Новым царским дворецким стал боярин Г. В. Годунов, который с юных лет опекал Фёдора, считаясь его дядькой. Конюшим боярином был назначен Б. Ф. Годунов, брат царицы Ирины. Главой Стрелецкого приказа стал боярин И. В. Годунов, известный своими воеводскими подвигами еще при Иване IV. Дипломатическое ведомство, т. е. Посольский приказ, начал курировать боярин С. В. Годунов, до этого служивший окольничим. После того как Б. Ф. Годунову отдали в подчинение еще и Земский приказ, а в Думе видное место занял боярин Д. И. Годунов, в руках Годуновых оказались важнейшие рычаги по управлению страной. Царь Фёдор в лице родственников жены получил верных и надежных помощников во всех делах, каких не было у его отца. Это существенно укрепило его трон и стало залогом будущих успехов.
Новое правительство начало свою работу с ревизии всех дел в ведомствах и казны. Годуновы потребовали отовсюду описи царского имущества (оно хранилось в нескольких территориальных дворцах), золота, серебра, драгоценностей, произвели осмотр всех приказов, книг годового дохода, финансов. Во всех судах были сменены казначеи, судьи, дьяки. В особо значимых городах, крепостях и поселках были назначены новые воеводы, верные царской семье. Заметные изменения произошли и в составе дворов царя и царицы.
В апреле был собран Земский собор, на котором Фёдор, видимо, объявил общественности о своих решениях и поставил на обсуждение вопрос о венчании на царство. Дело в том, что этот обряд еще не имел устоявшейся практики. Первым был венчан Дмитрий-внук еще при жизни деда, но престол не получил. Вторым венчался Иван IV, но не когда вступил на престол, а когда стал совершеннолетним и решил закрепить за собой царский титул. Фёдор получал по завещанию отца и трон, и титул, поэтому формально надобности в венчании не было. Однако 31 мая, в день рождения царя, венчание состоялось. Значит, оно была признана официальной церемонией, которую следовало осуществлять при вступлении царя на престол.
В Чине венчания Федора Ивановича подробно описывалось, как осуществлялась эта церемония. Главные роли в ней играли Годуновы, которые несли царские регалии в Успенский собор и окружали царя во время священнодействий. Этим они публично зафиксировали свое высокое положение у трона.
Первый указ царя Фёдора касался амнистии всех лиц, осужденных отцом. Он сразу же подняла его авторитет в глазах подданных. На жителей соседних государств благоприятное впечатление произвело освобождение без всякого выкупа пленных литовцев, поляков и ливонцев, захваченных в ходе многолетней Ливонской войны. У бедняков стала популярной ежегодная раздача «поминков» (милостыни) по умершим родителям царя, по брату и деду. Кроме того, на погребение нищих из казны выделялись особые деньги.
Для улучшения экономического положения горожан и мелкопоместного дворянства были отменены податные привилегии монастырей и ограничен рост их земельных владений. Чтобы дворяне окончательно не разорялись из-за ухода крестьян-кормильцев, в некоторые годы отменялся «Юрьев день» и вводились урочные лета (5 лет), во время которых можно было разыскивать беглецов, не заплативших «пожилое». Но эти меры носили временный характер, поэтому делать вывод о том, что в конце XVI в. крестьяне были окончательно закрепощены, нельзя.
Есть сведения о том, что Фёдор лично интересовался вопросами землевладения и землепользования. После составления в 1586 г. описей дворцовых владений, он ознакомился с ними и внес коррективы относительно уплаты налогов. Во время посещения Новгорода в 1590 г. он лично принял все челобитные местных помещиков и распорядился не взимать налоги с помещичьей запашки, которую обрабатывали бобыли. К середине 80-х г. составление писцовых книг было закончено. В них вошло описание южных земель и сибирских приобретений, сделанных Ермаком. Правительством принимались меры по упорядочению служилых кабал. Все они регистрировались в Холопьем приказе, добровольные ограничивались 6 месяцами.
Уже в первый год правления Фёдора началось возведение Белого города («Царь-города») вокруг разросшихся посадов. Строительство было поручено приказу Каменных дел. Руководителем проекта был назначен Фёдор Конь. Протяженность стен (по современному бульварному кольцу) была 9 км с 27 крепостными башнями. В Кремле воздвигли новый храм Вознесения в одноименном монастыре, каменные здания для приказов, в Китай-городе – каменные лавки для торговли.
