Во второй половине I в. до н. э. — начале I в. н. э. произведены ремонтные работы и перестроены укрепления цитадели. В 1948 г. на участке к юго-западу от вершины «Второго кресла» были выявлены остатки оборонительной стены, относящейся, вероятно, уже к периоду правления Сарматской династии (Блаватский В.Д., 1951а, с. 35, № 151).

В Пантикапее I в. н. э. заметно усиливается имущественная дифференциация населения, что находит отражение в строительстве. На акрополе (где в I в. до н. э. был эргастерий коропласта) появляются богатые постройки. Об их убранстве свидетельствуют обломки многоцветной штукатурки, известняковых архитектурных деталей, облицовочных плиток из пестрого и цветного мрамора и мраморной скульптуры. (Блаватский В.Д., 1957а, с. 71–75). На южном и юго-восточном склонах горы Митридат и на участке у Скалистого выступа открыты скромные дома рядового населения, игнорирующие принцип террасной планировки участка. (Блаватский В.Д., 1964в, с. 153). В то же время террасная планировка городской территории, в основном, центральной ее части, оставалась доминирующим принципом градостроительства Пантикапея. Для Пантикапея первых веков нашей эры характерно выделение ремесленных кварталов с мастерскими, промысловыми сооружениями — рыбозасолочными цистернами (Блаватский В.Д., 1951а, с. 53, № 138; 1957а, с. 76; 1964в, с. 160). В Пантикапее зафиксирован ряд винодельческих комплексов (Блаватский В.Д., 1957а, с. 75; 1964в, рис. 45; Сокольский Н.И., 1961в, с. 44; Марченко И.Д., 1968б, с. 52). К III в. н. э. относятся остатки переулка шириной 1,5 м, открытого на первом Боспорском раскопе. По сторонам его были два здания. Переулок под прямым углом подходил к улице шириной 2,85 м, идущей горизонтально по склону горы. Вдоль улицы и переулка были проложены водостоки. Возле перекрестка раскрыты остатки трех зданий (Блаватский В.Д., 1957а, с. 88–91). Многочисленные постаменты статуй с посвятительными надписями дают представление об убранстве города в III в. н. э. После готского нашествия (50-70-е годы III в. н. э.) в Пантикапее уже не строятся здания общественного назначения, не ставятся статуи. Раскопками выявлены остатки скромных жилищ, сооруженных из рваного камня. Среди занятий жителей города все большую роль играет сельское хозяйство. В ряде мест отмечено существование зерновых ям (Блаватский В.Д., 1957а, с. 33 сл.).

В конце IV в. н. э. при нашествии гуннов город подвергается разрушениям, но вскоре восстанавливается и существует в средневековое время.

Пантикапей обладал обширным грунтовым и курганным некрополем. Ранние могилы, находившиеся вблизи жилых построек с расширением городской территории оказались под более поздними городскими слоями. Некрополь VI–V вв. до н. э. находился на северном и южном склонах горы Митридат (Цветаева Г.А., 1951, с. 63). Среди захоронений преобладает обряд трупоположения в простой могильной яме, вырытой в земле или вырубленной в скале и перекрытой каменными плитами, досками или брусьями, иногда частично досками, а частично плитами или мелкими камнями. Встречаются погребения в каменных или сырцовых склепах. Почти все погребения северного склона ориентированы головой на восток, тогда как на южном некрополе встречается южная, северная и северо-восточная ориентировки. Значительно меньшее число погребений с кремацией, когда пепел помещался в амфоры или в другие сосуды. Урны либо оставались на поверхности костра, либо помещались в небольшую четырехугольную или круглую ямку, перекрытую камнями. Над обоими типами захоронений насыпался земляной холм, на вершине которого совершалась тризна. В могилу ставили несколько мелких сосудов, иногда амфоры. Женские погребения сопровождают украшения, бронзовые зеркала, иголки; мужские — оружие, палестрические сосуды, стригели. Изделия из золота и терракотовые статуэтки встречаются редко. Некрополь пантикапейского полиса VI–V вв. до н. э. в основном был греческим.

