Тем временем полк Дер Фюрер получил приказ идти на Прагу, где ему предстояло осуществить, выражаясь современным языком, "гуманитарную миссию". Когда части Красной армии вступили на территорию Протектората, администрация "чёрных (Альгемайне) СС", в чьих руках оказалось управление Прагой, разработала план эвакуации местного немецкого населения, опасаясь, что пражские немцы могут пасть жертвой репрессий советских карательных органов, но прежде всего — отчаянно расхрабрившихся к концу войны чехов. В начале мая Отто Вейдингер повел свой полк в Прагу, где полк Дойчланд когда-то нес охрану "Имперского протектора Богемии и Моравии", для выполнения порученной ему миссии. После почти шести лет непрерывного участия в жестокой агрессивной войне, развязанной национал-социалистическим режимом, полку Дер Фюрер было суждено в последние дни своего существования вернуться в Прагу в совсем ином качестве — для выполнения "миссии милосердия".

Когда полк через три дня после получения приказа прибыл в Прагу, гренадерам СС сразу бросилось в глаза отстутствие среди жителей города прежнего уважения к германским властям и военным. На домах открыто развевались или были вывешены из окон чехословацкие национальные флаги. Разоружённые германские солдаты, сложив оружие перед партизанами, беспорядочными толпами покидали город. В одном из пригородов Праги чешские повстанцы возвели большую баррикаду из булыжников, вывернутых прямо из мостовой. Пару часов гренадерам полка Дер Фюрер пришлось потратить на разборку баррикады под обстрелом чешских снайперов. К вечеру эсэсовцам удалось проделать в баррикаде проход, достаточно широкий для прохода боевызх машин, и колонна смогла продолжать движения. С наступлением ночи на пути полка возникло новое прптятствие. Мост, который ему предстояло перейти, оказался занятым чешскими партизанами, открывшими по голове эсэсовской колонны огонь из пулеметов и винтовок. На протяжении нескольких часов, до следующего утра, люди Вейдингера, используя пулемёты бронетранспортеров, но не пуская в ход свои самоходные орудия, чтобы избежать лишнего шума, вели перестрелку с инсургентами. Уличный бой, в котором полк потерял двадцать пятьчеловек убитыми и ранеными, был прерван появлением чешского офицера в мундире чехословацкой армии, и офицера германского вермахта, вступившими в переговоры с командиром полка СС и партизанами на мосту в качестве посредников с целью заключения перемирия. В ожидании возвращения этих двух парламентеров, обещавших добиться разрешения на пропуск полка Дойчланд в центр города для выполнения гуманитарной миссии, эсэсовцы обнаружили поблизости брошенные армейские склады, где и запаслись горючим, солдатскими пайками и боеприпасами. Численность полка заметно возросла за счет разрозненных групп и отдельных солдат вермахта и "люфтваффе", присоединявшихся к "зелёным эсэсовцам" и изъявлявших желание помогать им в выполнении гуманитарной миссии.

К вечеру Вейдингеру надоело ждать возвращения посредников. Он уже собирался отдать приказ своей самоходной артиллерии обстрелять партизан на мосту, но тут чешский и германский офицер возвратились, сообщив штурмбанфюреру о заключении перемирия между германским гарнизоном Праги и чешским повстанческим комитетом. Получив разрешение проследовать по мосту в центр города, полк Дер Фюрер соединился в Градчанах с частями гарнизона, военным руководством и высшими чинами местных органов СС общего назначения. Прибыл к людям Вейдингера и сам государственный министр по делам Богемии и Моравии (управлявший Протекторатом в отсутствие Имперского протектораВильгельма Фрика) доктор Карл-Герман Франк, "долго и горячо" благодаривший Вейдингера "за своевременное прибытие". К этому времени сформированный представителями немецкого населения Праги Эвакуационный комитет во главе с Ее Высочеством Ингеборг-Аликс принцессой Штефан(именно "Штефан", а не "Штефанией", как часто неправильно пишут!) цу Шаумбург-Липпе, уже успел эвакуировать из Праги в Баварию более пятисот немецких женщин и детей. Принцесса служила в административных органах Альгемайне СС Протектората Богемия и Моравия и являлась директрисой общежития службы помощниц местных СС общего назначения.

