Письма Ремизова к Сегалю, содержащие любопытные бытовые подробности и детали перипетий его литературной карьеры, свидетельствуют о том, что дружеские контакты между ними сохранялись, по крайней мере, до начала 1908 г. (см.: ГЛМ. Ф. 156. И 50920/1-14. ОФ 6453/1-14). Приятельский характер их отношений подтверждается и перепиской с Маделунгом (см.: Письма А. М. Ремизова и В. Я. Брюсова к О. Маделунгу. С. 22, 26, 34, 37 и 40). В поздней прозе Ремизова С. Л. Сегаль, «гармонист и неистощимый острослов» (Иверень. С. 243), неизменно выступает в качестве положительного персонажа (см., например, его беллетризованную переписку с женой (На вечерней заре 1. С. 157–158, 163, 166–168) и книгу «По карнизам» (Белград, 1929. С. 37)). Таким образом, сам Сегаль и члены его семьи вряд ли могли послужить источником для пессимистических построений в «Часах». Когда при публикации второй редакции романа в составе «Сочинений» Ремизов датировал его 1903–1904 г. (Шиповник 2, 1910. С. 147), хотя в действительности работа над текстом началась не ранее второй половины 1904 г., тем самым он указывал на тесную связь этого произведения с другим эпизодом своей жизни в Вологде. В начале 1903 г. между ним и ссыльными во главе с Б. В. Савинковым произошел конфликт из-за отказа будущей жены писателя С. П. Довгелло продолжать революционную деятельность в рядах партии эсеров, и в частности принимать участие в террористических актах создаваемой ими Боевой организации, в чем не без оснований усматривали ремизовское влияние. В результате оба «предателя» подверглись бойкоту, что привело Ремизова к острому переживанию комплекса «подполья» и мучительным размышлениям над феноменом «подпольного сознания» (подробнее об этом см. во вступительной статье и комментарии А. М. Грачевой к переписке Ремизова с П. Е. Щеголевым: Ежегодник Рукописного отдела Пушкинского Дома на 1995 год. СПб., 1999. С. 124–126, 166; а также литературный монтаж вологодских и херсонских писем Ремизова к жене за 1903 г., и в частности раздел «Подполье»: На вечерней заре 1. С. 153–190). Апокалиптические настроения и чувство безвременья как порождения «подпольного сознания» стали впоследствии основной темой «Часов». Поэтому при публикации первой редакции романа в 1908 г. Ремизов посвятил его «Борису С.», т. е. Борису Савинкову. Косвенным подтверждением того, что писатель подразумевал именно Савинкова, может служить точно такой же, продиктованный соображениями конспирации способ обозначения его имени редактором журнала «Золотое руно» Сергеем Соколовым в письме Ремизову от 13 февраля 1906 г.: «Стихи Бориса С. возвращаю» (эта фраза снабжена дешифрующей пометой Ремизова «Бориса Савинкова»; см.: РНБ. Ф. 634. Оп. 1. Ед. хр. 203. Л. 3). Во второй редакции посвящение Савинкову было снято, а весь второй том «Сочинений» посвящен С. П. Ремизовой-Довгелло.

После отмены запрета на жительство в столичных городах, в феврале 1905 г. Ремизовы переехали из Киева в Петербург и поселились при конторе журнала «Вопросы жизни», в котором писатель служил заведующим редакцией. Бурная культурная жизнь столицы, новые литературные знакомства и обилие работы в журнале, где, помимо прочего, в течение 1905 г. публиковался первый ремизовский роман «Пруд», долгое время не позволяли ему вернуться к тексту «Часов». Сделать это Ремизов смог только летом 1906 г., уже после закрытия «Вопросов жизни».

