Через месяц, по решению сверху, началось жестокое уничтожение Императорской Фамилии. В ночь с 12 на 13 июня возле Перми вместе со своим секретарём был расстрелян Великий князь Михаил Александрович. Власти объявили его «сбежавшим», на основании чего резко ужесточили режим содержания алапаевских узников. Но накануне введения против них ограничительных санкций княгиня Елена Петровна попробовала временно съездить в Петроград, чтобы проведать оставшихся там детей. В Екатеринбурге её задержали. Попытка вернуться обратно ни к чему не привела, несмотря на вмешательство сербской миссии и расписку о добровольном согласии подвергнуться тюремному режиму наравне с мужем и другими Романовыми. Вместо Алапаевска арестованную княгиню перевезли в Пермь. О том, какая участь могла ждать её там, говорит зверское убийство в этом городе приближённых императрицы, графини А. В. Гендриковой и гофлектрисы (придворной чтицы) Е. А. Шнейдер, той самой, что когда-то обучала русскому языку Елизавету Фёдоровну. Наконец усилия иностранных дипломатов помогли отправить находившуюся на грани нервного срыва Елену Петровну в Москву. О судьбе оставшихся в Алапаевске родственников она узнает лишь за границей.

20 июня узникам Напольной школы объявили, что отныне они на тюремном положении. У них изъяли деньги (у Елизаветы Фёдоровны таковых не оказалось) и ценные вещи, их ограничили в передвижениях и вдобавок лишили слуг. Не подозревая о дальнейшем, Сергей Михайлович вымолил оставить при себе Фёдора Ремеза, остальных же вывезли в Екатеринбург, где Варвара Яковлева заявила о желании немедленно вернуться назад. С неё потребовали расписку, на что она заявила о готовности подписать любую бумагу, лишь бы остаться рядом с Матушкой. Её вернули в Алапаевск.

Жизнь заключённых проходила теперь только внутри школьной ограды. Елизавета Фёдоровна по-прежнему молилась, рукодельничала, работала в огороде. Питание стало ещё скуднее, однако А. С. Кривова смогла через знакомых кое-что покупать на рынке и хранить провизию в соседних домах. Каким-то удивительным образом из Екатеринбурга запас продовольствия привезла Екатерина Янышева, но в здание школы её не пустили, а продукты конфисковали. У арестованных отобрали все личные вещи, в том числе одежду и обувь, оставив лишь то, что было надето и по две пары нательного белья. Почему-то изъяли подушки и одеяла. Сергей Михайлович попытался протестовать — как старший по званию, Великий князь обычно выступал от имени всех заключённых. Единственное, чего удалось добиться, стало возвращение необходимых ему лекарств. Охранники сделались угрюмее, жёстче, прекратили всякие разговоры. Когда на дежурство заступали австрийцы из бывших военнопленных, начинались грубости, придирки, дополнительные обыски.

В ночь с 16 на 17 июля в подвале Ипатьевского дома была убита Царская семья — император Николай Александрович, императрица Александра Фёдоровна, цесаревич Алексей, великие княжны Ольга, Татьяна, Мария и Анастасия. Вместе с ними погибли их верные слуги. Но кровавое злодеяние, совершенное в Екатеринбурге, являлось по плану организаторов лишь первой частью Трагедии, разыгравшейся на Урале. Вторую, не менее страшную и циничную, предстояло исполнить в Алапаевске, где уже тщательно готовилась поистине дьявольская мистерия.

На двенадцатой версте от города по направлению к Верхней Синячихе находилась заброшенная шахта Нижне-Селимского железного рудника. Расположенная на границе участка (меже), а потому названная «Межной», она не действовала более десяти лет и была частично затоплена. В ней, относительно неглубокой (около шестнадцати метров), имелись, как и положено, площадки-перестилы, местами разрушенные и заваленные брёвнами. Это мрачное место и выбрали для расправы над узниками Напольной школы. Одновременно с целью скрыть следы преступления подготовили безобразную инсценировку их побега.

