Этот флот имел значительный радиус действия. Существовал и провинциальный флот, составленный из легких кораблей, вооруженный за счет центральной власти, он выполнял задачу по охране побережья и подчинялся командованию региона, которому служил. Продолжал существовать и императорский флот, состоящий из тяжелых кораблей, с экипажами из русских или далматов, на содержании у Константинополя — это был флот для действий в открытом море. Организация флота оставалась такой с VII до XI вв. Константинопольская эскадра находилась под командованием друнгария флота, которому подчинялись комиты. Самым важным военным подразделением эпохи был флот фемы киверриотов (исаврийское, памфилийское и ликийское побережье Малой Азии). Его экипажи состояли из лучших моряков, памфилийцев или мардаитов, выходцев из Ливана, и его присутствие отмечается во всех морях империи. Количество судов во всем флоте в середине IX в. достигало 150–200 дромонов, еще больше было легких кораблей. Взятие Крита, а затем и Сицилии арабами повлекло за собой реорганизацию византийского морского флота в IX–X вв. Глава константинопольской эскадры стал друнгарием императорского флота, своего рода морским министром. Он возглавлял этот флот, который не существовал постоянно, только во время конфликтов, в отличие от провинциального или фемного флотов, которые в этом случае просто усиливались. Были созданы две новых фемы — Самос и фема Эгейского моря. В экспедиции под командованием Никифора Фоки, в результате которой империи был возвращен Крит (960–961 гг.), в состав эскадры входили 1000 дромонов, 200 кораблей, вооруженных «греческим огнем», и 307 транспортных кораблей. Полвека спустя императорский флот, экипаж которого в основном состоял из наемников (русских и варягов), стал просто орудием сухопутной армии, и итоговый провал итальянских походов ясно это показал. В это же время провинциальные флоты, которые не должны были больше сражаться с арабскими пиратами, пришли в упадок и исчезли. Матросы из морских провинций выкупали свое право служить, государство централизовало набор людей и снабжение флота. Главная канцелярия по морским делам в Константинополе продолжала развиваться, и теперь ее администрация отвечала за налоговые поступления, предназначенные для флота и содержания морских сил. Весь военный флот и места, в которых базировались корабли, теперь зависели от нее, — это результат такой же централизации военного управления второй половины XI в., как и та, что была проведена в сухопутной армии. «Установление мира и безопасности судоходства повлекли за собой и на этот раз развитие торгового флота и отказ от военных кораблей, которые отныне либо праздно гнили в арсеналах, либо довольствовались исполнением скромных полицейских задач» (Э. Арвейлер). Теперь константинопольский флот обеспечивал только защиту порта и личную безопасность императора.

Осажденный турецкими, норманнскими и печенежскими завоевателями, Алексей I в период своего правления был сильно озабочен проблемой восстановления и сохранения военного аппарата империи. Великий дука, заменивший исчезнувшую должность друнгария флота, встал во главе единого флота, независимого от сухопутной армии, экипажи которого состояли из профессиональных моряков, происходивших с Кикладских островов, прибрежных районов Малой Азии и Греции. Они получали от Константинополя жалованье, а позднее стали оплачиваться из дохода проний, как и сухопутная армия. Престиж Византийской империи как могущественной морской державы снова был признан, впрочем только на небольшой период, поскольку Иоанн II Комнин (первая половина XII в.) решил, по словам хрониста, что «поскольку флот не должен действовать постоянно, то нет и необходимости регулярно выдавать ему суммы на содержание. Только в случаях потребности в нем ему следует выделять деньги из имперской казны». Личный состав был сокращенна византийское побережье оставлено, что повлекло за собой пиратские грабежи. Из-за продвижения армии сицилийских норманнов, которые взяли Корфу, обошли Пелопоннес, опустошили Фивы и Коринф, Мануил I в 1147 г. вынужден был позвать на помощь Венецианскую республику, которой он предоставил торговые привилегии. Но, кроме того, он построил огромный флот, приведя в порядок сохранившиеся корабли, к которым были прибавлены новые боевые единицы. «Покрытые лесами горы, — пишет автор, современник этих событий, — были оголены дровосеками, для того чтобы в морском флоте ромеев были биремы, маленькие и большие корабли, дромоны, транспортные и конвойные суда, а также все виды лодок, необходимых для состава флота». Корфу был отбит у норманнов — слабый результат по сравнению с задействованными силами. Новый императорский флот значительного размера был позднее собран тем же императором, который хотел воспрепятствовать обоснованию норманнов в Восточном Средиземноморье и укрепить там византийские позиции, однако войска, которые вез этот флот, погибли от голода и болезней около Дамиетты, в Египте. У византийского флота больше не было средств для поддержки амбициозных предприятий, отныне он был вынужден довольствоваться защитой морской торговли и охраной побережья от латинских и сарацинских пиратов. Каждая новая созданная фема обладала своим флотом поддержки, зависящим, как и все управление, от дуки, который, в свою очередь, подчинялся императору. Однако во время войны этот флот переходил под командование великого дуки, который во время мира возглавлял только константинопольскую эскадру. Отныне в Средиземноморье началась пора пиратства: византийские правители фем и даже сам император Алексей III Ангел (1195–1203 гг.) занимались пиратством без всякого стыда, так же как и иностранцы, в частности генуэзцы, испанские арабы, позднее венецианцы, которые останавливались только перед Константинополем, тогда защищенном несколькими маленькими судами (1204 гг.). Небольшой византийской империи, восстановленной в Никее, удалось вооружить несколько войсковых частей, особенно на побережье Эгейского моря. Именно они помогли впоследствии Михаилу VIII Палеологу, вернувшемуся в Константинополь, прикрыть малоазийское побережье, в то время как он перевооружал в портах столицы маленький флот с экипажами из гасмулов (дети греческих матерей и латинских отцов), оплачивавшийся из императорской казны. Но в течение долгого времени он оставался зависимым от генуэзских кораблей. Для того чтобы освободиться, император, который должен был защищать Константинополь, построил флот из ста кораблей, но, кроме этого, прибег и к помощи независимых генуэзских и сарацинских пиратов. Ему с трудом удалось добиться победы в битве с латинским флотом Негропонта, около порта Деметриас (1273 г.). Великий дука Ликарий все-таки еще мог тревожить латинские владения Аттики и Пелопоннеса. Это были последние экспедиции последних византийских морских сил, так как флот Михаила VIII был распущен двенадцать лет спустя Андроником II по финансовым причинам: «Триремы остались пустыми в бухте Золотого Рога, — писал хронист Григора, — рассеянные там и здесь, они гнили, трескались и садились на мель в море, кроме нескольких, — число их было мало, — которые продолжали выполнять некоторые задачи и оставались на службе, без сомнения в ожидании лучших дней». Уволенные экипажи поступили на службу к врагам империи, например к латинянам и туркам.