Новые города-крепости стали возводится по всей стране. В 1584–1585 гг. было завершено строительство Архангельска, ставшего центром европейской торговли. На Дону возник Воронеж, рядом – Ливны, Курск, восточнее – Кокшайск, Санчурск. За счет казны стали строить крепостные стены в Смоленске, Казани, Астрахани. Со временем был приведен в порядок и царский дворец, имевший жалкий вид при Иване Грозном, предпочитавшем жить в Александровой слободе. Посещавшие в конце XVI в. Кремль иностранцы, отмечали великолепие дворца, украшенного замысловатыми канделябрами, часами, коврами и шкафами с дорогой посудой. Для царицы Ирины была отстроена своя приемная палата, получившая название Малой Золотой. В ней она встречала иностранных послов, привозивших подарки лично ей, паломников, знатных женщин и устраивала семейные празднества. Все это свидетельствовало об ее особо почетном положении и самостоятельной роли в дворцовой жизни, которых не было у жен Ивана IV.
Современники отмечали, что в первые годы своего правления царь Фёдор принял много мер для вывода страны из кризисного положения: уменьшил или совсем отменил наиболее тяжелые пошлины и налоги, продажных чиновников замененил честными и добросовестными людьми. Чтобы судьи не вымогали взятки, им увеличили жалованье и земельные наделы. Большие перемены чувствовались повсюду. В результате государство и управление обновились настолько, будто это была совсем другая страна. Новое лицо было противоположно старому. Каждый человек жил мирно, уверенный в своем месте, в том, что ему принадлежит. Везде восторжествовала справедливость.
Положительно оценили деятельность Фёдора даже жители соседних стран. Они говорили, что укрощение внутренних раздоров было много важнее удачных военных походов, поскольку «внутреннюю рану труднее вылечить, чем наружную».
Новому царю пришлось заниматься не только внутренними проблемами, но и внешними. Воспользовавшись смертью царя Ивана, взбунтовались поволжские народы, крымские татары весной 1584 г. опустошили южные города. Поэтому пришлось срочно собирать войска и отправлять их сразу в двух направлениях: на восток и юг. Принятые меры дали положительные результаты. Поволжские народы вновь согласились «быть под рукой у русского царя», крымцы же были отогнаны и разбиты. Взятые в плен русские люди возвратились домой. Для предотвращения новых набегов ко двору турецкого султана, сюзерена крымского хана, по приказу царя было направлено посольство с предложением дружбы и расширения взаимовыгодных торговых контактов.
Наиболее сложными и запутанными были отношения с Речью Посполитой и Швецией, лишивших царя Ивана всех его приобретений в Ливонии. С обоими государствами Россия была в состоянии войны. Однако уже в 1586 г. воинственный С. Баторий умер, и именно Фёдора православная часть Литвы стала прочить в новые короли. Но поляки-католики заявили, что проголосуют за него только при условии, что он примет католичество, будет коронован в Кракове и переберется туда на местожительство, в титуле Федор должен писаться сначала польским королем и великим князем литовским и лишь потом русским царем. Все это было неприемлемо для православного государя. Поэтому новым польским королем был избран шведский королевич Сигизмунд.
Вскоре выяснилось, что и внутри Русского государства не все благополучно. «Старая гвардия» царя Ивана Грозного не желала без боя сдавать свои позиции и только выискивала удобный повод, чтобы скинуть ненавистных Годуновых. Особенно возмущались их засильем знатные князья Шуйские, рассчитывавшие на первые роли в Боярской думе и правительстве. Осенью 1586 г. герой Псковской обороны И. П. Шуйский с племянником Андреем Ивановичем подговорили митрополита Дионисия, крутицкого архиепископа Варлаама Пушкина и московских купцов выступить против «неплодной» царицы Ирины Годуновой и заставить царя Фёдора развестись с ней. Однако Фёдор расценил их действие как оскорбление всего царского рода. Всегда мягкий и милостивый, на этот раз он был тверд и даже жесток. Князья Шуйские были пострижены в отдаленные монастыри и там вскоре умерли. Дионисий и Варлаам лишились своих кафедр и также были сосланы, купцов же и представителей посада казнили.
