21 июня 1990 года Патриарх Алексий II провёл свой первый официальный приём. К нему прибыл только что назначенный на пост председателя Совета министров РСФСР Иван Степанович Силаев, тогда человек Ельцина, но пройдёт время, и он, как противник развала СССР, выйдет из свиты «царя Бориса». Беседуя с ним, Святейший говорил об опасности утраты добрых традиций во взаимоотношениях между людьми, которые сложились при советской власти, как бы к ней ни относиться; он предупреждал о том, что при насаждении свобод не следует забывать о милосердии, о христианской добродетели, о трудовой морали, ибо сейчас утверждается пагубная для души человека мысль о возможности лёгкого зарабатывания больших денег, воспитывается презрение к людям, в поте лица добывающим хлеб свой насущный.
Об этом же он говорил и в одном из своих первых интервью в качестве патриарха, отвечая на вопросы журналиста Юрия Лепского:
— Печально, что сегодня один ложный идеал подменяется другим — «идеалом» прагматического, житейского материализма. Наше общество отказалось от извращённых представлений об уравнительной «справедливости», пришло к осознанию того, что за достойный созидательный труд полагается достойное воздаяние. Однако новые положительные ценности ещё не укрепились в народе, и если материальное созидание и стяжание земных благ станет единственной заботой людей — они потеряют себя. Я как христианин и пастырь убеждён: подлинное обретение личностью смысла своего бытия возможно лишь в общении с Богом — Источником духовной жизни. Но и тем, кто продолжает считать себя неверующим, не надо забывать о нравственном законе, заложенном Господом в сердце каждого человека, даже нерелигиозного. Только тогда, когда нравственные нормы реализуются и в политике, и в экономике, и в личной жизни людей, мы сможем преобразовать общество, причём сделать это без насилия и принуждения.
С 23 июня, завершив все дела по вселению в московскую рабочую и загородную резиденции, Святейший вновь начал совершать богослужения в Елоховском соборе, в Донском монастыре, побывал в Новгородской епархии, а в начале июля отправился в Эстонию. Отслужил панихиду на могиле родителей, ведь он должен был приехать к месту их упокоения в новом своём патриаршем обличье. Много общался со своим старым другом священником Вячеславом Якобсом, фамилия которого недолго уже будет оставаться без скобок — в августе в Псково-Печерском монастыре Вячеслава Васильевича постригут в монахи под именем Корнилий. В 1974 году он стал вдовцом, можно и принимать монашество.
Далее Святейший совершил пастырскую поездку в Киев, Чернигов, Житомир, Луцк, Ровно. Его патриаршее служение началось с улаживания дел на Украине и окончится тем же. В середине сентября Святейший вновь побывал в Эстонии, где в своём родном таллинском соборе Александра Невского рукоположил архимандрита Корнилия (Якобса) во епископа Таллинского, с назначением его патриаршим викарием. Хороших, задушевно своих людей он оставлял в покидаемых епархиях: Иоанна — в Северной столице, Корнилия — в Эстонии. А в Новгороде поставил епископом архимандрита Льва (Церпицкого), бывшего некогда личным секретарём митрополита Никодима (Ротова) и остроумно прозванного в те годы «аэромонахом», поскольку он постоянно летал с поручениями из Ленинграда в Москву и обратно. В его присутствии на приёме у папы римского митрополит Никодим и скончался. В 1990 году владыке Льву исполнилось сорок четыре года.
23 сентября состоялось новое знаменательное событие. Впервые после марта 1918 года ожил Кремлёвский Успенский собор — главный храм Московского государства. Святейший Патриарх Алексий II совершил в нём Божественную литургию — то, ради чего, собственно говоря, и строятся храмы по заповеди Христа Спасителя. С этого дня Успенскому собору возвращён статус Патриаршего кафедрального.
