С этого момента авторитет Ирины и ее родственников стал незыблемым. Наиболее видное место в думе занял ее дядя Дмитрий Иванович, умный и хитрый политик, выдвинувшийся из постельничих еще при Иване Грозном. Вслед за ним шли его племянники: Борис Фёдорович, Степан Васильевич, Григорий Васильевич, Иван Васильевич. Постепенно выдвигались и более дальние родственники: Никита Васильевич и Семен Никитич Годуновы, многочисленные Сабуровы и Вельяминовы, входившие с ними в один род Зерновых.

Вопрос об автокефалии русской церкви стоял давно, поскольку с 1453 г. патриарх Константинопольский, которому подчинялся митрополит Московский, находился под властью турецкого султана и влачил довольно жалкое существование. Очень часто его посланцы приезжали в Москву просить материальной помощи у русских государей. Но только царь Фёдор смог сделать русскую церковь окончательно самостоятеьной.

С самого начала своего правления Фёдор Иванович уделял большое внимание церковным делам. Когда его казна вновь наполнилась (благодаря рачительности Г. В. Годунова и скромности быта царской четы, годовые доходы достигли почти 1,5 млн. руб.), он стал делать щедрые вклады в монастыри, выделять деньги на церковное строительство и одаривать иерархов. Но с митрополитом Дионисием у Федора Ивановича доверительные отношения не складывались. Окончательный разрыв произошел после его выступления против царицы Ирины. Новым митрополитом стал архиепископ Ростовский Иов, бывший до этого Ново-Спасским архимандритом и хорошо знакомый царской семье, поскольку в его ведении находилась родовая усыпальница Захарьиных-Юрьевых, родственников матери Фёдора. Иов сразу же стал верным помощником и советчиком царя.

Тесные взаимоотношения с новым патриархом побудили Фёдора стать инициатором учреждения патриаршества. С этим предложением он и выступил на заседании Боярской думы. Но опытные бояре решили, что самовольно устраивать подобную акцию не следует. Проще одарить восточных патриархов и получить их согласие на отделение русской церкви от константинопольской патриархии.

Летом 1586 г. в Москву прибыл за милостыней патриарх антиохийский Иоаким. Его щедро одарили и сообщили о царском желании учредить в Москве патриархию. В Константинополе ему следовало известить об этом самого главного патриарха и узнать его мнение. Летом 1587 г. в Москву прибыл грек Николай и сообщил, что Иоаким имел беседу по интересующему Фёдора вопросу с патриархом Константинопольским. Оставалось получить согласие иерусалимского и александрийского патриархов. Через год в Москву пришла весть, что в Смоленске «безвестно», без официального извещения, появился патриарх Константинопольский Иеремия. Его тут же пригласили в столицу.

Переговоры об учреждении патриаршества были поручены царскому шурину Б. Ф. Годунову и главе Посольского приказа А. Я. Щелкалову. Они встретились с Иаремией и с сочувствием выслушали его рассказ о притеснениях со стороны султана, о бедственном положении православной церкви под гнетом турок. Его речи они передали царю Федору, и тот предложил Иеремии остаться в России, но поселиться не в Москве, а во Владимире, поскольку в столице уже есть пастырь Иов. К тому же общаться с греком, не знающим русского языка, будет сложно и царю, и духовенству.

Иеремия не захотел жить вдали от царского двора, но согласился, что в Русском государстве, где православная церковь находится в столь цветущем состоянии, следует быть патриарху. Богато одаренный, он даже без согласия остальных патриархов решил поставить во главе Московской патриархии того, кто будет угоден царю Фёдору.

Формально были устроены выборы из трех кандидатов. Но, естественно, что выбор пал на царского любимца Иова. В торжественной обстановке в январе 1589 г. он первым был рукоположен в патриархи Московские и всея Руси. Новые духовные саны получили и другие русские иерархи; новгородский, ростовский, казанский и крутицкий архиепископы стали митрополитами, шесть епископов стали архиепископами.

