Но все эти мероприятия, все празднества, проходившие при энтузиазме и воодушевлении народа, не могли укрыть от глаз Елизаветы Фёдоровны ни самочувствия сестры Александры, ни состояния её сына. Императрицу мучили головные боли, у неё болело сердце и случалась такая слабость, что она не могла долго стоять и была вынуждена пропускать некоторые церемонии. А восьмилетнего цесаревича Алексея выносил на руках приставленный к нему дядька, отчего в публике возникало недоумение — уж не калека ли царский сын? Великая княгиня знала причину. Прошлой осенью с мальчиком случилось несчастье, едва не стоившее ему жизни. В Беловеже он сильно ушиб ногу, и через несколько дней, уже в Спаде, императорском имении в Восточной Польше, у него обнаружилось обширное внутреннее кровоизлияние. Вновь проявилась его страшная врождённая болезнь — гемофилия, унаследованная от матери, бабушки и прабабушки. Коварный фамильный недуг, известный Елизавете Фёдоровне не понаслышке, — от него погиб её маленький брат Фритти. И вот теперь мучается несчастный Алексей... Бедная-бедная Аликс! С самого рождения сына она страдала от его нездоровья, от постоянно грозившей ему опасности, от своей беспомощности перед ужасной бедой. Она стала быстро меняться внешне, заметно поседев к сорока годам; периодически ощущала сильные боли в сердце. Сестре Виктории царица напишет: «Ты не думай, что моя болезнь угнетает меня саму. Мне всё равно, вот только мои дорогие и родные страдают из-за меня, да иногда не могу выполнять свои обязанности. Но если Бог посылает мне этот крест, его надо нести. Наша милая мамочка тоже потеряла здоровье в раннем возрасте. Мне досталось столько счастья, что я охотно отдала бы за него все удовольствия; они так мало значат для меня, а моя семейная жизнь так идеальна, что сполна возмещает всё, в чём я не могу принять участие».
Глядя на Аликс и её сына, Великая княгиня невольно вспоминала события прошлого года. В мае Царская семья приезжала в Москву. Открывался памятник Александру III возле храма Христа Спасителя, отмечалось столетие Отечественной войны (Государь побывал на Бородинском поле и вместе с Елизаветой Фёдоровной принял участие в молебне на Красной площади), и, наконец, двери распахнул Музей изящных искусств. В один из тех дней император с дочерьми посетил Марфо-Мариинскую обитель. Отстоял молебен, осмотрел Покровский храм, обошёл больницу, амбулаторию и другие учреждения, после чего Елизавета Фёдоровна пригласила дорогих гостей на чаепитие в своих покоях. Расположились в гостиной, за столом под белым абажуром. Было уютно, светло и радостно. Делились впечатлениями, обсуждали происходящее, вспоминали дядю Сергея — ведь именно он стоял у истоков всех трёх нынешних московских торжеств и, конечно, с памятью о нём была так тесно связана жизнь обители. Вечером, после отъезда Государя и великих княжон вторично за время праздников приехала вдовствующая императрица, которой явно понравилась новая жизнь Эллы. И только на следующий день обитель впервые посетила Александра Фёдоровна. Ей вновь нездоровилось, и приступ слабости объяснял её отсутствие на публике. Но к сестре она поехала, причём Элла сопровождала её по дороге из Кремля и обратно.
В обители императрица не покидала кресла-каталки. В нём сидела во время молебна, в нём выслушивала приветствия и раздавала присутствовавшим памятные открытки и брошюры, совершила прогулку по саду. На специальном стуле её подняли и внесли в покои настоятельницы, где две родные сестры проговорили затем около часа. Их никто не беспокоил. Когда в то же время к обители подъехал Великий князь Николай Николаевич, желавший проведать родственницу, то, узнав о присутствии императрицы, немедленно повернул назад.
Конечно, Елизавета была счастлива, что дорогая Аликс побывала в её новом жилище, наконец-то увидев всё своими глазами и многое поняв. И вместе с тем к радости примешивалось тяжёлое чувство при виде недуга сестры, порой неспособной передвигаться самостоятельно. А ведь ей было лишь сорок лет! Но Елизавета знала — Александра сильна духом, её вера, её горячая любовь к Богу и преданность Его заветам помогут ей выстоять при любых испытаниях, а дарованное Всевышним семейное счастье восстановит и здоровье. Двумя годами ранее она писала племяннице Ольге: «Мама — молодая женщина из здоровой семьи, и с Божией помощью, терпением, молитвами и Божьим благословением, почивающим на труде врача, мы все надеемся видеть её здоровой, как прежде, пусть не сию минуту, но вскоре». За сестру, её мужа и детей Великая княгиня молилась постоянно.
