В Базеле весной 1536 года в возрасте 26 лет Кальвин вершил свой величайший труд «Наставления в христианской вере». Небольшое сочинение было обращено к французскому королю Франциску I в попытке защитить протестантов Франции, которые претерпевали гонения за их веру, и призвать Франциска признать идеи Реформации. Первое издание было, таким образом, апологетическим, в нем Кальвин развивал свое понимание христианской веры. Влияние «Катехизиса» Лютера можно увидеть в порядке изложения этого первого издания. Прежде всего Кальвин изложил Десять заповедей. Затем на основе апостольского символа веры — вероисповедание, затем молитву на основе молитвы «Отче наш», два таинства, описал ложность римских взглядов на Тайную Вечерю и в конце сказал о христианской свободе граждан, которую он соотносил с их политической свободой. Сочинение выдержало несколько изданий до последнего издания в 1559 году. Это последнее издание состоит из четырех книг и восьмидесяти глав и является обширным сочинением по богословию.

Основная идея богословия Кальвина — это полная суверенность Бога. Кальвин имел величественную концепцию Бога и Его славы, которая так типична для некоторых пророков Ветхого завета. Он верил в полную греховность всех людей. Человек наследует вину греха от Адама и не может ничего сделать для своего собственного спасения, поскольку воля его полностью развращена. Затем Кальвин учил, что спасение — это дело безусловного выбора, не зависящего от человеческих достоинств или Божественного предвидения. Выбор же основывается на суверенной воле Бога и является двойным предопределением одних ко спасению, других к осуждению. Кальвин также полагал, что служение Христа на кресте совершилось лишь для тех, кто избран ко спасению. Эта вера проявляется в его учении об ограниченном примирении. Учение о неизбежной благодати является естественным следствием этого. Избранные будут спасены независимо от их собственного начального желания, когда Дух Святой неизбежно приведет их ко Христу. Сохранность святых является последним важным положением в его системе: те, кто избран и кто неизбежно спасется через работу Духа Святого, никогда не будет окончательно потерян.

Хотя богословие Кальвина расставляет акценты почти как богословие Августина, Кальвин разработкой своей системы обязан изучению Писаний, а не трудам Августина. Как и другие реформаторы, он уже от Библии обратился к Августину, для того чтобы найти поддержку этого выдающегося отца Церкви, а не наоборот.

В это время Реформация проникла во французские кантоны Швейцарии. Гильом Фарел (1489–1565), рыжеволосый, с горячим нравом, громким голосом, с пророческими склонностями, начал Реформацию в Женеве. Фарел родился во французской семье среднего класса и получил образование во французских университетах. Вскоре после 1521 года он принял идею Лютера об оправдании верой. При поддержке Берна он помог распространить реформатские взгляды. В 1532 году он начал работу в Женеве, в 1535 году победил в диспуте с противниками Реформации, и в 1536 году Генеральная ассамблея граждан города формально признала взгляды Реформации. Фарел осознавал, что ему нужен человек, обладающий организаторским талантом, чтобы помочь утвердить Реформацию в Женеве. Однажды в 1536 году во время своих путешествий Кальвин остановился в Женеве на ночь. Фарел пришел к нему и призвал помочь. Кальвин стал колебаться, поскольку ему нравилось быть студентом и заниматься богословием, Фарел сказал, что на Кальвине будет лежать проклятие Бога, если он не останется, и Кальвин в страхе, как он позже признался, решил остаться. В 1536 году Кальвин был рукоположен служителем, ответственным за обучение в Женеве.

В 1537 году Кальвину и Фарелу удалось провести декрет о том, что Тайная Вечеря должна проводиться в установленное время, что нужно подготовить детский катехизис, принять конгрегационное пение и утвердить наказание в виде отлучения от Церкви. Эти два человека составили катехизис и краткое исповедание веры, но споры о литургии Тайной Вечери привели к тому, что их в 1538 году отправили в ссылку.

С 1538 по 1541 год Кальвин служил религиозным беженцам Франции в Страсбурге, где Мартин Бусер (1491–1551) проводил реформу, и читал лекции по богословию. В 1540 году он вступил в брак с Иделеттой де Бур, вдовой анабаптистского пастора. Их единственный сын умер в детстве, а в 1549 году умерла сама Иделетта.

В 1541 году силы Реформации снова взяли верх в Женеве, и Кальвин был приглашен вернуться туда. В тот же самый год он обнародовал «Церковные установления», в которых было коротко описано служение четырех классов служителей в церкви. Ассоциации пасторов предоставлялось проповедовать и поддерживать дисциплину, группе учителей — обучать вероучению, группе диаконов — руководить благотворительной работой, а самая важная из всех консистория, составленная из служителей и пресвитеров, должна была надзирать над богословием и моральными устоями сообщества и наказывать в случае необходимости своенравных членов Церкви вплоть до отлучения. Для большей эффективности системы Кальвин использовал государство, чтобы приводить в исполнение более суровые наказания.

Эти наказания оказались слишком жестокими. В 1546 году 58 человек было казнено и 76 сослано. Сервет (1511–1553), который подвергал сомнению учение о Троице, был сослан в 1553 году. Хотя мы не можем оправдать эти деяния, мы можем понять людей того времени, веривших, что человек должен следовать религии государства и что неповиновение достойно наказания смертной казнью. Этих взглядов придерживались как протестанты, так и католики. Некоторые из установлений Кальвина сегодня также можно было бы рассматривать необоснованным вмешательством в личную жизнь людей.

В 1564 году Кальвин умер, измученный работой, слабый телом, но страстно трудившийся на благо Евангелия. Теодор Беза (1519–1605), ректор Женевской академии, взял на себя руководство в Женеве после Кальвина.

Самый большой вклад Кальвина в реформатскую веру — его «Наставления в христианской вере», которые были приняты как авторитетное выражение богословия Реформации. В этом сочинении он заложил основы реформатских взглядов на роль богословия и на центральное положение Бога в христианском богословии.

Кальвин был также плодовитым автором посланий ко многим, кто обращался к нему за советом со всей Европы и Британских островов. Его послания и другие сочинения составляют примерно 57 томов в сочинениях Реформации. Сохранились до сих пор 2000 его проповедей.

Кальвин также содействовал образованию. Он установил в Женеве трехступенчатую систему обучения, вершиной которой являлась академия, сейчас известная как Женевский университет (обр. в 1559 году). Его внимание к знаниям оказало позже влияние на Америку, когда кальвинистские пуритане создавали в Новом Свете систему колледжей.

Женева под руководством Кальвина стала вдохновляющей силой и моделью для тех, кто пытался где бы то ни было реформировать веру, и она предоставляла убежище тем, кто претерпевал гонения за реформатские взгляды. Джон Нокс на некоторое время получил убежище в Женеве и был очарован великолепными проповедями Кальвина. Многочисленные комментарии Кальвина к Библии изучались теми, кто принимал его идеи после его смерти. Организация Женевской церкви стала образцом для реформатских церквей.

Кальвин также оказал влияние на рост демократии, поскольку принял принцип представительства в управлении Церковью и государством. Он полагал, что Церковь и государство созданы Богом для блага людей и должны сотрудничать в целях распространения христианства. Его призыв к труду и бережливости и к развитию промышленности стимулировал рост капитализма.

Некоторые полагают, будто кальвинистское богословие подрывает самые корни благовестия и миссионерского служения, однако любое изучение истории распространения Евангелия показывает, что те, кто исповедовал реформатскую веру, сыграли важную роль в великих пробуждениях прошлого и в современном миссионерском движении.