24 июня 1906 г. он писал Ф. К. Сологубу из села Берестовец Черниговской губернии, где в имении родственников С. П. Ремизовой-Довгелло жила их дочь Наташа: «Отделал большую вещь в роде чего то <sic!>, написанную первоначально в Киеве 2 года назад в состоянии ужасном, а потому ужасов нагромождено пропасть. Впрочем, нет это не от этого, – не умел владеть собой. Ну, это мой последний грех. Буду просить Вас по осени заглянуть в рукопись <…>» (РГАЛИ. Ф. 2567. Оп. 2. Ед. хр. 410. Л. 4, об. – 5). Сологуб был не единственным, кого Ремизов намеревался познакомить с рукописью своего романа. Один из первых известных нам отзывов на «Часы» принадлежит жене Вяч. Иванова Л. Д. Зиновьевой-Аннибал. Возвращая рукопись, в недатированном письме к Ремизову (судя по содержанию, написано не ранее августа 1906 г.) она делилась своими впечатлениями: «Что касается Часов, простите, милый друг, что я там наколобродила карандашом. Это для себя скорее я писала, т<ак> к<ак> начала с середины и собиралась написать потом сначала и общее мнение. Часто возвращается на мысль это едкое, тоскливое, нервы сосущее произведение. Но, дорогой мой Алексей Михайлович, искристый, истинный талант, мною глубоко почитаемый и с болью любимый, я решусь честно и прямо сказать свое мнение, в объективной истине которого совершенно не уверена. Часы, как и Пруд, не искусство. Быть может, они ценны, даже совершенно наверное, но не в царстве Искусства, Это другое, еще небывалое, – это разъедающие червяки, которых вы оживили глодать сердца людей, эти вопящие молитвы, которые исторгаются со скрюченными пальцами, перекошенными губами и злыми и скупыми слезами. Но все, что от искусства, для художников ограничено незыблемою гранью и закованно в броню, как бы незаметна эта броня не была для читателя. У вас нет брони. Нет граней. Все, что от искусства, несет в себе какую-то сферу, разряжающую свое электричество. У вас текут какие-то светящиеся зеленым, бледным, фосфорическим светом линии, все по одному направлению, дрожа и зыблясь и прерываясь, но никогда не встречаясь во взрыве и огне. Все ваши герои слабые, не умеющие сказаться, [нрзб. 1 слово] делающие <?> и бессильные, и бессильна, невысказанна вся сфера их окружения, и нигде даже не рисуется силуэтом то косное, то твердое, обо что могли бы раздробиться их порывы и выбить искры, „на крыльях пламенных несущие пожар“. Ужасно не то, все это, что я сказала. Пишу очень второпях, но не думаю второпях. Поэтому простите форму выражений <…>. Простите и забудьте, если совсем это не то» (РНБ. Ф. 634. Оп. 1. Ед. хр. 111. Л. 3, об. – 5, об.). Уже летом 1906 г. Ремизов предпринял первую попытку опубликовать «Часы». В конце июля он предложил свою «повесть» Н. П. Рябушинскому, издателю журнала «Золотое руно», с которым чрезвычайно активно сотрудничал в этот период. 24 июля 1906 г. Рябушинский ответил Ремизову: «Повесть присылайте для ознакомления» (РНБ. Ф. 634. Оп. 1. Ед. хр. 192. Л. 1, об.). Однако вскоре он на два месяца уехал за границу, а по возвращении в начале октября долго не мог приступить к чтению рукописи. В результате редактор литературного отдела «Золотого руна» А. А. Курсинский посчитал, что «Часы» отклонены Рябушинским, а причины отказа уже известны Ремизову, и 9 декабря выслал ему рукопись обратно в Петербург (см. сопроводительное письмо Курсинского автору: РНБ. Ф. 634. Оп. 1. Ед. хр. 135. Л. 10). 18 декабря 1906 г. Ремизов сообщал Маделунгу: «„Часов“ не печатают. И Бог весть, когда будут печатать. На днях их мне возвратили без всякого отзыва из „Золот. Руна“. Придется, наверное, отдавать печатать без гонорара» (Письма А. М. Ремизова и В. Я. Брюсова к О. Маделунгу. С. 41).