Управление Византийской церковью, которое до этого осуществлялось тремя патриархами: папой римским, папой александрийским и епископом Антиохии, обладателями трех великих апостольских престолов, — в IV и V вв. было дополнено возведением епископской кафедры в Константинополе в ранг патриаршей, а затем и появлением Иерусалимского престола. Эта новая административная география пяти патриархов, закрепленная Халкидонским собором (451 г.), была официально признана Юстинианом и осталась основой строения церкви. Константинополь занимал в иерархии второе место. «Мы постановляем, — написано в новелле Юстиниана, — что его святейшество папа старого Рима будет первым из священнослужителей, а архиепископ Константинополя, нового Рима, будет занимать второе место после святейшего апостольского престола старого Рима и находиться выше всех остальных». Александрия долгое время была самым могущественным патриархатом по территории, на которую распространялась ее юрисдикция (десять митрополий и более ста епископств), протяженности своих владений, своему флоту, своей высокой культурной традиции, абсолютному повиновению своего духовенства и своему бесчисленному множеству монахов. Готовый стать религиозным центром всего Востока, Александрийский патриархат не согласился на повышение Константинополя, вскоре он отделился из догматических разногласий, вызвав сосуществование двух параллельных иерархий, ортодоксальной, или мелкитской, подчинявшейся центральной власти, и якобитской, или монофизитской, которая восторжествовала после арабского завоевания VII в. Антиохийский патриархат (семнадцать метрополий, сто тридцать восемь епископств) был самым обширным, но его границы были неопределенными, а население неоднородным из-за различия в языках и обычаях: это была земля, предрасположенная к ересям (монтанизм, манихейство, несторианство), — знаки культуры и одновременно причина ослабления патриархата, что также привело к созданию двойной иерархии — мелкитской и якобитской. Патриархат Иерусалима (четыре метрополии, пятьдесят одно епископство) занимает особое место в церковной администрации, поскольку если его территория и была ограниченной, то его значение было весьма велико благодаря святым местам, которые начиная с IV в. привлекают толпы паломников и богатые дары великих всего мира. Восточные патриархаты с самого начала отличались распространенностью христианства у сельского населения и большим числом монастырей. Именно в монастырской среде формировались теологи, именно из числа монахов чаще всего избирались епископы и патриархи. Связь между пятью патриархами поддерживалась через постоянных посланников, которые назывались апокрисиарии, новоизбранные патриархи отправляли своим коллегам синодик (символ веры), который включал копии основных постановлений Вселенского собора, обменивались протоколами синодальных собраний, во время литургии поминались другие патриархи, живые и умершие. Арабское завоевание отняло у Византийской церкви восточные патриархаты. Патриархи Константинополя при поддержке императоров до самого падения империи старались сохранить или вернуть под свою власть церкви, которые находились на Востоке в иностранных владениях (арабские, франкские или турецкие), но вопрос о восстановлении совместного управления патриархов больше не поднимался. Что касается Римского патриархата (Италия, Балканский полуостров и Крит, Африка и Испания), сильно потревоженного славянской миграцией на Балканах, потерявшего Африку и Испанию в результате арабских завоеваний, то затем он утратил и административное первенство, перешедшее к Константинополю. В первой половине VIII в. из-за переформирования провинций, которые входили в его состав (732 г.), император Лев III отобрал у него церковную провинцию Иллирик, или как минимум большую ее часть (кафедры Коринфа, Патр, Афин, Лариссы, Фессалоники, Никополя и др.), Сицилию и Калабрию, Крит, которые отныне зависели от Константинополя. Автор IX в. Василий de Jalimbana из Армении объяснял это тем, что «кафедры были переданы синоду Константинополя, потому что папа старого Рима находится под властью варваров», намекая на тот факт, что в середине века предшественник Стефана II перешел к франкам вместе с древним византийским дукатом Рима, в котором он стал настоящим правителем.