Большое количество несепаристских пуритан высадилось в Салеме и Бостоне после 1628 года. В 1626 году Джон Уайт, пуританский служитель в Дочестере в Англии, организовал компанию для заселения людей в Салеме. Примерно пятьдесят человек из компании высадились в Салеме осенью 1628 года и избрали своим губернатором Джона Эндикотта. Эти люди были либо пуританскими конгрегационалистами, либо, возможно, англиканцами, склонявшимися к конгрегационализму еще до того, как покинули Англию. Добрая медицинская помощь доктора Самуэля Фуллера, который прибыл из колонии сепаристов в Плимуте, подкрепляла их зимой 1628–1629 года, но кроме того, доктор убедил колонию в Салеме образовать конгрегационалистскую систему управления Церковью, основанную на Завете.

В 1629 году организация Уайта вошла в компанию «Массачусетс Бэй». Все акционеры «Массачусетс Бэй», которые не хотели уезжать из Англии, вышли из компании, а примерно девятьсот человек отплыло в Америку с руководством компании и хартией в надежде избавиться от деспотического правления Карла I. В 1631 году Массачусетский генеральный суд ограничил право голосовать только членами церкви, и конгрегационализм стал государственной религией. Колонисты отвергли епископат, но придерживались принципа единообразия веры. Джон Винтроп (1588–1649) стал губернатором поселений в Салеме и Бостоне. Более 20 тысяч пуритан прибыло в эти поселения с 1628 по 1640 год. Служители для этих увеличивающихся в количестве церквей были выпускниками университетов. Большинство из них получило образование в Кембридже. Они толковали авторитетное Писание людям так, чтобы те знали, каким образом применять его в личной и общественной жизни. Хотя управлялась Церковь конгрегацией, богословие этих пуритан было кальвинистическим.

Желание занять прилегающие плодородные районы и нетерпимость руководителей Новой Англии привели к положению, которое можно описать как «роение» пуритан. Томас Хукер (1586–1647), назначенный в 1633 году служителем в Ньютоне, был не в восторге от ограничения на участие в выборах лишь членами церкви. Он и его конгрегация подали петицию в магистрат, чтобы им разрешили переселиться в плодородную долину реки Коннектикут, на запад. Им было разрешено отправиться туда, и к 1636 году было основано три города. В 1638 году было создано «Фундаментальное законодательство Коннектикута», которое стало конституцией новой колонии. Эта конституция была более либеральной, чем конституция прежней колонии, поскольку требование быть членами церкви накладывалось лишь на губернатора, а управление основывалось на добровольном согласии людей, проявлявшемся в их голосовании за магистра.

Основание еще одной колонии произошло благодаря Джону Дэвенрорту (1597–1670), пастору Церкви в Лондоне, и одному из членов этой Церкви Теофилу Итону, которые в 1636 году отправились в Америку со многими членами конрегации. Они решили, что не найдут счастья в Бостоне, и образовали колонию в Нью-Хэйвен, в южной части современного Коннектикута. Они приобрели землю у индейцев по договору и в 1639 году создали общину, основанную на Библии, в которой могли голосовать лишь члены Церкви. В 1664 году эта колония слилась с другими и образовалась колония Коннектикут.

Единство богословия и управления было регламентировано на Кембриджском синоде 1646 года, где представители четырех пуританских колоний приняли «Вестминстерское исповедание» как выражение их богословия, а окончательно утвердили «Кембриджскую платформу» в 1648 году. Эта «Платформа» провозглашала, что каждая Церковь является автономной и сообщается с другими Церквами для совета. Каждая Церковь создавалась церковным заветом, объединяя верующих друг с другом и со Христом — Главной Церкви. Пасторы и диаконы были главными служителями, рукоположение осуществлялось служителями соседних Церквей.

Первые пуритане не полностью игнорировали своих языческих соседей. Джон Элиот (1604–1690), пастор Церкви в Роксбери, который начал работать среди индейцев в 1646 году, организовывал своих обращенных в поселениях. К 1674 году насчитывалось уже четырнадцать деревень, где жило примерно 24 тысяч христианских индейцев. Он также перевел Ветхий и Новый завет на язык индейцев в 1661–1663 годах соответственно.