Вскоре это недоразумение выяснилось, и «Часы» были возвращены в редакцию, где пролежали всю зиму и весну 1907 г. без движения. Наконец, Рябушинский принял, на этот раз мотивированное, окончательное решение. 18 мая 1907 г. он писал Ремизову: «Часы» немного велики, даже очень, и не могут быть напечатаны, так как я решил давать лишь небольшие беллетристические произведения» (РНБ. Ф. 634. Оп. 1. Ед. хр. 192. Л. 4). Чуть раньше стало очевидным, что не приходится рассчитывать и на отдельное издание (в конце 1906 г. «Золотое руно» выпустило в свет книгу Ремизова «Посолонь»; подробнее об этом см. в т. 2 наст. собрания сочинений), так как еще 5 марта 1907 г., отвечая на ремизовское предложение опубликовать его книгу «Чертов лог», Курсинский выразил сомнения в возможности получить на это согласие Рябушинского и пояснил: «<…> вообще вряд ли будут у нас еще какие-либо отдельные издания» (РНБ. Ф. 634. Оп. 1. Ед. хр. 135. Л. 15). В это время в Петербурге по инициативе приятеля Ремизова литератора А. С. Рославлева возникло новое издательство «EOS», владельцем которого стал торговец «ломаным железом» из Екатеринослава Константин Львович Саксаганский. Сам Саксаганский был далек от литературы, но зато его жена Анна Семеновна жаждала настоящей столичной славы, ибо уже успела издать отдельными брошюрами целых двадцать пять собственных пьес. Ее стремлением «погрузиться в „литературную пучину“» (Встречи. С. 56) умело воспользовался Рославлев, убедив супругов в необходимости «создать издательство с блестящими именами» (там же), в числе которых назывался и Ремизов. (Между прочим, с рекламными целями список драматических сочинений Анны Саксаганской был помещен в издании «Часов» непосредственно за текстом романа, что впоследствии послужило поводом для иронического описания в книге «Встречи» того, как Рославлев якобы «перечислил все 25» наизусть, чтобы вынудить издателя опубликовать книгу Ремизова (с. 57–58)). 22 сентября 1907 г. К. Л. Саксаганский заключил с Ремизовым договор на издание романа «Часы» тиражом до двух тысяч экземпляров с условием «печатать в средних числах ноября сего года» (РНБ. Ф. 634. Оп. 1. Ед. хр. 104. Л. 1; здесь же находится договор на издание «EOS’ом» сборника «Чертов лог и Полунощное солнце», который предполагалось начать печатать месяцем раньше, в середине октября 1907 г.). Роман вышел в самом начале апреля 1908 г. и небольшое число экземпляров успело даже поступить в продажу и разойтись, но через несколько дней на него был наложен арест (см. об этом: Речь. 1908. 2 (15) апр. № 79. С. 5; 8 (21) апр. № 84. С. 4). 3 апреля 1908 г. Ремизов сообщал В. Ф. Ходасевичу: «Собирался Вам мой роман „Часы“ послать, да их конфисковали (128 ст<атья>)» (РГАЛИ. Ф. 537. Оп. 1. Ед. хр. 79. Л. 2). О том же уведомили и газеты. Однако 128 статья Уложения о наказаниях применялась к произведениям, в которых цензура усматривала факты неуважения к верховной власти, что совершенно не согласовалось с содержанием ремизовского романа. Вероятно, в этом обвинении можно усмотреть рецидив «поднадзорного» периода в жизни писателя. Поэтому вскоре запрещение по 128 статье было снято, но тут же наложено по более уместной 1001 статье (за порнографию и оскорбление нравственности). Ремизову вменялись в вину два эпизода: рассказ о скотоложестве с собакою и сцена изнасилования Лидочки Костей (подробнее об этом см.: Цехновицер О. В. Символизм и царская цензура // Учен. зап. Ленингр. ун-та 1941. Вып. 11. № 76. С. 314–315).