В III–II вв. до н. э. восстанавливаются городские укрепления. Фундаменты новой оборонительной стены шириной 4 м, состоят из плоских довольно крупных камней песчаника и булыжника, уложенных острыми концами вверх. В кладке встречаются огромные каменные глыбы (Кобылина М.М., 1956, с. 25).
В конце III в. до н. э. возобновляется деятельность монетного двора Фанагории. Во II в. до н, э. в центральной части города на месте предполагаемого храма IV в. до н. э. возводится постройка, стены которой были покрыты прекрасной росписью инкрустационного стиля (Блаватский В.Д., 1940, с. 296). У западной окраины на месте старого гимнасия строится здание из небольших рустованных блоков. Улицы и дворы эллинистического времени мостились фрагментами керамики и черепиц или мелким булыжником в сочетании с обломками керамики. Городское водоснабжение осуществлялось за счет колодцев, обложенных камнем. Один квадратный в плане колодец найден в северной части города, другой — круглой формы — в юго-восточном углу городища. Последний имел углубленный подход с западной стороны, обрамленный с северо-запада полукруглой каменной стенкой. Сточные воды отводились по специальным каналам, выложенным из камней (Блаватский В.Д., 1950г, с. 38. рис. 5; Кобылина М.М., 1969, с. 102 сл., рис. 31, 35).
В IV–II вв. до н. э. Фанагория являлась крупнейшим экономическим центром Боспорского государства. Ко второй половине IV в. до н. э. относятся остатки самой ранней печи для обжига посуды (Цветаева Г.А., 1966а). Наряду с изготовлением простой посуды (табл. XXXIX) и терракот, местные гончары выпускали черепицу, амфоры (Шелов Д.Б., 1956б, с. 151 сл.; Зеест И.Б., 1960, с. 97) небольшие мерные сосуды с клеймами в виде головы Сатира или изображением канфара (Блаватский В.Д., 1951в, с. 218, сл., рис. 16, 5–7) и чаши с рельефными медальонами на дне (Кобылина М.М., 1975). Продолжается выпуск архитектурной терракоты (Сорокина Н.П., 1956). Новой отраслью керамического производства является изготовление расписных полихромных пелик (Кобылина М.М., 1951а; 1956, с. 48 сл.). Находки каменных формочек для изготовления металлических украшений, глиняных льячек, а также факт чеканки монет говорят о металлургическом и кузнечном ремеслах (Марченко И.Д., 1956б). Высокого уровня достигло каменотесное ремесло. О виноградарстве и виноделии могут говорить находки сосудов, предназначенных для розничной продажи вина и изображение виноградной кисти на фанагорийских монетах, о рыболовстве — рыболовные грузила и кости рыб.
Город ведет торговлю с рядом центров Средиземноморья и Причерноморья: Фасосом, Мендой, Виза́нтием, Книдом, Косом, Родосом, Гераклеей, Синопой и т. д. (Зеест И.Б., 1951а).
Аппиан (108) и Оросий (VI, 5, 2) сообщают о наличии в I в. до н. э. акрополя или крепости, вероятно, деревянной, поскольку при восстании фанагорийцев против Митридата Евпатора стены были подожжены. Отзвуком этих событий можно считать известковое ядро катапульты, найденное в слое пожарища на северном раскопе (Блаватский В.Д., 1951д, рис. 42). Согласно Аппиану, после гибели Митридата Фанагория получила автономию, но Фарнак около середины I в. до н. э. осадил и разрушил город. Раскопками прослежены следы пожара, разрушенные оборонительные стены. Около 17–12 гг. до н. э. Фанагория была переименована в Агриппию (КБН, 979, 1046). На агоре были поставлены посвятительные статуи Динамии и Ливии — жене римского императора Августа.
