Епископы избирались митрополитами, от которых зависел диоцез, им подавался список из трех имен, составленный по решению коллегии, в которую входило духовенство и знать города. Епископ должен был быть старше тридцати пяти лет, быть женатым не больше чем один раз, и если его жена была еще жива, она должна была уйти в отдаленный монастырь, где и находилась на содержании прелата. Мирянин мог быть избран после подготовки, длившейся три месяца (в IV в.), во время которой он получал указания. В IX в. этот срок был уже равен десяти годам, впрочем, это правило не применяли. Епископ, посвящающий в сан, подтверждал, что новый епископ досконально знает Священное Писание. Можно предположить, что нередко патриарх, император или митрополит пытались навязать своего кандидата. В ранний период епископы были выходцами из духовенства патриарха или митрополита, начиная с VIII в. среди них появляется большое число игуменов (аббатов) монастырей или простых монахов. Вплоть до XIII в. среди епископов можно найти много весьма просвещенных людей: Иоанн Мавропод, епископ Евхаитский, Феофилакт Охридский, который комментировал Гомера, многие другие фигурируют среди лучших ученых византийского мира. Начиная с XIV в., с триумфом исихазма, монахи и набожное невежество захватили епископские престолы, исключив возможность занимать их простым священникам.
Епископ обладал властью над духовенством и некоторым числом монастырей своего диоцеза. Он не мог заниматься светскими делами, но отвечал за финансовое управление церковной собственностью. Он был главным человеком в городе начиная с VII в., но не имел обыкновения жить там, несмотря на императорские приказания, так как епископы предпочитали пребывать в Константинополе, особенно это касается митрополитов, которые, таким образом, принимали участие в управлении церковью и могли получать императорские милости. Епископ нес ответственность за проповедь в своем диоцезе, и ему часто напоминали, что он должен принимать участие в периодических заседаниях провинциальных синодов и уважать указы своего митрополита — явный знак стремления рядовых епископств к автокефалии.
Духовенство делилось на несколько уровней иерархии: чтец должен был быть не моложе двадцати лет, диакон и иподиакон — двадцати пяти, священник — тридцати, диакониса — пятидесяти. Брак священника, который был строго регламентирован в ранние века, постепенно стал обычаем. В конце IX в. допускалось, чтобы священник женился через два года после своего рукоположения. Лев VI запретил эту практику, но женатые священники могли продолжать вести свою супружескую жизнь. Институт диаконис восходит к первым векам христианства. Это посвященные женщины, либо хранящие обет безбрачия, либо вдовы, у которых был только один муж: помощницы священников, они руководили крещением женщин, они обучали оглашенных, надзирали за женской частью храма во время службы. Диаконисы исчезли в XIII в. вместе с процедурой крещения взрослых.
Священники внешне отличались от мирян ношением бороды, двойным венцом тонсуры и строгой одеждой. Освобожденные от военной службы, они не могли находиться и на гражданской службе. Однако они должны были управлять собственностью той церкви, которая была им доверена; двумя церквями, как заключил Никейский собор (787 г.), только в том случае, если доходы одной недостаточны для содержания священника, либо если у второй церкви нет своего священника, что «особенно часто встречается вне столицы». Законодательство соборов и решения патриархов всегда с большой заботой контролировали жизнь священников, клеймя некоторые развлечения (зрелища, азартные игры) и виды деятельности (содержание кабаков, ростовщичество). Начиная с IV в. от них отговаривают простых христиан и запрещают священникам.
Священники находились в юрисдикции епископского суда и не должны были прибегать к судам светским. И в самом деле, начиная с IV в. епископ судит любые гражданские и уголовные дела, в которые оказался вовлечен священник, так, он может предложить свое правосудие двум сторонам, которые ходатайствуют об этом. Среди прерогатив, которыми обладает епископ, выделяется одна очень важная — знать обо всех делах, касающихся права приюта, что позволяет ему остановить ход светского процесса.
Как светская организация, церковь — владелец земельного состояния, которое может только увеличиваться благодаря постоянным новым дарам. Эта собственность неотъемлема, а повинности, которые на нее возложены, являлись предметом постоянных торгов с властью. Несколько раз государство пыталось ограничить притязания церкви: Никифор Фока запретил дарить новые земли митрополитам и епископам (946 г.), он попытался извлечь для государства прибыль из свободных епископских кафедр, но меры, которые он предпринял, его наследник вынужден был отменить из-за реакции прелатов. Лиутпранд из Кремоны, который был послом в Константинополе, в декабре 968 г. высказал свое мнение как западного прелата о тех епископах, которые предоставляли ему приют во время его длительного путешествия: «Они очень богаты золотом, — пишет он, — потому что их сундуки полны», но они живут одни, очень скромно без сомнения, потому что они должны каждый год вносить значительные суммы в государственную казну, соответствующие, впрочем, их ресурсам. Как ему сообщили, например, епископ Левкоса (Левкадия), несмотря на свое состояние, питался только флотскими галетами и небольшим количеством воды. Манунл II в середине XII в. восстановил запрет своего далекого предшественника, касающийся новых земельных подарков, но подтвердил налоговые льготы, которыми пользовалась церковная собственность. Сверх тех доходов, которые получала церковь от использования земельных владений, среди которых нужно выделить бесчисленные учреждения милосердия (госпитали, приюты, богадельни, ясли), получавшие богатые пожертвования, часто освобождаемые от налогов, епископы собирали некоторое число пошлин во время посвящений в сан: запрещенные в раннее Средневековье, эти пошлины были тарифицированы в XI в. Это каноникон, сумма которого была определена в размере одной номисмы с чтеца, трех — с диакона, четырех — со священника. Он распространялся и на мирян под видом как денежной, так и натуральной повинности и возлагался на группу семей. В 1059 г. тридцать семей были обязаны внести одну номисму золотом, две серебряных монеты, козла, шесть модий (буасо) пшеницы, шесть мер вина, тридцать домашних птиц. Верующие были весьма сдержанны, и повинности, которые были на них возложены, кажется, приносили мало доходов епископам начиная с конца XII в. Однако каноникон, который платило духовенство, регулярно взимался и даже увеличивался.
Как светская организация, Византийская церковь, начиная с самого раннего периода, всегда играла в государстве роль, соответствующую ее экономическим ресурсам. Обладая с VI в. законодательной властью, до этого частично принадлежавшей муниципальной администрации, византийский епископ позднее начал контролировать судебный аппарат, всегда оставаясь первым гражданином города.
«То, что ведет к жизни истинно и абсолютно монашеской, достойно настоящего уважения. Но поскольку некоторые пользуются своими монашескими одеждами для того, чтобы вносить раздор в церкви и политические дела, оказываясь то там, то здесь, без всякого плана, в разных городах, и даже принимаются сами основывать монастыри, собор [Халкидонский, 451 г.] постановил, что никто не может ни построить, ни основать монастырь или место для богослужений без разрешения епископа города. Кроме того, было решено, что как городские, так и деревенские монахи будут подчиняться епископу. Они должны удовольствоваться тем, что постоянно будут в смиренном созерцании, посте и молитве в тех местах, которые будут для этого определены. Монахи должны стараться не вызывать беспорядков в делах церкви или государства, не вмешиваться ни в те, ни в другие. Они должны покидать монастырь только в случае необходимости и по приказу епископа города» — пример постоянно повторяющихся усилий законодательной власти и церкви, которые на протяжении всей истории Византии пытались привязать монастыри к иерархии и упорядочить жизнь монахов. Организация монастырей остается уникальной в своем разнообразии и практически независимой, а монахи играют все большую и большую роль в государстве.