Хотя Соединенные Штаты ратифицировали либеральный торговый договор с Марокко в 1787 году, Республика, даже в соответствии с новой федеральной конституцией, не могла так легко договориться с Алжиром. В 1793 году, прежде чем администрация Вашингтона смогла выровнять свою политику в отношении североафриканских государств и заключить с ними договоры, Алжир захватил ещё одиннадцать американских кораблей и 105 моряков, которые были обращены в рабство вместе с ранее захваченными моряками. Эти захваты, наконец, побудили Конгресс к действию. В 1794 году он выделил один миллион долларов на заключение мира и выкуп американских пленников, а также ещё один миллион на строительство военно-морских сил из шести фрегатов, положив начало созданию военно-морского флота США в соответствии с Конституцией.

Растущий раскол между федералистами и республиканцами в Конгрессе осложнял ситуацию. Не будучи больше частью администрации, Джефферсон придерживался несколько иной точки зрения на применение силы. На самом деле, Джефферсон всегда выступал за применение военной мощи в любых обстоятельствах. Иногда сила была оправдана, но никогда, если она приводила к расширению исполнительной власти и принесению в жертву республиканских ценностей. Он и другие республиканцы рассматривали военные действия федералистов против Алжира как уловку, направленную на усиление президентской власти за счет свободы. Конгрессмен Уильям Бранч Джайлс из Виргинии присоединился к ряду других республиканцев, заявив, что военно-морские силы — это «очень глупая вещь», которая может привести только к большим налогам и раздутому офисному правительству европейского типа. Лучше, чем строить фрегаты за чудовищные деньги, Соединенным Штатам следует забыть о Средиземноморье и защищать американское побережье с помощью относительно недорогих канонерских лодок.[1582]

Однако федералисты контролировали Конгресс и продолжали переговоры и строительство шести фрегатов, некоторые из которых в итоге были использованы против французов в квазивойне. В 1795 году Соединенные Штаты согласились на унизительный договор с Алжиром, который обошелся в миллион долларов в виде дани и выкупа — сумма, равная 16 процентам федеральных доходов за год. Правительство понимало, что фрегаты не будут готовы в течение нескольких лет и что страна получит больше выгоды от торговли в Средиземноморье, чем стоил мирный договор. Как только договор был ратифицирован в 1796 году, Конгресс, уверенный в том, что захватов американских кораблей больше не будет, сократил количество военных кораблей до трех. Правительство начало переговоры с Тунисом и Триполи, которые начали захватывать американские торговые суда. К концу десятилетия Соединенные Штаты заключили договоры со всеми берберскими государствами, но расходы были непомерно высоки — 1,25 миллиона долларов, что составляло более 20 процентов годового бюджета федерального правительства.[1583]

К сожалению, Берберские государства рассматривали договоры лишь как средство получения новых дани и подарков, и угрозы и требования новых денег, а также унижения продолжались. Триполи почувствовал, что с ним не обращаются наравне с Алжиром, и в начале марта 1801 года объявил войну Соединенным Штатам и начал захватывать американские торговые суда.

Президент Джефферсон пришёл к власти несколькими неделями позже, очевидно, решив изменить американскую политику. «Ничто не остановит вечный рост спроса со стороны этих пиратов, — сказал он государственному секретарю Мэдисону в 1801 году, — кроме присутствия вооруженных сил, и будет экономичнее и почетнее сразу же использовать те же средства для подавления их дерзостей».[1584] Однако строгое толкование Джефферсоном Конституции привело к тому, что не захотел вступать в наступательные действия против пиратов без официального объявления войны Конгрессом.

