Новый порядок сбора налогов потребовал изменений в центральных и местных органах управления. Они были связаны с тем, что территория государства росла, и управленческие функции «изб» все более расширялись и осложнялись. Со временем они стали называться приказами. В них сосредоточивалась вся делопроизводственная деятельность соответствующих ведомств. Так, в Посольском приказе велась вся дипломатическая документация, в Разрядном приказе составлялись росписи полков и разбирались местнические дела, в Земском – контролировался сбор налогов с городов, в Поместном – решались вопросы дворянского землепользования и т. д. Приказы, кроме того, начинают осуществлять судебные функции и строить свою деятельность не по территориальному принципу, как было до этого, а по ведомственному. Правда, вновь приобретенные земли сначала управлялись отдельными дворцами (Казанским, потом – Сибирским).

В 50-е годы появляются новые приказы: Стрелецкий, ведавший вопросами, связанными со Стрелецким войском, Челобитный, возглавляемый А. Адашевым и осуществлявший функции контроля над другими государственными учреждениями и боровшийся со злоупотреблениями властью воевод и дьяков.

Новшества появились и в местном управлении. «Кормления» наместников постепенно отменяются, поскольку они были связаны с большими злоупотреблениями властью. Суд на местах переходит к выборным губным старостам. Они подчинялись непосредственно Разбойному приказу. Такие суды губных старост появились не только в центральных городах, но и в Поволжье.

Правда, некоторые татарские князьки долго не могли смириться со своим поражением и неоднократно подталкивали поволжские народы к восстаниям. Для усмирения их приходилось посылать войска в 1552–1557 гг., в 1571–1574 и даже в 1584 г.

Иван IV понимал, что реформировать следует не только армию, но законодательство, управление, взаимоотношения с церковью и многое другое.

Самым главным стало составление нового свода законов, взамен устаревшего и довольно сумбурного Судебника 1497 г. Всего в новый Судебник 1550 г. вошло 99 статей, из которых 3 были новыми, а остальные существенно изменены. Так, власть наместников и волостелей была существенно ограничена и ставилась под контроль местной и центральной администрации. Усиливалось значение местных выборных властей: старост, целовальников. Их присутствие на суде становилось обязательным. Высшей судебной инстанцией провозглашался сам государь. Важное значение в судопроизводстве имел и приговор Боярской думы, который как бы подкреплял решение царя.

Ряд статей касался прав вотчинников выкупать ранее проданные земли. Подтверждалось и прежнее право крестьян покидать в Юрьев день одного землевладельца и переходить к другому. Однако в ряде случаев крестьян разрешалось «холопить» и лишать права выхода. Но при этом в Судебнике была статья о правовом статусе холопов, защищавшая их от произвола господ.

Некоторые статьи были направлены против монастырей-вотчинников. Они лишались податных привилегий (тарханов) и не имели право брать на службу посадских людей, которые должны были платить налоги в казну.

Перед судебным разбирательством старосты были обязаны провести сыск – специальное расследование, чтобы наказывать только виновных.

Таким образом, приблизительно с середины 50-х гг. XVI в. кормления были полностью ликвидированы, а судебную функцию и сбор податей стали осуществлять местные выборные органы: «излюбленные головы» и целовальники. Подати поступали в особые территориальные приказы – Четверти (вся страна делилась на четыре части). Однако в крупных приграничных городах власть наместников была сохранена, поскольку они должны были организовывать оборону и возглавлять городовые дружины. В небольших приграничных городах военными вопросами ведали воеводы.

В итоге, реформа местного управления привела к тому, что в сборе налогов и судопроизводстве стало больше порядка и справедливости, оборона же городов оказалась в руках профессиональных военных, назначаемых из Москвы.

В 1556 г., для улучшения комплектования царского войска, было принято Уложение о службе. Согласно его положениям каждый владелец поместья или вотчины был обязан со 150 десятин выставлять одного человека на коне и с вооружением. Те, кто не выполнял это постановление, штрафовались. Во время военных походов служилым людям платилось жалование. Этим царь хотел привлечь дворян к исправному выполнению долга. Кроме того, чтобы убедиться в боеспособности войска, он устраивал смотры и заставлял воевод присылать военно-учетные списки служилых людей.

Ивану хотелось, чтобы во всех делах были законность и порядок. Поскольку знать постоянно устраивала местнические споры и под их предлогом отказывалась служить, с 1556 г. начинают составляться официальные разрядные книги, за год до этого был составлен Государев родословец, раскрывающий историю каждого знатного рода.

В целом, проведенные в 50-е гг. XVI в. реформы имели важное значение для дальнейшего развития и укрепления Русского государства, поскольку упорядочивали законодательство, улучшали центральное и местное управление, судопроизводство, четко регламентировали сбор налогов, укрепляли армию и т. д. Исчезнувшие во время боярского самоуправства законность и порядок с их помощью были восстановлены.

Однако во взаимоотношениях Ивана IV с ближайшим окружением уже появилась трещина, со временем все более расширяющаяся. Она возникла весной 1553 г., во время тяжелой болезни царя. Его состояние было настолько плохим, что возник вопрос о наследнике престола. Ближайшее советники царя, в число которых входили братья царицы Данила и Никита Захарьины-Юрьевы, порекомендовали ему составить завещание и назвать будущим царем своего малолетнего сына Дмитрия (тот только недавно родился). Но многие представители знати не захотели целовать крест «пеленочнику» и вознамерились посадить на престол Владимира Старицкого, двоюродного брата Ивана (сына Андрея Старицкого). В случае его успеха участь вдовы-царицы и малютки-царевича была бы трагической: для первой – отдаленный монастырь, для второго – могила. Это прекрасно осознавал тяжелобольной царь и был крайне возмущен изменой своих былых соратников, в первую очередь Сильвестра и А. Адашева.

К счастью для себя и своих близких, Иван выздоровел, но навсегда для себя внес в черный список имена тех, кто собирался ему изменить и готов был назвать новым государем Владимира Старицкого. К самому же двоюродному брату он стал относиться с большим подозрением, часто превратно толкуя все его поступки и слова. В нем он видел теперь только своего соперника и тайного врага.

Взятие Казани и Астрахани существенно укрепило позиции Русского государства на Востоке и Юге. Вассальную зависимость от него признали даже далекое Сибирское ханство и Кабарда. Сам крымский хан пребывал в шоковом состоянии. Это позволило царю Ивану в марте 1556 г. направить на Днепр отряд под командованием М. И. Ржевского. Тот беспрепятственно доплыл до Очакова, взял острог и затем благополучно вернулся домой. Успехи русских воевод произвели большое впечатление на киевского наместника князя Д. Вишневецкого, и он перешел на службу к царю Ивану. В начале 1558 г. ему было поручено возглавить 5-тысячный полк и дойти до Перекопа. Поход удался: не ожидавшие нападения, крымцы в страхе откочевали вглубь Крыма. Через год царские войска во главе с Вишневецким и Д. Адашевым вновь напали на степняков: первый – в районе Азова, второй – на Днепре. Адашеву даже удалось на судах выйти в Азовское, потом – в Черное море и напасть на татарские поселения на их берегах. С триумфом полководец вернулся домой. Эти походы показали слабость крымских укреплений и возможность успешной борьбы с ханом. Но царь Иван не стал развивать успехи в этом направлении и устремил свой взор на Запад – на Ливонию, которая когда-то была союзницей Москвы в борьбе с польскими королями, а теперь отказывалась платить дань – «юрьевские деньги», и притесняла православное население.