Выйдя после литургии из Кремля, Святейший вновь, как весною, совершил крестный ход от сердца Москвы к храму Большого Вознесения, уже отреставрированному и готовому к первому богослужению. Сентябрьский, холодный и волнующий воздух, развивающиеся хоругви и трёхцветные знамёна, бело-сине-красные и чёрно-золото-белые, многоголосое пение «Спаси, Господи, люди твоя» и «Боже, царя храни!», зачем-то — толпы милиции... А впереди он — Патриарх Алексий II. Когда дошли до Большого Вознесения, он произнёс речь о начавшемся православном возрождении русского народа, и, помнится, кто-то воскликнул:
— Это наш Патриарх!
И с того дня он навсегда запечатлелся в сознании как наш Патриарх.
Прекращение гонений на Церковь могло окончиться столь же неожиданно, как и началось, и Святейший спешил вернуть верующим как можно больше храмов.
Покровский собор, известный также как храм Василия Блаженного, — безусловно, один из главных символов Москвы и России. Необыкновенный, нарядный, олицетворяющий многоцветную старину нашу. Подумать только, но в октябре 1917 года большевики цинично расстреливали его из пушек и сильно исковеркали, а в середине тридцатых он едва не разделил участь взорванного храма Христа Спасителя! Его спасло личное мужество выдающегося русского архитектора Петра Дмитриевича Барановского, человека, который боролся против уничтожения архитектурных святынь Руси, а когда не мог их спасти, накануне разрушения успевал произвести все замеры и оставить чертежи для будущего восстановления. Он спас Коломенское, устроив там музей народного зодчества. Он был последним, кто находился в Чудовом монастыре перед его уничтожением, и успел вынести оттуда мощи святителя Алексия Московского. Он спас Андроников монастырь, создав там музей древней живописи, спас храм Василия Блаженного. За это упорство Петра Дмитриевича арестовали и отправили в ссылку, но уникальный храм, превращённый в музей, уцелел. 7 ноября 1941 года мимо него шли полки, отправляясь на фронт. Перед собором поставили, переместив с другого места Красной площади, памятник Минину и Пожарскому.
И вот теперь, в праздник Покрова Богородицы 1990 года, Патриарх Алексий II добился разрешения совершить здесь первую после революции Божественную литургию. Началась борьба за возвращение собора, в 1991 году Святейший добьётся того, что храм Василия Блаженного станет считаться в совместном пользовании Церкви и Государственного исторического музея.
В те октябрьские дни президент СССР Горбачёв и Верховный Совет издали, наконец, закон о свободе совести и религиозных организациях, в разработке которого Святейший принимал самое деятельное участие и как Предстоятель Церкви, и как народный депутат, коим он по-прежнему оставался, несмотря на своё отрицательное отношение к участию религиозных деятелей в политике.
Вопрос о свободе совести — понятие, возникшее в Европе во времена Реформации, когда нужно было закрепить право не быть католиком. Французы во время своей так называемой Великой буржуазной революции шагнули дальше, заявив в Декларации прав человека и гражданина от 1789 года, что «никто не может быть преследуем за свои убеждения, даже религиозные, при условии, что их обнародование не угрожает общественному порядку». Слова «даже религиозные» здесь весьма красноречивы. С тех пор все законы о свободе совести являлись уступкой, которую безбожные правительства делали верующим гражданам.
В 1918 году большевики приняли декрет о свободе совести и об отделении Церкви от государства. И вот, наконец, через семьдесят два года атеистическая власть снизошла, признала, что Русская Православная Церковь может иметь правовую основу для своей деятельности и правоспособность юридического лица, что граждане имеют право «на беспрепятственное исповедание религии и исполнение религиозных обрядов, а также социальную справедливость и равенство, защиту прав и интересов независимо от отношения к религии». Отныне можно было, не опасаясь новых гонений, «единолично или совместно с другими исповедовать любую религию или не исповедовать никакой, выражать и распространять убеждения, связанные с отношением к религии». Родителям разрешалось «воспитывать своих детей в соответствии со своим собственным отношением к религии». Нельзя теперь было принуждать кого-либо «к исповеданию или к отказу от исповедания религии, к участию или неучастию в богослужениях, религиозных обрядах и церемониях». Отныне гражданин вправе был в официальных документах указывать или не указывать, как он относится к религии и какую религию исповедует.
