Увидев, что семинария и впрямь вовсю уже действует, Алексей отправил телеграмму Василию Ермакову: «Вася приезжай семинарию». Тот вскоре примчался, и они вместе стали поступать, успешно сдали экзамены. Но тут оказалось, что принимают только с восемнадцати лет. Ермаков по возрасту подходил, а Ридигер нет. Никаких исключений не делалось. И это при том, что ректором семинарии в первый год её возрождённого существования являлся не кто иной, как протоиерей Иоанн Богоявленский — духовный наставник семьи Ридигер. Приняв Алексея в своём кабинете, он вместо слов утешения сделал ему настоящий подарок — пригласил юношу на торжества по случаю открытия духовных школ Северной столицы. Это событие происходило 14 октября, и на него прибыл сам Патриарх Алексий I (Симанский). В просторной домовой церкви Иоанна Богослова он отслужил литургию, затем в актовом зале академии произнёс речь. После торжественной части состоялся обед. Так будущий Патриарх Алексий II впервые в жизни видел и внимал речам Патриарха Алексия I. Горечь по поводу непоступления улетучилась, и он вернулся в Таллин полный самых приятных и благостных впечатлений.

Весь остаток осени, зиму и весну Алексей упорно готовился к тому, чтобы поступить сразу во второй класс. Он продолжал служить в таллинских храмах на разных должностях, доступных мирянам.

В это время Алексей Ридигер превратился в стройного молодого человека, красивого, с зачёсанными назад волнистыми волосами, с приятными манерами и ласковым, слегка насмешливым взглядом. Несмотря на устремлённость к духовной профессии, он был очень спортивным, занимался греблей и даже имел разряд в эстонском спортобществе «Калев», вновь возрождённом сразу после войны. Увлекался и шахматами. Обожал смотреть мотогонки, старался их не пропускать.

Прошёл год, и он снова отправился в Ленинград. Вступительные экзамены прошёл столь успешно, что его зачислили даже не на второй, а сразу на третий курс духовной семинарии!

Класс, в который он попал, состоял из молодых людей разного возраста. Алексей оказался самым младшим, остальным было по двадцать и более, некоторым под тридцать.

Семинаристы жили в общежитии по следующему распорядку: в шесть часов утра побудка, умывание, одевание и в половине седьмого — в храм на утреннее богослужение. В половине девятого в светлой и просторной столовой — завтрак, а уже без пятнадцати девять двойной звонок приглашал семинаристов в храм на молитву перед учёбой. В девять в аудиториях начинались лекции. В полдень обед и затем до четырёх часов снова лекции. Потом отдых и самостоятельные занятия. Вечернее богослужение, после него — ужин и тихий вечерний час, который заполнялся пением под фисгармонию или скрипку, чтением книг. В десять — молитва и сон.

Во время войны академию бомбили, и на одной из лестниц возникли трещины. И вот на Пасху 1947 года лестница не выдержала большого скопления народа и рухнула. Погибших не оказалось, но пострадало тридцать два человека, один сильно — перелом позвоночника, другие отделались переломами ног, рёбер, вывихами, ушибами. Ответственность взял на себя ректор протоиерей Иоанн Богоявленский, его уволили, а в июне того же года он принял монашеский постриг под именем Исидора и рукоположение во епископа Таллинского и Эстонского.

Академией и семинарией руководил митрополит Ленинградский и Новгородский Григорий (Чуков) — человек, пострадавший за веру во Христа. Его несколько раз арестовывали, в 1922 году приговорили к смертной казни по делу Петроградского митрополита Вениамина, но затем заменили казнь лагерем, после освобождения снова арестовывали, высылали... «Блаженны вы, когда будут поносить вас и гнать и всячески неправедно злословить за Меня», — говорит Спаситель (Мф. 5, 11), — «...и будете ненавидимы всеми за имя Моё, но и волос с головы вашей не пропадёт, — терпением вашим спасайте души ваши» (Лк. 21, 17—19).

В 1943 году Патриарх Сергий поручил Григорию, тогда ещё архиепископу Саратовскому и Сталинградскому, разработать проект воссоздания духовного среднего и высшего образования, а в 1946-м назначил председателем учебного комитета при Священном Синоде.