В полдень 17 июля охрану в школе сменили на рабочих-большевиков. У заключённых отобрали последние ценности: кольца, часы... Личного досмотра не проводилось, что позволило мученикам сохранить на себе крестики, образки, ладанки и медальоны. Всем приказали готовиться к ночному переезду. В 23 часа к зданию подкатили с десяток повозок — двухколёсных «коробков» — предназначенных для арестантов и конвоя. Прибыли представители местных Советов — нервничали, заставляли всех поторапливаться. Елизавета Фёдоровна, надевшая тёмную юбку, белую блузку и светлую кофточку, была готова. Ещё до появления конвоиров она успела спрятать под одеждой своё главное сокровище, икону Нерукотворного Спаса, обёрнутую в бумагу и висящую на шее на шнурке. Великая княгиня взяла её в Москве, бережно затем храня и укрывая при многочисленных обысках.

Небольшой (примерно восемь на одиннадцать сантиметров), оправленный в золотую ризу и украшенный драгоценными камнями, образ был благословением Александра III при переходе Елизаветы Фёдоровны в лоно Русской церкви. На его оборотной стороне имелась табличка, напоминающая о дне миропомазания, с надписью «Вербная Суббота. 13 апреля 1891 года». Однако известно, что эта икона хранилась, как и другие, полученные Великой княгиней по тому же случаю, в усыпальнице Сергея Александровича. Тогда почему же во время ареста Елизаветы Фёдоровны реликвия оказалась рядом с ней в Марфо-Мариинской обители? Возможно, образ был доставлен туда весной 1916 года, когда настоятельница отмечала 25-летие своей православной жизни, и с тех пор оставался в местном храме. Могла найтись и другая причина, но в любом случае Великая княгиня не захотела расставаться с благословением царя, отправляясь в ссылку. И тот факт, что драгоценную икону не сумели обнаружить при всех досмотрах, говорит о почти постоянном её ношении под одеждой.

Приближалась полночь. Вереница повозок выехала за город и потянулась в сторону Нижне-Селимского рудника. Каждого узника везли в отдельном «коробке», рядом с каждым сидел сопровождающий. Ехали молча, в полной тишине предаваясь мыслям и воспоминаниям. Наступил праздник преподобного Сергия Радонежского, день, когда-то бывший для Великой княгини одним из самых радостных в году, день ангела её незабвенного супруга. Вспоминались ли ей в те последние минуты жизни прекрасные вечера в Ильинском, улыбка мужа, счастливые лица друзей? Представали ли в памяти их совместные с Сергеем паломничества, путешествия, чтения книг, задушевные беседы? Или все эти картины, как бередящие сердце, были надёжно укрыты за последующими событиями, стёрты, размыты? Нет, Сергей оставался с ней всегда. Она шла по завещанному им пути, верила и не страшилась. Ей встретилось столько светлых людей, открылось столько проявлений Божией Истины, досталось столько возможностей трудиться во благо ближнего! Она познала роскошь и блеск, пережила горе и отчаяние, обрела душевную стойкость и смогла осуществить самую заветную мечту — жить ради других. Что ожидает её впереди, какое новое испытание уготовил ей Господь, куда призовёт Он верную рабу, всегда готовую принять Его святую волю?

Внезапно экипажи остановились. Перевозимым, согласно придуманной легенде, заявили, что впереди разрушен мост и надо обойти его пешком. Чтобы предотвратить побег, каждому из арестованных завязали глаза. Направляемые конвоем шестеро мужчин и две женщины медленно двинулись в чащу. Они шли туда, где их ожидал конец Земного Пути. Туда, где, сливаясь с чернеющим лесом, уже распахнуло свои объятия встречавшее Небо.

Стук молотка заглушил церковные песнопения. В храме заколачивали восемь гробов — простых, деревянных, с железными футлярами, — заставлявших содрогнуться и вынуждавших поверить в невозможное. Восемь жертв безумного кровавого злодеяния провожал в последний путь весь Алапаевск. Сначала с ними простились в Екатерининской церкви, куда они ходили молиться, пока позволяли условия, потом с многолюдным крестным ходом тела перенесли в Троицкий собор, где совершилось отпевание. Народ не сдерживал рыданий. Князья, как называли их местные жители, почти у всех вызывали жалость, ещё находясь под арестом в Напольной школе. Сейчас, видя страшную их участь, к ним относились, как к мученикам.