Все найденные до сих пор сооружения раннего периода зафиксированы в центральной части города — это часть фундамента и подвальное помещение с хиосскими амфорами, обнаруженные на берегу (Блаватский В.Д., 1940, с. 298) и остатки архаического здания, слегка заглубленного в материк с ямками для столбов, поддерживавших деревянно-глинобитные стены (АО 1971 г., с. 143). По-видимому, ранний город занимал территорию приблизительно 500–600 м вдоль берега залива. Западная половина верхней террасы частично была занята городом VI в. до н. э., восточная была за его пределами. На верхней террасе найдены части двух жилых домов, построенных из сырцовых кирпичей и уложенных непосредственно на материковый песок (табл. XXXVIII, IV). Между ними проходила улица шириной 3 м. Стены архаических домов, как и все строительные остатки античного времени, ориентированы строго по сторонам света. Исключение составляют фундаменты вне города, городские стены и расположенные около них дома. По-видимому, внутренняя застройка Фанагории была осуществлена по единому плану. На протяжении веков местоположения отдельных домов могли смещаться, но сам принцип градоустройства оставался неизменным. В конце VI в. до н. э. дома на верхнем плато подверглись разрушению, сопровождавшемуся пожаром. Сооружение второй половины VI в. до н. э. на центральном раскопе перекрыто глиняными субструкциями, также со следами пожара (АО 1972 г., с. 131). После гибели домов сохранившееся население обитало какое-то время в полуземлянках каждая площадью около 4 м2. Стены и крыши их поддерживались угловыми столбами. В одной из них сохранились незначительные остатки очага.
В начале V в. до н. э. территория города расширяется. Проводятся большие строительные работы, возводятся крепостные стены толщиной около 1 м с фундаментами из огромных плоских камней песчаника (Кобылина М.М., 1963а; 1967а, с. 127; 1969). В юго-западном углу города обнаружены остатки порога городских ворот из массивных плит известняка, на одной из которых сохранился железный стержень для крепления деревянных створок. Ширина проезжей части ворот 2,55 м. На плитах видны колеи, выбитые колесами повозок. Подступы к воротам защищались извилистым ходом стены. Внутренняя территория города застраивается жилыми домами и общественными зданиями. Стены их возведены главным образом из сырцовых кирпичей, уложенных либо на каменные фундаменты, либо без них, прямо на землю. В кладках преобладают камни розового мергеля, булыжника, мраморовидного конгломерата и гранита, привезенные, вероятно, в качестве балласта кораблями, приплывшими из Средиземноморья. В V в. до н. э. предпринимается террасирование склонов, отделявших нижнее плато от верхнего. В местах выхода на поверхность сплошной массы окаменелого песчаного хряща оно выразилось в простом подрубании склонов по прямым и отвесным линиям (Кобылина М.М., 1956, с. 6). В районах с мягкими грунтами создавались искусственные подпорные стены. В восточной части склона обнаружена подпорная стена, состоявшая из двух рядов амфор (один над другим) (Кобылина М.М., 1950, с. 91). Верхние склоны были застроены домами из сырцовых кирпичей. Известно два таких дома. В одном из них в углу находился небольшой глинобитный очаг. Полы домов были глинобитными. Один из них имеет каменный подвал, пол которого был выстлан деревянными плахами. По-видимому, в это время создается общественный центр города. Раскопками в центральной части нижнего плато, на месте предполагаемого расположения агоры выявлены остатки большого здания, очевидно, общественного характера (табл. XXXVIII, V) (АО 1974 г., с. 111). Перед его возведением были предприняты большие планировочные работы, сделана песчано-черепяная субструкция из двух слоев битой керамики, перемежающихся слоем песка. Непосредственно под камнями фундаментов обнаружена субструкция толщиной 0,20 м из нескольких тонких прослоек глины. Верхняя часть стен сложена из сырцовых кирпичей.