— В возрождённые духовные академию и семинарию в послевоенные годы он сумел привлечь кандидатов и магистров богословия дореволюционной духовной школы, которых знал и с которыми работал на ниве богословского образования и тем обеспечил преемство богословского образования в Русской Православной Церкви. Разработанная им система богословского образования выдержала испытание временем и позволила подготовить большое количество священно- и церковнослужителей, — вспоминал о нём Святейший в 2005 году.

Митрополит Григорий набрал в качестве преподавателей людей старой дореволюционной школы, они воспринимали возрождение духовных училищ как некое нежданное чудо, будто среди зимы повеяло весною. Все они понимали, что чудо может продлиться недолго, и старались использовать предоставленную возможность в полной мере.

Курс Нового Завета преподавал профессор-богослов в области патристики Александр Иванович Сагарда. До революции он читал лекции по истории Антиохийской богословской школы и древнецерковной сирийской литературы, переводил творения Иоанна Дамаскина. После революции где только не работал — в земельном отделе, на молочном заводе, в трамвайном ведомстве, в банно-прачечном комбинате, в коммунальном банке, в отделе снабжения Черноморского пароходства... Словом, микроскоп, которым забивают гвозди! И вот — чудо! Его вновь вернули преподавать то, что он знал лучше всего.

— Как же он переживал, когда кто-то из семинаристов оказывался неспособным достойно ответить на его вопросы!.. Помню, как однажды профессор взял в руки Евангелие и, показывая нам, произнёс, вкладывая всю свою душу в слова: «Вы должны полюбить эту книгу!» А когда Александр Иванович рассказывал о мучениках, волнения педагога достигали наивысшего градуса и были настолько сильны, что ему приходилось выходить из аудитории, чтобы успокоиться. Сколько лет миновало — десятилетия! — только эти картины до сих пор перед глазами, и убедительный трогательный голос Александра Ивановича Сагарды я слышу... — со слезой в голосе вспоминал о нём Святейший.

Патрологию, учение об Отцах Церкви, преподавал профессор Лев Николаевич Парийский, долгие годы вынужденный зарабатывать себе на жизнь одним только регентством и чтением в ленинградских храмах и лишь в 1944 году получивший должность секретаря и бухгалтера при Патриархе Алексии I.

Литургику, учение о церковном богослужении, преподавал выдающийся музыковед, специалист в области церковной истории, древнерусского церковно-певческого искусства, восточно-христианской гимнографии, преподаватель полифонии в Ленинградской консерватории Николай Дмитриевич Успенский. Будучи директором музыкального училища, он отказался от эвакуации из блокадного Ленинграда, чтобы только остаться со своими учениками, был сильно контужен во время очередной бомбардировки. А в богоборческую хрущёвскую оттепель перед ним строго поставят ультиматум: либо работай в консерватории, либо в Духовной академии, нечего и там, и там! И Николай Дмитриевич, не раздумывая, выберет второе. Впрочем, то же самое произойдёт с ним и позже, когда Успенский вернётся преподавать в консерваторию, а перед ним снова поставят подобные условия, разве что в более мягкой форме.

Недолгое время на кафедре Священного Писания Нового Завета читал лекции автор одной из лучших книг об Апокалипсисе Иоанна Богослова Василий Васильевич Четыркин. Он скончался в январе 1948 года, и семинарист Ридигер был одним из тех, кто провожал его в последний путь.

Греческий, латинский и еврейский языки, историю Русской Православной Церкви, библейскую историю и катехизис преподавал Дмитрий Дмитриевич Вознесенский.

Курс гомилетики, богословской науки, излагающей правила церковного красноречия или проповедничества, читал Сергей Алексеевич Купресов.

— Единственный сын Купресова был психически больным, и все мы изо дня в день наблюдали, как мужественно Сергей Алексеевич переносил личную беду, как истово молился на хорах семинарского храма или перед Царскосельской иконой Божией Матери «Знамение». Этот человек являл для нас пример молитвенного подвига, — вспоминал о нём Святейший. — Многие наши преподаватели прошли лагеря, имея высшее духовное образование, долгие годы зарабатывали себе на кусок хлеба в ремесленных училищах, а то и вовсе прозябали на подённой работе. Но все невзгоды они мужественно перенесли, не растеряв ни собственного достоинства, ни уникального интеллектуального багажа. И теперь, приступив к обучению, эти педагоги, случалось, до слёз переживали какие-то наши промахи или просто плохие ответы.