Первоначально после победы над новгородцами Иван III не ликвидировал их городское самоуправление; остались и вече, и должность посадника. Однако внутренние раздоры в городе привели к тому, что часть жителей, недовольная самоуправством посадника Ананьина, обратилась с жалобами на него к Ивану III. Тот решил отправиться в Новгород «с миром», но со многими людьми, чтобы во всем разобраться. В конце октября 1475 г. он выехал из Москвы и уже у Вышнего Волочка был встречен жалобщиками. Новгородские власти во главе с архиепископом Феофилом постарались оказать великому князю всяческие почести и преподнесли множество даров. Не отстали от них и жалобщики.

26 ноября на Городище состоялся княжеский суд. Иван счел обвинения в адрес посадника и его сторонников справедливыми и приказал их арестовать и отправить в оковах в Москву. Кроме того, с них была взыскана огромная по тем временам сумма штрафа – 1500 руб.

Новгородцам понравился справедливый суд Ивана III, и с того момента многие из них стали ездить в Москву и просить там защиты от своих обидчиков. Однако оставались в городе и сторонники отделения Новгорода от Москвы и присоединения к польскому государству. В мае 1477 г. они подняли мятеж против сторонников великого князя и убили их. Великому князю они написали, что не желают называть его государем и тиунов его (т. е. судьей) к себе пускать не намерены.

Новгородские события заставили Ивана III вновь взяться за оружие и во главе войска отправиться наводить порядок в своей отчине. В октябре с четырьмя полками он выступил в поход. На всем пути к нему с подарками приезжали челобитчики, просившие принять их на службу. Выслали послов и новгородские власти. Им Иван III заявил, что пришел навести в городе порядок и от своего намерения не откажется, поскольку в городе слишком много изменников.

27 ноября московские полки расположились на льду озера Ильмень. Новгородцы решили пойти на уступки великому князю и отправили к нему послов. В ходе многодневных переговоров выяснилось, что Иван III ни о чем договариваться не хочет и твердо решил присоединить город к своему государству, т. е. ликвидировать в нем самоуправление и назначить свою администрацию. Новгородским властям пришлось с этим смириться, поскольку отстаивать свои вольности с оружием в руках они не могли: возглавлявший их рать князь В. В. Шуйский отказался им служить и перешел на сторону великого князя.

14 декабря было объявлено, что в Новгороде не будет ни веча, ни посадника, а вечевой колокол будет снят и отправлен в Москву. Но великий князь не будет лишать новгородцев их имений и земельных владений, самих же их не будет назначать на службу в столицу. Для содержания его администрации следует выделить половину волостей архиепископских и монастырских и все новоторжские (г. Торжка). Кроме того, все население обязано платить ежегодную дань по полгривны с сохи (соху составляли три пахаря с лошадьми).

15 января князь И. Ю. Патрикеев с четырьмя московскими боярами получил от новгородцев грамоту с 58 печатями о том, что они клянутся верно служить Ивану III. После этого князь стал приводить новгородцев к крестному целованию. Новыми наместниками были назначены князья И. В. Стрига-Оболенский и его брат Ярослав.

Стремясь искоренить крамолу, великий князь, кроме того, приказал схватить главных сторонников польского короля – М. Панфилова и М. Борецкую с несколькими горожанами. Их отправили в московскую тюрьму. Однако вскоре оказалось, что эта мера была явно недостаточной. Менее чем через два года наместники стали доносить, что владыка Феофил и некоторые знатные новгородцы ссылаются с польским королем Казимиром и хотят восстановить прежние вольности.