В первых числах мая 1945 года принцесса Штефан цу Шаумбург-Липпе сделала в своем дневнике следующую запись: "В Праге царит абсолютный хаос, и мы находимся в самом центре этого хаоса". Несмотря на то, что между германскими оккупационными войсками и чешскими партизанами удалось, в конце концов, заключить перемирие, снайперы, засевшие на крышах близлежащих зданий, по-прежнему держали Градчаны под обстрелом. Недостатка в патронах они, в отличие от немцев, по всей видимости, не испытывали. Как писала принцесса Штефан цу Шаумбург-Липпе в своем дневнике, "повсюду лежали убитые и раненые люди, в том числе немало женщин. Я видела собственными глазами, как женщина, осмелившаяся выйти с хозяйственной сумкой на совершенно пустую улицу в перерыве между боями, была застрелена на месте". По твердому убеждению принцессы, "пуля, убившая эту несчастную женщину, была, конечно, выпущена не из немецкой винтовки".

Солдаты полка Дер Фюрер начали грузить немецких жителей Праги на армейские грузовики. Вейдингер и другие офицеры "зелёных СС" подчеркнули, что не покинут город, если в нем останется хотя бы один немецкий беженец. Наконец автоколонна СС, состоявшая из сотен битком набитых беженцами грузовиков и сопровождаемая тысячами солдат (считая войска бывшего пражского гарнизона) медленно двинулась в направлении Пильзена. Чтобы обеспечить им возможность эвакуироваться, чехи убрали дорожные заграждения и даже установили специальные дорожные знаки, чтобы немцы как можно быстрее покинули город. В общей сложности германская колонна насчитывала более тысяч и транспортных средств различных типов, начиная от легковых автомобилей и кончая бронетранспортерами. Из радиосообщения Вейдингер и его люди узнали, что новый фюрер "тысяч елетнего Рейх а" гросс-адмирал Карл Дёниц, согласился на безоговорочную капитуляцию всех германских вооруженных сил перед державами антигитлеровской коалиции.

До того, как автоколонна покинула Прагу, эсэсовцы узнали, что на городском вокзале стоит на путях забытый всеми германский военный эшелон. "Зелёные эсэсовцы" немедленно поспешили на вокзал, пересадили всех солдат до единого из вагонов на грузовики (прежним пассажирам пришлось потесниться) — и тут к колонне присоединилась группа женщин-связисток из вспомогательных частей СС (СС — Гельфериннен). Их, разумеется, тоже взяли с собой. Наконец процессия двинулась дальше. Находясь под охраной "зелёных СС" в относительной безопасности от нападений чешских партизан (но не советских воинских частей!), многокилометровая автоколонна направилась в сторону американской оккупационной зоны.

Утром 9 мая она была, однако, остановлена на блок-посте генералом германского вермахта и чехом в мундире полковника чехословацкой армии, потребовавшими от эсэсовцев сдать все имеющееся у них огнестрельное оружие. Вейдингер без долгих колебаний выполнил требование (приказав своим гренадёрам предварительно испортить все оружие). По всей колонне полетели в кюветы затворы, вынутые из винтовок. Когда взрывали пушки, один из артиллерийских офицеров "зелёных СС" застрелился прямо на лафете своего орудия. Немало оружия было припрятано, из пистолетов вообще не был сдан ни один (кто знает, что ждало колонну в пути?). Чех и немец долго ругались, но, наконец, дали колонне Вейдингера разрешение проследовать дальше в Пильзен. Прибыв по месту назначения, он провел прощальный парад, раздал гренадёрам пайки и выдал им последнее жалование. В тот же день "зелёные эсэсовцы", добравшись до американской оккупационной зоны, высадили из своих машин всех пассажиров и проследовали дальше в Рокичаны. В этом чешском городе полк Дер Фюрер сдался в плен частям 2-й пехотной дивизии армии США и окончательно сложил оружие (кое-что у гренадёров все-таки оставалось). Тем временем часть дивизии, дислоцированная в районе уничтоженного англо-американской военной авиацией Дрездена, также сложила оружие.