В I–II вв. н. э. в городе проводятся восстановительные работы, увеличивается городская территория, возводятся крепостные стены. Возводятся новые общественные постройки. На месте гимнасия сооружается большое здание с цемянковыми полами, стенами, украшенными расписной штукатуркой. Возможно, оно, как и предшествующая постройка, является гимнасием, о котором упоминает надпись первой половины II в. н. э. (КБН, 983). В нескольких метрах к востоку от него обнаружены остатки здания, вероятно, терм, со следами мраморной облицовки стен, водопровода и гипокауста (Кобылина М.М., 1956, с. 68 сл.). Согласно сообщению Страбона (XI, 2, 10), в городе был храм Афродиты Апатуры. Надписи указывают на существование одного или двух святилищ Аполлона (КБН, 975, 985) и упоминают о религиозных объединениях — фиасах (КБН, 987). К I–II вв. н. э. относятся последние примеры создания глиняно-черепяных субструкций при строительстве. При сооружении стен использовались главным образом рваные камни ракушечника, плитняка и других пород. Нередко встречаются камни вторичного использования. На центральном раскопе открыты два дома, расположенные по сторонам улицы, шириной 3,50-3,70 м, выложенной несколькими слоями мелких черепков и гальки. Один из домов имел подвальное помещение с лестницей (табл. XXXVIII) (Кобылина М.М., 1963б, с. 102). Оба дома имели колодцы. Продолжали существовать и общественные колодцы. К их числу относится колодец, раскопанный к западу от города, почти квадратный в плане, сложенный из хорошо подогнанных квадров. Вокруг него находилась мощеная площадка. Судя по находкам обломков черепицы, части акротерия и львиной маски водомета, он имел архитектурное оформление (Блаватский В.Д., 1941б, с. 26–32). В начале нашей эры в пределах городской территории, на месте разрушенных зданий, появляются пустыри (АО 1976 г., с. 86). Новой чертой в городской застройке является строительство среди жилых кварталов хозяйственных сооружений. К ним принадлежат остатки трех виноделен (Кобылина М.М., 1956, с. 67; 1959а; Долгоруков В.С., 1976). Одна из них площадью около 100 м2 имеет пять давильных площадок и три цистерны, соединявшиеся посредством сложной системы наземных и подземных стоков и является самой большой из известных в Северном Причерноморье. В юго-восточном углу городища на месте разрушенной городской стены в I в. до н. э. возводится керамическая печь. Здесь найдены керамические подставки для обжига сосудов и фрагменты форм для изготовления терракот. К концу I в. до н. э. на ее месте возводится другая печь аналогичной конструкции (Кобылина М.М., 1956, с. 72). К северу от печей обнаружены остатки фундаментов жилого дома, возможно, дома гончара. В I–II вв. н. э. здесь уже действовали три печи. Таким образом, в этом районе возникает специализированный квартал керамического производства — Керамик. Во II в. н. э. на месте пустыря на холме верхнего плато сооружается еще одна керамическая печь. Местные гончары выпускали простые кухонные сосуды, черепицу, краснолаковую и коричневолаковую посуду (табл. XXXIX), терракоты и светильники разных типов. Найдена форма для оттискивания однорожкового светильника (Кобылина М.М., 1967а, с. 125). Во II в. н. э. значительную массу керамических изделий составляют амфоры (Зеест И.Б., 1960, с. 116 сл.). Частые находки при раскопках некрополя надгробных памятников с рельефными изображениями умерших свидетельствуют о существовании в Фанагории скульпторов-ремесленников. Сохраняется металлургическое ремесло. Две зерновые ямы с зернами пшеницы, раскопанные на холме «Г», скопление зерен пшеницы-двузернянки на северном раскопе, ткань из волокон конопли в одной из могил свидетельствуют о занятии населения земледелием. О рыболовстве можно судить по находкам бронзовых рыболовных крючков, лепешкообразных и пирамидальных грузил. Основными видами промысловых рыб были лещ, судак, сазан, которые могли существовать в пресной и солоноватой воде. Засоление залива привело к исчезновению пресноводных пород и замене их кефалью (Лебедев В.Д., Лапин Ю.Е., 1954, с. 213 сл.). Фанагория продолжала оставаться крупным торговым пунктом. Несмотря на некоторое сужение внешнего рынка, город сохранил оживленные торговые связи с городами Малой Азии и Александрией, о чем свидетельствуют находки малоазийской посуды и фаянсовых подвесок (Блаватский В.Д., 1941б, с. 40 сл.). Но основная торговля велась с мелкими городами и поселениями азиатского Боспора и окружавшими его племенами.
