Наиболее ранним сооружением этого периода является подвал небольшого дома площадью 7 м² второй половины VI — начала V в. до н. э., открытый на Восточно-Эспланадном раскопе. Его стены сложены из плоских мелких плит рваного камня. На его нижнем полу был открыт, по-видимому, под литейной печи, выложенный черепками амфор. В помещении найдены каменная литейная форма и фрагменты железных и медных литейных шлаков. Кровля этого «дома металлурга» была покрыта черепицей лаконского типа. К концу VI — началу V в. до н. э. относится дом, открытый на Верхнем Митридатском раскопе. Площадь трех его помещений около 40 м². При расчистке дома найдены граффити с именем «KOI», «К», «КО», очевидно, относящиеся к лицу, проживавшему в доме. Дом был заглублен в землю. Его стены сложены из небольших, грубо обтесанных камней на глине. Внутренние фасады стен аккуратно стесаны и обмазаны глиной, крыша дома — черепичная (Блаватский В.Д., 1957а, с. 16–18; 1964в, с. 29), К концу V в. до н. э. относится дом, также открытый на Верхнем Митридатском раскопе. Здесь раскопано лишь одно помещение и водосток, проходивший под вымосткой, скорее всего, дворика этого дома.

На Ново-Эспланадном раскопе архаические и раннеклассические дома располагались на естественных уступах (табл. XXVIII, I). Здесь открыт переулок шириной 1,20 м с каменно-черепяной вымосткой, идущий в направлении с юга на север на протяжении 12 м. По сторонам переулка открыто 14 домов, большая часть которых датируется серединой — концом VI в. до н. э., а три существуют до середины V в. до н. э. Ориентация большей части домов согласована с направлением переулка, что позволяет предположить наличие элементов регулярной планировки (Марченко И.Д., 1968б, с. 41; 1979). Обычно дома состоят из одного-двух помещений и ограды двора. Значительная часть их представляет собою заглубленные в грунт постройки с сырцовыми наземными стенами, возведенными над каменной кладкой. Вместе с тем, встречены и целиком наземные жилища с каменными подвалами. Вблизи некоторых домов обнаружены следы металлургического производства: литейные формы (Блаватский В.Д., 1956а, с. 119 сл.), куски железных шлаков, обломок глиняного тигля с остатками бронзовых шлаков, спекшиеся при литье бронзовые наконечники стрел, большое количество бронзовых и железных чешуек от панцирей. Возле одного из домов открыта часть гончарной печи второй половины VI — начала V в. до н. э. Найдены фрагменты изготовленной здесь же керамики: сосудов с росписью по светлой обмазке, покрытых краской; киликов на низкой ножке, лекан и терракотовых статуэток (Марченко И.Д., 1968б, с. 32, 36–38, рис. 11, 12). В 1945 г. на восточном склоне г. Митридат было найдено пять барабанов ионийского ордера второй половины VI или первых десятилетий V в. до н. э., позволивших реконструировать храм ионийского ордера площадью около 40–50×20 м с шестиколонным портиком, вероятнее всего, посвященный Аполлону. Деталь алтаря (волюта с частью пальметты), очевидно, тоже принадлежала какому-то весьма раннему храму Пантикапея (Блаватский В.Д., 1957а, с. 29 сл.; 1964, с. 29 сл.).

С конца V в. до н. э. по IV в. н. э. городская застройка Пантикапея осуществляется на частично вырубленных, частично насыпанных террасах, опоясывающих Митридат. Террасы, укрепленные подпорными стенами, уступами поднимались от подножия горы к ее наиболее возвышенной части, где был акрополь (Блаватский В.Д., 1947г, с. 93 сл.; 1957а, с. 8–12; 1964в, с. 43). Ранние террасы, сооруженные на рубеже V–IV вв. до н. э. и в IV в. до н. э. с переделками и ремонтами существовали и в последующее время. Раскопки 1949 г. на Верхнем Митридатском раскопе вскрыли картину перепланировки подпорных стен террас в III–II вв. до н. э. (Блаватский В.Д., 1957а, с. 49, рис. 21, 1). Перепланировка и сооружение новых террас производились и позднее. Жилые постройки вдоль улиц, устроенных на террасах, тыльными сторонами, примыкали к подпорным стенам вышележащих террас (Блаватский В.Д., 1957а, с. 9–11, 48–49; 1962а, с. 17–18).