Территория некрополя IV–III вв. до н. э. значительно увеличилась в южном и северном направлениях, охватив прилегающие к горе Митридат западные части возвышенности, вошло сюда и Глинище. Сохраняются прежние типы могил. Появляются захоронения в каменных саркофагах, черепичные могилы, земляные и каменные (иногда расписные) склепы. В погребениях на северном склоне преобладала восточная ориентировка, на южном она составляла только половину для всех погребений, а остальные имели северо-восточную, юго-восточную и редко южную или северную. Сокращается количество захоронении с кремацией, которые встречаются, главным образом, в курганах. Погребения сопровождает гораздо большее число вещей. В мужских погребениях встречаются чернолаковые килики, лекифы, алабастры, стригели и оружие. По сравнению с предшествующим временем количество погребений с оружием сокращается. Для женских погребений характерны украшения, бронзовые зеркала, иглы, пексиды, лекифы и т. д. В детских захоронениях обычны бусы, подвески, серьги и терракотовые статуэтки. На рот умершего или в руку часто кладут монету.

Во II–I вв. до н. э. некрополи на южном и северном склонах горы Митридат сокращаются по площади, тогда как границы некрополя на Глинище остаются неизменными. Наряду с прежними типами погребальных сооружений появляются подбойные могилы. Снова увеличивается количество погребений с кремацией. Преобладает восточная ориентация покойников, но часто встречается южная и северная. Над могилами ставили надгробные стелы с изображением бытовых и заупокойных сцен. Встречаются каменные расписные склепы (склеп 1832 г.). Среди чрезвычайно разнообразного греческого материала встречаются местные сосуды из черной глины.

На рубеже I в. до н. э. — I в. н. э. и во II в. н. э. территория некрополя увеличивается. В погребальном обряде преобладают трупоположения. Возрастает число подбойных могил и земляных склепов. Каменные склепы I в. н. э. зачастую двухкамерные и не имеют лежанок. Встречаются расписные склепы, в том числе и земляные. Известны погребения в деревянных саркофагах. На Глинище засвидетельствованы погребения в саркофагах вне склепов и большое количество надгробных стел, часто с изображением воинов. Доминирует восточная ориентировка покойников, но встречаются и другие. Погребальный инвентарь состоит большей частью из красноглиняной и краснолаковой посуды, стеклянных сосудов, бус, пряжек. Встречаются украшения из золота, импортные изделия. Возрастает количество погребений с оружием. Наличие в погребальном инвентаре шейных гривн, костей баранов, сосудов из местной черной глины, а также изображения на стелах умерших в негреческой одежде указывает на увеличение в составе населения Пантикапея представителей местных племен.

В III в. н. э. площадь некрополя сокращается почти в два раза. В IV в. н. э. некрополь еще больше уменьшается. Основным типом погребений являются трупоположения в ямах и подбойных могилах. Погребения знати совершались в земляных склепах, довольно часто расписывавшихся геометрическими узорами (иногда изображался также и бог Сабазий). В IV в. н. э. господствует западная ориентировка костяков, связанная с распространением христианства. Выделяются три христианских некрополя: на горе Митридат, в районе Госпитальной улицы, на Глинище. Они сопровождаются христианскими надгробиями с надписями и крестами. Погребальный инвентарь состоит из одного-трех сосудов, изредка краснолаковых. Погребения с оружием редки. В могилах встречаются уже не имеющие хождения старые или перечеканенные монеты, римские монеты или оттиски с них. Деформированные черепа погребенных, наличие шейных гривн указывают на изменение состава населения. Некрополь III–IV вв. н. э. показывает обеднение и сокращение населения Пантикапея.

Курганный некрополь Пантикапея занимал обширную территорию к западу — на гребнях холмистых кряжей, как например, курганы группы Юз-Обы, Золотой курган и курган Куль-Оба. Значительная курганная группа простирается к северу от Керчи, вдоль Ново-Карантинного шоссе, включая Царский курган. Есть курганы и в непосредственной близости от Пантикапея — Мелек-Чесменский курган (Цветаева Г.А., 1957а, с. 229).