Появление Баптистских Церквей в Америке также было связано с «роением» пуритан. Роджер Вильямс (ок. 1603–1683), который получил образование англиканского служителя в Кембридже, вскоре принял сепаратистские взгляды. Независимость ума увела его от враждебной Англии в Бостон в 1631 году. Оттуда он отправился в Плимут, поскольку считал, что бостонская Церковь недостаточно очистила себя. В течение двух лет он служил в Плимуте. Когда Церковь в Салеме пригласила его в качестве пастора в 1635 году, Генеральный суд воспрепятствовал этому на настоянию Джона Коттона. Вильямсу было приказано выбыть с территории, находящейся под юрисдикцией Коттона, в течение шести недель, из-за того, что он поддерживал право индейцев на владение землей, противостоял государственной Церкви и настаивал на том, что магистраты не имеют власти над религиозными взглядами человека. Оставив свою жену и детей в пустом доме, он бежал в лес глубокой ночью и скитался там, пока дружественные индейцы не дали ему помощь. В 1636 году он приобрел землю у индейцев и основал Провиденс.

На следующий год миссис Анна Хатчинсон (1591–1643) вызвала недовольство властей из-за собраний в ее доме, где она провозглашала так называемый «завет благодати». Этот завет противоречил завету служения, который, как она говорила, провозглашали все служители, кроме Джона Коттона. Неприятности ей причинила проповедь внутреннего озарения и провозглашение полной уверенности в спасении. Высланная из колонии незадолго до рождения ее ребенка, она были вынуждена идти холодной зимой на Род-Айленд, где она и ее последователи поселились в Нью-Порте и Портсмуте. Джон Кларк (1609–1676), врач и проповедник, стал наставником и пресвитером Церкви в Нью-Порте в 1638 году, но точно неизвестно, была ли эта Церковь Баптистской.

В 1639 году была основана Церковь в Провиденсе, и все ее члены были перекрещены, включая Вильямса. Неясно, было ли совершено крещением погружением, но в любом случае двенадцать человек организовали Церковь по баптистскому образцу. Хотя в Нью-Порте была церковь в 1638 году, первая явно Баптистская Церковь в Нью-Порте, в соответствии с источниками, появилась в 1648 году. Церкви в Нью-Порте и в Провиденсе до сих пор спорят между собой за право называться самой старой Баптистской Церковью в Америке. Вильямс позже отошел к церкви в Провиденсе, но он продолжал приносить пользу колонистам, поскольку помог получить временную хартию для Род-Айленда в 1644 году. Эта хартия была подтверждена хартией 1663 года, дарованной Карлом II. Самый большой вклад Вильямса — то, что он настаивал на отделении Церкви от государства и на свободе совести. Великое баптистское братство современности распространилось благодаря его ранней деятельности на Род-Айленде.

Центральная и Южная Америка получили однородную латинскую авторитарную римско-католическую культуру от Испании и Португалии, но в Северной Америке, за исключением Квебека и Луизианы, развивалась плюралистическая англосаксонская протестантская культура, пришедшая из Северной и Западной Европы. В 1565 году испанцы ввели во Флориде, Аризоне и Калифорнии, а позже в Нью-Мексико недолго продержавшееся там католичество. Французы принесли католичество в Квебек, но оно пустило корни в тринадцати колониях лишь в 1634 году в Мэриленде. Большинство ирландцев и немцев, приехавших после 1850 года, были католиками.

Лорды Балтиморы — Джордж Кальверт (ок. 1580–1632) и его сын Сесл Кальверт (1605–1675) — были владельцами земель, которые стали известны как Мэриленд. В отличие от идеалистического Роджера Вильямса Кальверты были заинтересованы в выгоде. С 1634 года, когда появилась колония, они проводили политику религиозной терпимости, и в колонии могли селиться не только протестанты, но и католики. Строгий политический контроль Кальвертов был сбалансирован религиозной терпимостью, пока Мэриленд в 1692 году не стал королевской колонией. Англиканство стало государственной религией в 1702 году, когда английское правительство окончательно признало акт Колониальной ассамблеи 1692 года.