Позже, будучи государственным секретарем в администрации Вашингтона, Джефферсон поддержал несколько планов экспедиций вверх по Миссури, в том числе поддержал планы французского эмигранта и натуралиста Андре Мишо отправиться в Тихий океан; они ни к чему не привели, когда Мишо оказался втянут в махинации гражданина Жене. В 1792 году американский морской торговец из Род-Айленда, капитан Роберт Грей, открыл и назвал реку Колумбия, а после спора в Нутка-Саунд капитан британского флота Джордж Ванкувер и канадский торговец Александр Маккензи начали предъявлять британские претензии на северо-западную часть континента и угрожать взять под полный контроль торговлю пушниной в районе реки Колумбия. В 1792–1793 годах Маккензи фактически совершил первый переход через континент к северу от Мексики, по крайней мере, белым человеком.
Отчет Маккензи о своей экспедиции, опубликованный в 1801 году, по-видимому, и побудил президента Джефферсона к действию. Ещё задолго до того, как у него появились мысли о том, что Америка приобретет всю Луизианскую территорию, президент разработал планы якобы научной, но в то же время тайной военной и торговой экспедиции на запад Миссисипи, контролируемый испанцами. «Идея о том, что вы собираетесь исследовать Миссисипи, уже была распространена», — сообщил Джефферсон руководителю экспедиции. «Она удовлетворяет любопытство публики и в достаточной степени скрывает истинную цель», которой был Тихий океан.[946]
Для руководства западной экспедицией Джефферсон в 1802 году выбрал своего личного секретаря Мериуэзера Льюиса, ветерана армии. Льюис был добровольцем в запланированной Джефферсоном экспедиции 1793 года, которая так и не состоялась, и, несомненно, передавал Джефферсону в многочисленных беседах своё желание исследовать Запад. Это был отличный выбор. Как объяснил Джефферсон доктору Бенджамину Рашу, «капитан Льюис храбр, благоразумен, привык к лесу, знаком с нравами и характером индейцев». Хотя Льюис «не получил регулярного образования», он знал о природе достаточно, чтобы выбрать и описать новые виды флоры и фауны. А тому, чего он не знал, он мог научиться. Джефферсон отправил Льюиса в Филадельфию, чтобы тот прошел ускоренный курс обучения астрономии, естественной истории, медицине, составлению карт, лунной навигации и этнологии у нескольких научных экспертов. Ему было велено узнать об индейцах все, что только можно, — от их сексуальных привычек до меланхолии и склонности к самоубийству.[947]
Льюису нужен был сокомандир, и он выбрал своего старого армейского друга Уильяма Кларка, младшего брата истребителя индейцев Джорджа Роджерса Кларка, который ранее отклонил просьбу Джефферсона возглавить экспедицию. Кларк был на четыре года старше Льюиса и некоторое время был его непосредственным начальником, но в 1796 году он сложил с себя полномочия капитана и занимался семейными делами в долине Огайо, когда получил приглашение Льюиса. Поскольку армейский устав экспедиции предусматривал, что вторым офицером может быть только лейтенант, Кларку не вернули его капитанское звание. Но Льюис был настроен на то, чтобы с Кларком обращались как с равным ему, и держал лейтенантское звание в секрете от людей экспедиции.[948]
Наличие сокомандников было необычным экспериментом по сотрудничеству, нарушающим все армейские представления о субординации, но это сработало. Льюис и Кларк, кажется, никогда не ссорились и лишь изредка не соглашались друг с другом. Они прекрасно дополняли друг друга. Кларк был командиром роты и исследовал Миссисипи. Он знал, как обращаться с солдатами, и был лучшим геодезистом, картографом и водником, чем Льюис. Если Льюис был склонен к угрюмости и иногда уходил в одиночку, то Кларк всегда был твёрд, выдержан и надежен. Лучше всего то, что оба капитана были писателями: они постоянно писали, описывая в яркой и острой прозе многое из того, с чем сталкивались, — растения, животных, людей, погоду, географию и необычные события.
