Закон призван был бороться с проявлениями любой религиозной нетерпимости и разжиганием вражды на почве веры и вероисповедания. Подтверждалось отделение Церкви от государства, поскольку необходимость такого отделения признавалась Церковью за благо и доселе оно только декларировалось, а на самом деле государство постоянно вторгалось в якобы отделённую от него Церковь. Отныне государству не разрешалось финансировать ни представителей религий, ни поборников атеизма. В свою очередь, религиозные организации не получали права оказывать финансовую поддержку каким-либо партиям. В государственных школах не разрешалось преподавать религиозные предметы, но представители религий могли теперь создавать свои школы, в которые родители могли добровольно отдавать своих детей. Разрешалось создавать любые религиозные организации, которые государство обязано было при наличии устава регистрировать в качестве юридических лиц.
Важный пункт — установленное для религиозных организаций преимущественное право на передачу им со стороны государства культовых зданий с прилегающей территорией. Теперь можно было просить у государства отнятое за годы советской власти не в расчёте на милость чиновников, а опираясь на букву закона. Причём «решения по вопросу о передаче религиозным организациям культовых зданий и имущества должны приниматься не позднее чем в месячный срок с момента получения соответствующего ходатайства, с одновременным сообщением об этом в письменном виде заявителем». Религиозные организации становились собственниками зданий и прочего имущества, могли отныне «учреждать издательские, полиграфические, производственные, реставрационно-строительные, сельскохозяйственные и другие предприятия, а также благотворительные заведения (приюты, интернаты, больницы и другие), обладающие правами юридического лица» и облагающиеся налогами наравне с другими такими же.
Отныне на законных основаниях можно было поддерживать паломничества, проводить богослужения не только в храмах, но и на кладбищах, в учреждениях, квартирах, в воинских частях, на предприятиях, в больницах и домах престарелых, исправительных лагерях и тюрьмах.
Разрешалось «приобретать и использовать религиозную литературу на языке по своему выбору, а равно другие предметы и материалы религиозного назначения», «производить, экспортировать, импортировать и распространять предметы религиозного назначения, религиозную литературу и иные информационные материалы религиозного содержания».
Религиозные организации могли отныне принимать людей на работу по трудовому договору, устанавливать заработную плату и премии, увольнять, а Пенсионный фонд обеспечивал их пенсиями в соответствии с полученными отчислениями.
И, наконец, государственный орган СССР по делам религий отныне становился не руководящим и надзирающим, а лишь информационным, консультативным и экспертным центром, то есть вспомогательным.
Обсуждение закона о свободе совести стало первым пунктом повестки дня на Архиерейском Соборе в Даниловском монастыре 25—27 октября 1990 года. Это был первый Собор, проходивший под руководством Патриарха Алексия II. Участвовало в нём девяносто архиереев.
Сразу же по окончании Собора Святейший отправился в Киев, где провозгласил независимость Украинской Церкви, «даруемую ради преодоления раскола и водворения мира церковного». Он вручил митрополиту Филарету (Денисенко) грамоту и совершил вместе с ним литургию в Софийском соборе.
Эта поездка изрядно потрепала Святейшему нервы, отняла много сил и здоровья. Когда он вручал у врат древнего киевского собора грамоту, на самой Софийской площади происходила манифестация, устроенная националистами движения «Рух», основанного в 1989 году под руководством поэта Ивана Драча. Вдохновляемые бесноватыми призывами своего вождя, руховцы начали творить расправы над всеми, кто не желал вражды между украинцами и русскими. 28 октября в Киеве как раз проходили Вторые всеукраинские сборы «Руха», и в то время, как Святейший провозглашал независимость Украинской Церкви и совершал литургию, новые бандеровцы устроили драку, грозившую перерасти в настоящее кровавое побоище. Лишь молитвами Московского Патриарха не произошло масштабной трагедии.