В западной части города открыта вымостка, из мелкой гальки синего, красного и желтого цветов, уложенной на ребро вплотную друг к другу и скрепленной цемяночным раствором. Вымостка делится на 11 прямоугольных полей, в каждом из которых гальки лежат параллельными рядами, имеющими различные направления (Блаватский В.Д., 1941б, с. 22). Находка капители дорийской пилястры начала V в. до н. э. свидетельствует, что в городе были ордерные постройки (Кобылина М.М., 1956, рис. 5, 1). В конце V в. до н. э. Фанагория обладала собственным монетным двором (Зограф А.Н., 1951, с. 169), чеканящим серебряные монеты (Зограф А.Н., 1951, с. 169; Шелов Д.Б., 1956а, с. 43 сл.). При раскопках святилища на г. Блевака в фависсе были найдены протомы и терракотовые статуэтки Деметры, Артемиды и Афродиты конца VI–V вв. до н. э. позволяющие отнести время его возникновения к этому периоду (Марченко И.Д., 1974б, с. 33 сл.). Уже в конце VI в. до н. э. в Фанагории было керамическое производство, как об этом свидетельствуют находки терракот и простой расписной посуды, изготовленных из местной глины, отличающейся ровным ярко розовым цветом с включениями мелких чешуек слюды (Блаватский В.Д., 1951в, с. 214 сл.; Цветаева Г.А., 1972). В V в. до н. э. керамические мастерские города выпускали черепицу с архитектурными украшениями (Сорокина Н.П., 1956). Находки в архаических слоях пирамидальных грузил свидетельствуют о занятиях жителей города рыболовством (Онайко Н.А., 1956). Многочисленные фрагменты амфор из Хиоса, Фасоса, Самоса, Менды, городов Ионии, художественная посуда из Родоса, Халкидики и, главным образом, Аттики говорят о развитии торговых связей (табл. XXXIX). Большую роль играла посредническая торговля с Прикубаньем и Синдикой (Зеест И.Б., 1951а; Анфимов Н.В., 1952). Лепная и лощеная посуда, аналогичная по форме и глине керамике синдо-меотов и фрагмент скифского бронзового псалия с головой грифона указывают на появление в составе населения Фанагории V в. до н. э. представителей местных племен (Блаватский В.Д., 1941б; табл. I, 3; Кругликова И.Т., 1951).
В IV в. до н. э. территория города расширяется в восточном направлении. Возможно, на протяжении этого столетия Фанагория не имела городских укреплений. Старые стены были разобраны и на их место в юго-западном углу города была устроена свалка (Кобылина М.М., 1967а, с. 127). В городе продолжается широкая строительная деятельность. Основным строительным материалом являлись блоки известняка и местного ракушечника, изредка встречается булыжник. Сохраняется практика создания черепяных или глиняных субструкций, иногда достигающих значительной мощности (до 2,60 м под зданием на склоне холма Г). Стены многих построек были украшены многоцветными росписями, а одна, помимо расписной штукатурки, обладала рельефным архитектурным декором из цемянки и цемяночным полом, украшенным сверху красной краской (Блаватский В.Д., 1941б, с. 60; Долгоруков В.С., 1975, с. 58). В центральной части нижнего плато найдены надписи культового и общественного содержания и многочисленные фрагменты скульптур и архитектурных деталей, а поблизости обнаружены мощный, тщательно выложенный фундамент с выступом с западной стороны, который, вероятно, является остатками храма IV в. до н. э. и фрагменты мраморных облицовок, мраморного карниза и двух капителей ионийского ордера (Блаватский В.Д., 1940, с. 297). К этому же времени относится перестройка раннего общественного здания, открытого в районе агоры (Центральный раскоп). Благодаря надписям, можно предполагать, что на агоре или вблизи ее находились святилища Афродиты Урании (КБН, 971, 972), Аполлона Врача (КБН, 974) и Геракла (КБН, 973). На вершине горы Блеваки было возведено здание, вероятно, храм в антах размером 12×9,3 м. Поверх фундаментов проходила кладка из сырцовых кирпичей, покрытая красной штукатуркой. Несколько позднее здесь сооружается второе здание (раскопано частично). Значительное количество фрагментов терракот, связанных с культами Деметры и Коры, кабиров, Афродиты и Артемиды, дают представление о почитавшихся в храмах божествах. Это святилище отождествляют со знаменитым в древности святилищем Афродиты Апатуры (Марченко И.Д., 1963; 1974б). В III в. до н. э. к западу от города, на территории некрополя был сооружен еще один культовый комплекс, являвшийся скорее всего герооном. Он имел цемянковый пол и стены, украшенные расписной штукатуркой (Блаватский В.Д., 1951в, с. 191 сл.). На Западной окраине города раскрыт фундамент, сложенный из хорошо отесанных камней. С восточной стороны к нему подходила каменная вымостка, на которой обнаружена нижняя часть базы колонны, указывающая на наличие колоннады вдоль стены. Эта постройка отождествляется со зданием гимнасия. Крыша его была крыта черепицей, а стены украшены расписной штукатуркой (Блаватский В.Д., 1941а, с. 18). К III в. до н. э. относятся остатки большого здания, раскопанные на «холме Г». Стены его двухпанцирные из крупных блоков известняка различных размеров и форм, сложенных на глиняном растворе, были оштукатурены и расписаны. Перед его возведением была сооружена субструкция из чередующихся слоев глины и битой керамики (Кобылина М.М., 1951а, с. 235).