Так много о землях за Миссисипи оставалось неизвестным или неверно понятым, что никто не мог полностью подготовиться к тому, что ждало его впереди. Хотя Джефферсон располагал самой обширной в мире библиотекой по географии, картографии, естественной истории и этнологии американского Запада, в 1800 году он, тем не менее, предполагал, что Скалистые горы не выше гор Голубого хребта, что мамонты и другие доисторические существа все ещё бродят вдоль верховьев Миссури среди действующих вулканов, что где-то на Великих равнинах лежит огромная мильная гора чистой соли, что западные индейцы, возможно, были потерянными коленами Израиля или странствующими валлийцами, и, самое главное, что существует водный путь, связанный низким переходом через горы, который ведет в Тихий океан — долгожданный северо-западный проход.
Льюис и Кларк отправились в путь из Сент-Луиса 14 мая 1804 года в составе сорока человек, включая чернокожего раба Кларка, Йорка. Они отправились вверх по Миссури и к октябрю достигли деревни индейцев Мандан на территории современной Северной Дакоты, где решили провести зиму 1804–1805 годов.
Поскольку торговцы пушниной уже проникали так далеко вверх по Миссури, экспедиция ещё не преодолела совершенно неизведанные земли. На первом этапе путешествия Льюис и Кларк потратили время на решение некоторых дисциплинарных проблем и смерть сержанта от аппендицита — единственного члена роты, умершего во время путешествия. Несмотря на почти жестокую стычку с тетонскими сиу на территории современной Южной Дакоты, в большинстве случаев капитаны оставляли встреченных индейцев скорее в недоумении, чем в гневе.
Проблемы с переводом были огромны. Индейцы говорили с индейцем из экспедиции, который затем говорил с кем-то, кто мог говорить только французском языке, который затем передавал услышанное кому-то, кто понимал французский, но также говорил по-английски. Только тогда Льюис и Кларк смогли наконец узнать, что же изначально говорили индейцы. Их ответ, разумеется, должен был повторить процесс в обратном порядке. Как ни трудоемки были разговоры с индейцами, Льюис и Кларк разработали тщательно продуманную церемонию для всех встреченных ими индейских племен, сообщая им, что территория перешла под контроль Соединенных Штатов и что их новый отец, «великий вождь Президент», — «единственный друг, к которому вы теперь можете обращаться за защитой, у которого можете просить милостей или получать добрые советы, и он позаботится о том, чтобы служить вам и не обманывать вас».[949] После стандартной речи, обращенной к индейцам, капитаны раздали подарки — бусы, латунные пуговицы, томагавки, топоры, шилья для мокасин, ножницы и зеркала, а также флаги США и медали с изображением Джефферсона.
«Корпус открытий», так называлась экспедиция, провел зиму 1804–1805 годов в форте, построенном вблизи поселений манданов. В апреле 1805 года Льюис и Кларк отправили обратно в Сент-Луис свою тяжелую килевую лодку и несколько солдат вместе с письменным отчетом, картой и некоторыми ботаническими, минеральными и животными образцами, которые должны были быть доставлены президенту Джефферсону. К путешественникам присоединилась женщина-шошон Сакагавея со своим мужем Туссеном Шарбонно, франко-канадским речником, и их младенцем сыном. Сакагавея и Шарбонно должны были оказать неоценимую помощь в качестве переводчиков на следующих этапах путешествия. Кроме того, присутствие Сакагавеи и её ребёнка было знаком для индейцев, встреченных корпусом, что исследователи пришли с миром.
На шести каноэ и двух пирогах тридцать три человека отправились 7 апреля 1805 года вверх по Миссури к Скалистым горам. Несмотря на то что Льюису, как он писал в своём дневнике, предстояло «проникнуть в страну шириной не менее двух тысяч миль, по которой никогда не ступала нога цивилизованного человека; добро или зло она сулила нам, ещё предстоит определить опытным путем», он не мог быть счастливее. «Этот маленький флот, — говорил он, — хотя и не столь респектабельный, как флот Колумба или капитана Кука, все же рассматривался нами с таким же удовольствием, с каким эти заслуженно прославленные искатели приключений рассматривали свои; и, смею сказать, с такой же тревогой за их безопасность и сохранность».[950]