Со времени возникновения Пантикапея его территория постоянно расширяется. Уже с начала IV в. до н. э. в городскую территорию входили все склоны «Первого кресла» Митридата, а в III в. до н. э. в границы города включено пространство между западным склоном «Первого кресла» и «Скалистым выступом». Со II в. до н. э. в черту города включаются склоны «Второго кресла» Митридата, а также пространство от берега залива до подошвы горы (табл. XXVII, I, 6), террасная планировка сохраняется (Блаватский В.Д., 1957а, с. 47). Эллинистические жилые дома, особенно III–II вв. до н. э., сохранились плохо из-за больших перестроек в период I в. до н. э. — I в. н. э. Многокомнатный жилой дом открыт на Эспланадном раскопе. Его капитальные стены были сложены из тесаных блоков известняка, в сооружении перегородок широко использован бутовый камень (Блаватский В.Д., 1957а, с. 49–55, рис. 25). Общественные постройки эллинистической эпохи ярко характеризует богато отделанное здание II в. до н. э., частично открытое на Ново-Эспланадном раскопе (табл. XXIX) площадью 450 м². В центральной части здания был большой прямоугольный двор (площадью 80 м²), окруженный колоннадами дорийского ордера. Сторона двора, обращенная к северу, не сохранилась. Сохранились частично колонны, детали фриза, карниза, антефикс и т. д. Двор был вымощен плитами известняка. В центре двора был алтарь, от которого сохранился фрагмент, украшенный рельефными изображениями букрания и гирлянды. По-видимому, во дворе стояли статуи, на что указывает плита-постамент, открытая на вымостке двора и обломки пяти статуй. За южным портиком была галерея, а за ней несколько помещений. В помещении А пол был выложен кусками белого и зеленого мрамора, в углу сохранился очаг и две мраморных опоры скамьи. Помещение Б с цементным полом и водостоком, служило для омовений. В двух западных помещениях Г и Д полы были выложены мозаикой из галек. К юго-востоку от центрального двора с колоннадами был еще один двор, вымощенный плитами. Существует мнение, что здание являлось пританеем. Оно погибло от пожара в конце II в. до н. э. (Марченко И.Д., 1967б; 1968б, с. 48).

В первые десятилетия III в. до н. э. возможно было начато создание оборонительного комплекса, остатки которого были исследованы на вершине «Первого кресла» горы Митридат. Обнаружены остатки стен, снабженных бастионообразными выступами и вырубленные в скале обходные коридоры шириной 1,7–1,5 м. Все эти сооружения группировались вокруг прямоугольной центральной башни. Въезд на платформу цитадели осуществлялся по наклонному скалистому пандусу, фланкированному с востока полукруглой в плане башней диаметром 11 м (табл. XXVIII, III–V). Во время землетрясения 63 г. до н. э. эти укрепления, вероятно, сильно пострадали.

Изучена также система укреплений акрополя с севера, где выделено три периода существования этой системы. Наиболее существенные перестройки относятся к концу II — началу I в. до н. э. (Блаватский В.Д., 1957а, с. 24–28; Марченко И.Д., 1975а, с. 317 сл.; Толстиков В.П., 1977, с. 156 сл.) (табл. XXVIII, III–V). Ко II в. до н. э., видимо, относятся остатки городской оборонительной стены (толщиной 3 м) с круглыми башнями (Марти Ю.Ю., 1926, с. 47, рис. 23, 24). Направление этой оборонительной стены совпадает с линией городских укреплений, обозначенных на планах XVIII и начала XIX в. (Блаватский В.Д., 1951а, с. 35).

События конца II–I вв. до н. э. привели к сильным разрушениям Пантикапея. Пострадали не только укрепления цитадели и крупные общественные здания, но и террасы и целые кварталы жилых домов. В последующее время ведутся большие восстановительные работы. Часть старых террас на восточном и южном склонах горы Митридат была восстановлена на прежнем месте. Вместе с тем возводились новые подпорные стены, имевшие иную ориентацию. При восстановительных работах I в. до н. э. сооружаются мощные насыпи, куда попадает ранний материал. О монументах, стоящих на акрополе Пантикапея, свидетельствуют обломки посвятительных надписей, вырезанных на базах скульптур. Среди них — фрагмент с посвящением Артемиде, сделанном от имени Фарнака (Блаватский В.Д., 1957а, с. 67 сл., рис. 30, 1). Особый интерес представляет беломраморный блок архитрава с четырехстрочной посвятительной надписью царю Аспургу 23 г. н. э., принадлежавший зданию с пятиколонным портиком, по-видимому, небольшому храмику, посвященному обожествленному боспорскому царю Аспургу.