Федералисты, возглавляемые Гамильтоном в прессе, воспользовались этим нежеланием и заставили республиканский Конгресс в 1802 году предоставить президенту полномочия использовать все необходимые средства для победы над триполитанскими пиратами. Но американская блокада Триполи оказалась неэффективной, главным образом потому, что фрегаты не могли маневрировать на мелководье триполитанской гавани. В то же время министр финансов Галлатин и республиканцы в Конгрессе были обеспокоены ростом расходов на содержание военно-морских сил в Средиземноморье. Они опасались возможности «увеличения налогов, вторжения правительства, соблазна наступательных войн и т. д.» больше, чем берберских пиратов.[1585]

Тем не менее, администрация была полна решимости действовать, пусть даже с минимальными затратами средств и с тем, что президент Джефферсон назвал «наименьшими силами, компетентными» для выполнения миссии.[1586] В 1803 году она назначила нового опытного командующего Средиземноморской эскадрой, коммодора Эдварда Пребла, и отправила в Средиземное море несколько небольших канонерских лодок. Прежде чем Пребл успел развернуть свои новые силы, фрегат USS Philadelphia с командой из трехсот человек под командованием двадцатидевятилетнего Уильяма Бейнбриджа был случайно выброшен на берег в гавани Триполи и был вынужден сдаться под натиском триполитанских канонерских лодок. Паша Триполи Юсеф Караманли установил своё первоначальное требование о выкупе только что захваченных американских рабов в размере 1 690 000 долларов, что превышало весь военный бюджет Соединенных Штатов.[1587]

Военно-морские офицеры Соединенных Штатов были полны решимости что-то предпринять. 16 февраля 1804 года двадцатипятилетний лейтенант Стивен Декатур и его команда из семидесяти человек вошли в гавань Триполи под покровом темноты на замаскированном судне с намерением сжечь «Филадельфию» и тем самым предотвратить её использование в качестве триполитанского рейдера. Поскольку американский корабль находился в глубине гавани Триполи, в окружении дюжины других вооруженных судов и под мощными батареями крепости, это была опасная, даже безрассудная миссия; но она прекрасно удалась, без единой потери американца. Эта акция, которую лорд Нельсон назвал «самым смелым и дерзким поступком эпохи», мгновенно сделала Декатура знаменитостью и вдохновила на необычайные вспышки американского патриотизма. В возрасте двадцати пяти лет Декатур стал самым молодым человеком, получившим звание капитана в военно-морской истории США.[1588]

Ободренный этим успехом, Джефферсон отправил в Средиземное море ещё более крупную эскадру под командованием старшего Пребла, Сэмюэла Баррона, с целью наказать Триполи. Экспедиция должна была быть оплачена специальным налогом на купцов, торгующих в Средиземноморье, что, по мнению федералистов, было нечестной схемой, чтобы заставить купцов Новой Англии заплатить за покупку Луизианы. По совету Уильяма Итона, бывшего армейского капитана и бывшего консула в Тунисе, правительство Соединенных Штатов разрешило заключить непрочный союз со старшим братом паши Триполи, Хаметом Караманли, который надеялся вернуть себе трон, отнятый у него младшим братом Юсефом. По словам одного историка, это была «первая тайная операция правительства США за рубежом».[1589]

В 1805 году, пока военно-морская эскадра осаждала Триполи, Итон, имевший неоднозначный статус военно-морского агента, и брат паши Хамет отправились на запад из Египта за пятьсот миль через Ливийскую пустыню с разношерстным отрядом из пятисот греческих, албанских и арабских наемников и горстки морских пехотинцев. Их целью было соединиться с капитаном Айзеком Халлом и тремя американскими крейсерами в Дерне, стратегически важном триполитанском порту к востоку от Триполи. После успешной бомбардировки морские пехотинцы Итона и Халла взяли форт в Дерне. (Эта акция впоследствии послужила вдохновением для припева гимна морской пехоты США «К берегам Триполи»). Однако прежде чем Итон смог двинуть свои силы на Триполи, он узнал, что в июне 1805 года Тобиас Лир, генеральный консул в Алжире, подписал мирный и торговый договор с Триполи, положив конец необъявленной войне.