С горечью отметим, что дарование независимости Украинской Церкви, призванное успокоить Украину, митрополит Филарет (Денисенко) в дальнейшем использовал только для укрепления своей личной власти и ещё большего раскола.
Вернувшись из Киева, Святейший освятил начало восстановления ещё одного храма столицы, к тому времени уже не существующего. Казанский собор — памятник победе над поляками, построенный, по преданию, князем Пожарским на свои собственные средства в честь иконы Казанской Божией Матери, помогавшей спасителю Отечества освобождать Москву. Храм был воздвигнут сначала в деревянном виде, а затем уже в каменном при царе Алексее-Михайловиче. После революции всё тому же Барановскому удавалось долгое время спасать святыню от поругания и разрушения и даже реставрировать, но в 1936 году собор разобрали, а на его месте долгое время существовал общественный туалет. Летом 1990 года Юрий Михайлович Лужков, бывший тогда председателем Мосгорисполкома, подписал решение о восстановлении Казанского собора.
И вот в праздник иконы Казанской Богоматери в сослужении четырнадцати архиереев Патриарх Алексий II освятил закладку на Красной площади храма, который после этого стали восстанавливать по чертежам, оставленным Петром Дмитриевичем Барановским.
Совсем недавно он стал Святейшим, а всем уже казалось, что именно с его приходом стремительно и ежедневно возрождалась и расцветала русская православная жизнь. Одна за другой возвращались наши святыни, храмы и иноческие обители. Следом за Валаамом стали воскресать Соловки — 25 октября 1990 года Священный Синод постановил вернуть здесь к жизни Спасо-Преображенский ставропигиальный мужской монастырь. Игумен Герман (Чеботарь) стал исполняющим обязанности наместника, вскоре на Соловках появились первые послушники.
5 ноября Святейший в своём обращении к согражданам выступил с оценкой революции 1917 года. Впервые после обвинительных посланий Патриарха Тихона Предстоятель Русской Церкви говорил о том событии как о губительном: «Семьдесят три года назад произошло событие, определившее путь России в двадцатом столетии. Этот путь оказался скорбен и тяжек... И пусть все минувшие годы один за другим встанут в нашей совести и будут нас умолять не платить человеческими судьбами за эксперименты и принципы политиков».
Вскоре он уже был во Владимире, где совершал первую за многие десятилетия Божественную литургию в небесно-прекрасном Успенском соборе, являющемся главным символом Владимиро-Суздальской Руси. Сей шедевр русского зодчества построил Андрей Боголюбский, значительно расширил дед Александра Невского Всеволод Большое Гнездо, а ещё через два века расписали Андрей Рублёв и Даниил Чёрный. Патриарху Алексию II удалось добиться разрешения на совместное владение Успенским собором Церковью и Владимиро-Суздальским музеем-заповедником.
А тем временем с Украины вновь приходили неприятные вести. Священный для каждого русского человека Софийский собор захватили, при полном попустительстве властей, раскольники. 17 и 18 ноября здесь проходила интронизация 92-летнего жителя США Мстислава Скрипника в чине «Патриарха Киевского и всея Руси-Украины». Как пишет Владислав Петрушко: «Титул раскольничьего лидера отражал всё ту же националистическую идеологию, которая со времён М. Грушевского утверждала, что подлинная Русь — это Украина, в то время как Россия — это империя, основанная дикими финскими племенами, узурпировавшими у славян этноним “Русь”. В Софийском соборе Скрипнику, который к тому времени не мог уже двигаться самостоятельно, сослужило 40 раскольничьих “священников” в присутствии ещё 200. Украинское телевидение транслировало это действо, и сентиментальный Мстислав, как ребёнок радовавшийся своему “патриаршеству”, плакал перед кинокамерами от счастья. Небезынтересно отметить и такой штрих, выдававший честолюбивые мотивы лидеров раскола: белый куколь “патриарха Киевского” автокефалисты соорудили по образцу единственного в своём роде головного убора столь ненавистного националистам Московского Патриарха».