После Москвы Царская семья отправилась в Беловежье, и там случилось то, что было способно надломить любого родителя. О состоянии травмированного сына Николай II писал матери: «Несчастный мальчик страдал ужасно, боли охватывали его спазмами и повторялись почти каждые четверть часа. От высокой температуры он бредил и днём и ночью, садился в постели, а от движения тотчас же начиналась боль. Спать он почти не мог, плакать тоже, только стонал и говорил: “Господи, помилуй”. Я с трудом оставался в комнате, но должен был сменять Аликс при нём, потому что она, понятно, уставала, проводя целые дни у его кровати. Она лучше меня выдерживала это испытание, пока Алексею было плохо». Заявив, что медицина бессильна, врачи сдались. Цесаревича причастили, готовя к отходу в вечность, но даже тогда Александра Фёдоровна не теряла надежды и уповала на чудо. И чудо свершилось!
О происходившем тогда в Спале Елизавета Фёдоровна подробно узнала от приехавшей в Москву сестры Ирены, которая стала свидетельницей драматических событий. Обычно сдержанная принцесса не могла без волнения рассказывать о том, как Аликс дни и ночи напролёт не отходила от сына, делала ему перевязки, меняла компрессы, обнимала его, успокаивала. Великая княгиня решила немедленно помчаться на помощь. «Я жажду помочь вам всем, — написала она царским дочерям, — зная, что бедный мальчик страдает, а дорогая мама так волнуется и устаёт, хотя Бог, конечно, всегда особо даёт силы, чтобы выстоять в такое время, когда Он посылает нам скорби». Но Ирена успокоила, обещав на обратном пути заехать к Александре и оказать ей поддержку, а кроме того, сказала, что кризис у Алексея миновал, что ему неожиданно стало лучше и его родители не сомневаются в благополучном исходе. Знала ли она, откуда взялась эта уверенность и отчего так просияло лицо Аликс в самый тяжёлый момент, знала ли о полученной в Спале телеграмме со словами: «Маленький будет жить» — и о том, кто прислал её из далёкой Сибири? Произнесла ли уже знакомое Елизавете имя — Григорий Распутин?
И вот сейчас, в Костроме придворные перешёптывались о самостоятельном приезде в город этого «загадочного мужика», который, смешавшись с толпой, взирал на Царскую семью. Великая княгиня не хотела ничего слышать ни про «сибирского старца», ни про его «чудодейственные молитвы», но Аликс действительно выглядела лучше, а цесаревич, хоть и не мог пока передвигаться без посторонней помощи, своим видом не вызывал опасений. Также было и в Москве, куда затем переместились торжества и где Елизавета Фёдоровна принимала Венценосных родственников. Вместе с ними она шла от Красного крыльца в Успенский собор под звон колоколов и несмолкаемые приветствия. Императрица отвечала народу поклонами (выход состоялся в день её рождения), Алексея нёс на руках приставленный к нему боцман, следом шествовали прекрасные великие княжны. Другие члены Династии, придворные и пышная свита создавали яркую картину апофеоза праздника, ставшего триумфом Российской империи, её прошлого и настоящего, её силы и национального духа.
После таких событий Елизавета Фёдоровна решила отправиться в очередное паломничество. Хотелось душевно отдохнуть, поблагодарить Всевышнего и найти поддержку, а поездки по святым местам всегда действовали как нельзя более благотворно, укрепляюще. Где только она не побывала за последнее время, где только не молилась! Конечно, это требовало немалых сил, физического напряжения, но и результат был неоценимым. Особенно впечатляет большое паломничество, совершенное вместе с Валентиной Гордеевой и тремя сёстрами обители в августе 1912 года. За двадцать дней Великая княгиня посетила Корнилиев-Комельский и Павло-Обнорский монастыри в Вологодской губернии, Псков, Спасо-Елеазаровскую пустынь, Мирожский и Ивановский женский монастыри, Киев с его соборами, Печерской лаврой, Фроловским и Покровским монастырями (в последнем молилась над могилой основательницы, Великой княгини Александры Петровны), Почаевскую лавру и её скит, Никоновский монастырь близ города Кременец, Афанасьевскую Лубенскую обитель в Полтавской губернии, Свято-Троицкий монастырь в Белгороде.