лодка должна была забрать всех оказавшихся там пилотов. Истребитель сел, но на пробеге скапотировал. Пилот погиб, ударившись головой о приборную доску. Позднее этот «Зеро» был найден американцами и перевезен в Соединенные Штаты. Это был первый практически исправный «Зеро», попавший в руки американцев.

Корабли адмирала Какуты медленно двигались к Датч-Харбору, принимая самолеты. Последний самолет сел, когда японское соединение находилось всего в 100 милях от Датч-Харбора. Около 15.00 адмирал Какута повернул на юго-запад, все еще не обнаруженный американскими самолетами, совершавшими разведывательные полеты в радиусе 550 миль. В этот день разбился еще один разведывательный гидросамолет с японского крейсера.

Прогнозы метеорологов предсказывали, что 4 июня погода над Датч-Харбором будет плохой, поэтому в течение ночи 3/4 июня адмирал Какута двигался на запад, заправляя топливом эсминцы и готовя высадку на острова Адак и Атту, намеченную на следующий день. Утром опустился густой туман, а метеорологи предсказывали, что на западе стоит еще более скверная погода. Прогнозы из Токио обещали вероятное улучшение видимости над Датч-Харбором, и адмирал Какута повернул свои корабли назад. 2 «Кейта» взлетели с «Рюдзё», чтобы произвести разведку погоды. На основании их донесений были подняты 15 истребителей, 11 пикировщиков и 6 торпедоносцев. Так как погода была переменчивой, в налете приняли участие только лучшие пилоты обоих авианосцев.

Пока японские самолеты летели к Датч-Харбору, американские самолеты наконец обнаружили авианосцы противника. Сначала одинокий В-26 заметил японские корабли и сбросил торпеду так близко от «Рюдзё», что она пролетела над авианосцем и упала в воду с другого борта. Пилот ушел от зенитного огня, вернулся на базу, загрузился бомбами и снова взлетел, но на сей раз японских кораблей не обнаружил. Его самолет разбился во время возвращения на аэродром. Затем несколько В-17 обнаружили японские корабли, однако их бомбы не причинили японцам никакого вреда. Один бомбардировщик был сбит, из 10 человек экипажа спасся лишь один, который попал в плен к японцам. Последнюю в этот день атаку провели несколько В-26, вооруженных торпедами, но попаданий не добились.

32 японских самолета, взлетевших для атаки Датч-Харбора, снова нашли над городом хорошую погоду. Их бомбы снова нанесли серьезные повреждения береговым сооружениям. 4 новые нефтяные цистерны вместимостью 6666 баррелей были взорваны. В гавани была потоплена плавучая казарма. Американцы понесли большие потери в личном составе.

На обратном пути 4 японских истребителя и 4 пикирующих бомбардировщика встретились над все еще не обнаруженной взлетной полосой на острове Умнак. С аэродрома взлетели 8 истребителей Р-40 и сбили 2 «Зеро» и 2 «Вэла». Один американский истребитель был сбит, а еще один разбился при посадке. В результате за 2 дня операции японцы потеряли 9 самолетов.

Во время атак 4 июня адмирал Какута получил приказ адмирала Нагумо отложить операцию на Алеутских островах и следовать на юг, чтобы соединиться с авианосцами Нагумо к северу от Мидуэя. Северное соединение повернуло на юг, но в 19.30 Ямамото приказал продолжать операцию. Авианосцы должны были держаться в 600 милях юго-западнее Кыски. К «Дзуньё» и «Рюдзё» присоединился легкий авианосец «Дзуйхо» и несколько других кораблей из состава Соединения вторжения. Сформированное авианосное соединение с 7 по 17 июня крейсировало к югу от Кыски в надежде уничтожить какой-нибудь американский авианосец, который будет послан к Алеутским островам. Позднее соединение было усилено авианосцем «Дзуйкаку» с кораблями сопровождения, однако новый бой так и не состоялся. Проводились лишь тренировочные полеты. 7 июня японцы, не встретив сопротивления, высадились на Кыску и Атту. Единственными американскими солдатами на этих островах были 10 безоружных метеорологов на Кыске.

После боя у Мидуэя адмирал Нимиц приказал авианосцам «Энтерпрайз» и «Хорнет» двигаться на север, но приказ был отменен раньше, чем американцы подошли на дистанцию атаки к японскому соединению. Объединенные японские силы могли оказаться слишком велики для измученных пилотов «Энтерпрайза» и «Хорнета».

Японский форпост на севере Американского континента сохранялся до середины 1943 года, когда американские войска освободили Атту и оккупировали Кыску, гарнизон которого японцы эвакуировали перед самым началом американской высадки.

При Мидуэе японский флот потерял 4 эскадренных авианосца, которые внесли огромный вклад в победы первых месяцев войны. Хотя до середины 1943 года американцы не имели превосходства в авианосцах, сразу после сражения у Мидуэя они уже были сильнее противника. После прибытия «Уоспа» Тихоокеанский флот имел 4 эскадренных авианосца, тогда как у японцев в строю находились эскадренный авианосец «Дзуйкаку», средние авианосцы «Дзуньё» и «Рюдзё», легкий авианосец «Дзуйхо» и старый «Хосё».

После Мидуэя разгромленный 1-й воздушный флот в июне 1942 года был расформирован. Вместо него главным ударным авианосным соединением стал 3-й флот. В его состав вошли 2 дивизии авианосцев. 1-я дивизия состояла из эскадренных авианосцев «Сёкаку» (находится в ремонте) и «Дзуйкаку» и легкого авианосца «Дзуйхо». Во 2-ю дивизию вошли «Дзуньё», «Хиё» и «Рюдзё». Авианосцам в качестве прикрытия были приданы 2 линкора, 5 тяжелых и 1 легкий крейсера, несколько эсминцев. Такая организация фактически повторяла концепцию 1-го воздушного флота – сосредоточение всех авианосцев в одном соединении с минимальным эскортом. Японский флот все еще не был готов создавать авианосные оперативные соединения.

Только что вошедший в строй «Хиё» был заложен в 1939 году как пассажирский лайнер «Идзумо Мару». Как и однотипный «Касивара Мару», ставший авианосцем «Дзуньё», «Хиё» (Летящий ястреб) имел водоизмещение 24140 тонн и нес 53 самолета. Он вошел в строй 31 июля 1942 года.