Ситуация осложнялась тем, что польский король вошел в союзнические отношения с золотоордынским ханом и планировал совместный поход на Москву. Кроме того, активные действия великого князя по централизации власти и земель в своих руках вызвали неудовольствие у его братьев Андрея Большого и Бориса Волоцкого, и те задумали измену. Им не понравилось, что старший брат не поделился с ними ни землями рано умершего Юрия Дмитровского, ни конфискованным добром арестованных новгородских бояр. Со своим войском они отправились в Псков и вознамерились «отъехать» в Литву. В итоге число союзников у Ивана III уменьшилось, а число врагов возросло. Но это не остановило его от того, чтобы навести в Новгороде порядок. В октябре 1479 г. он с небольшим отрядом отправился в свою отчину, якобы с миром. На самом деле его сын Иван Моло́дый уже собирал большое войско для усмирения непокорных. Когда все полки прибыли, великий князь вновь приступил к городу и потребовал, чтобы перед ним были открыты ворота. Но горожане ответили отказом. Только после того, как московские пушки начали стрелять по городским укреплениям, владыка, новый посадник, тысяцкий и знатные новгородцы вышли к Ивану. Тот сделал вид, что прощает ослушников, но войдя в город, начал расправу.

Архиепископ Феофил был сведен с кафедры и отправлен на покаяние в Чудов монастырь в Московском Кремле. Все его богатства были отписаны в казну. Архиепископом стал старец Троице-Сергиева монастыря Сергий, правде, уже в 1484 г. новгородцы заставили его покинуть город. К этому времени владыка тяжело заболел.

В ходе расследований были выяснены имена 100 главных заговорщиков, и они были казнены по приказу великого князя. 100 других знатных семейств были разосланы по городам бывшего Московского княжества. Эта политика переселения продолжилась и позднее.

В 1478 г. 50 наиболее богатых новгородских купцов были отправлены во Владимир. В 1478 г. более 7000 новгородцев перевели в Нижний Новгород, Муром, Переяславль, Ростов, Кострому. На их место приехали жители Москвы и других центральных городов.

Одновременно предпринимались меры по присоединению к Москве всех принадлежащих Новгороду земель на Севере. Наибольшее сопротивление оказала Вятка. Ее воевода даже пытался нападать на великокняжеские города и села в Великоустюжской волости. Кончилось дело тем, что в 1489 г. великий князь отправил против вятчан войско во главе с князем Д. Шеней и Г. Морозовым. Те осадили город и вынудили его сдаться. Главные противники Москвы были повешены, а остальные представители знати с женами и имуществом были отправлены в Боровск, Алексин и другие города.

Политика переселения оказалась более эффективной, чем аресты и казни. Лишенные родных корней, свободолюбивые горожане уже не имели возможности бороться с Иваном III. В чужой местности они находились под бдительным оком великокняжеской администрации и были разобщены.

Процесс укрепления и усиления Московского княжества шел параллельно с процессом развала и дряхления Золотой Орды. После отделения от нее Казанского и Крымского ханств она даже называться стала иначе – Большая Орда. Умелая политика московских князей привела к тому, что крымские ханы, враждовавшие с золотоордынцами, стали их союзниками. Более того, некоторые опальные царевичи из Казани или Орды находили приют в Москве и служили великому князю.

Естественно, что в этих условиях Иван III вовсе не был склонен считать себя золотоордынским улусником и не хотел платить дань. Хан Ахмат был вынужден терпеть это, пока его собственное положение было непрочным и сил для похода на Русь было мало.

Если в начале правления Ивана III отношения с Большой Ордой были вялотекущими, то с Казанским ханством постоянно возникали военные конфликты. В 1467 г. служащий в Москве татарский царевич Касим попытался с помощью полков великого князя захватить власть в Казани. Но хан Ибрагим не позволил ему даже переправиться через Волгу и направил вслед отступившим московским полкам свое войско. В итоге были разорены окрестности Галича. В отместку Иван III приказал выжечь земли около Казани. Столкновения продолжались весь 1468 г. Весной 1469 г. великим князем был предпринят более грандиозный поход на Казань. С помощью судовой рати предполагалось напасть с двух сторон: от Нижнего по Волге и от Вятки по Каме. Уже 21 мая русские ратники оказались у Казани. Используя элемент внезапности, они взяли посады, посекли сонных татар и освободили всех пленников. Вскоре казанцы запросили мира, и он был подписан. Однако, когда один из отрядов из Вятки попытался проплыть мимо Казани к Нижнему Новгороду, то ему пришлось вновь силой оружия прокладывать себе путь среди казанских судов.