В грамоте об учреждении патриаршества писалось, что ветхий Рим пал от Аполлинариевой ереси, второй Рим, т. е. Константинополь, захвачен безбожными турками, третьим Римом стало Российское царство, превзошедшее всех благочестием, а царь Фёдор – единственным христианским царем во всей Вселенной. Действительно, в глазах международной общественности и всего православного мира именно Москва становилась одной из главных религиозных столиц мира.

Патриарх Иеремия получил не только щедрые дары, но и письмо Фёдора к турецкому султану, в котором тот просил его, как своего брата, беречь патриарха и давать ему достойное содержание.

В 1591 г. в Москву прибыл тырновский митрополит, который привёз грамоту от четырех восточных патриархов с их согласием на учреждение Московской патриархии. В ней они писали, что, кроме Бога и святого царя Фёдора и его царицы, надежды и помощи ни от кого не имеют. Святым стали называть Фёдора Ивановича и некоторые русские авторы, писавшие о нем уже после его смерти. Можно даже предположить, что в начале XVII в. существовал проект канонизации царя Федора, поэтому сохранились его изображения с нимбом. В некоторых городах к местным соборам пристраивались приделы в честь святых Фёдора и Ирины для увековечивания памяти царя и царицы.

В воспоминаниях современников правление Федора Ивановича осталось как тихое и не мятежное, а государство – процветающее. Это было вызвано не только взвешенной и разумной внешней и внутренней политикой, но и личными качествами царя, его высоким моральным обликом, резко контрастировавшим с яростным и необузданным отцом.

Одним из наиболее тяжелых последствий Ливонской войны для России стала потеря Балтийского побережья и городов-крепостей в Карелии, которые были захвачены шведским королем. Уже в первые годы правления Фёдор поставил цель вернуть их. В октябре на границу со Швецией были отправлены послы для переговоров о возврате утраченных территорий за денежный выкуп в 15 тыс. руб. Но шведов это не устроило.

Новая попытка разрешить конфликт мирным путем была предпринята в 1589 г., но в ответ царь Фёдор получил лишь бранное письмо от короля Юхава III, в котором тот заявлял, что не будет ждать окончания перемирия и первым нападет на русские земли. Пришлось царю отвечать, что и его рати к войне готовы. Правда русские новые послы пытались сторговаться уже за 20 тыс. руб., но король заявил, что только в бою отдаст завоеванное.

В январе 1590 г. по зимнему пути русское войско во главе с самим царем выступило к Новгороду. Федор Иванович хорошо помнил, как дважды сопровождал в таком же походе отца и брата, и поэтому чувствовал себя уверенно. Большим полком командовал самый знатный князь Ф. И. Мстиславский, Передовым – наиболее удачливый полководец Д. И. Хворостинин, Дворовым – царские родственники Б. Ф. Годунов и Ф. Н. Романов (двоюродный брат царя по линии матери).

Первой удачей стало взятие Передовым полком Яма. Затем основное войско осадило Иван-город и Нарву (они находились на противоположных берегах реки Нарвы). Лобовые атаки удачи не принесли, поэтому царь Фёдор повелел обстреливать крепостные стены из дальнобойных орудий. Уже 25 февраля шведы согласились начать мирные переговоры, закончившиеся подписанием перемирия на один год. По его условиям России возвращались Ям, Иван-город и Копорье. Победителем возвращался Фёдор Иванович сначала в Новгород, где его ждала жена, потом в Москву.

На этом прибалтийские дела не закончились. Через год вновь русские дипломаты вступили в переговоры со шведами. Для подкрепления их слов в районе Новгорода расположилось царское войско. В 1592–1594 гг. военные действия были вновь возобновлены. Под началом видных воевод был совершен рейд вглубь шведской территории до самого Выборга. Это заставило шведских дипломатов быть сговорчивее. В мае 1595 г. в небольшом поселении Тявзино был подписан «вечный мир». К Русскому государству без всякого выкупа вновь отходило Прибалтийское побережье в районе Иван-города и Орешка и города Ям, Копорье, Корела. Нарву, правда, шведы так и не отдали, не желая терять контроль над русской торговлей через Балтийское море.