Во время той войны на императорском и архиерейском престолах произошли перемены. В 1706 г. новый император Иосиф I подтвердил действие дарованных сербам «привилегий». В том же году умер патриарх Арсений III, перед смертью вынужденный решать деликатную проблему отношений с Печской патриархией. Во главе ее при поддержке Константинопольской патриархии турками был поставлен Калинник I. Фанариоты вместе с восточными патриархами настаивали на равенстве всех архиереев империи Габсбургов и их подчинении Печскому владыке.

Среди епископов образовалось два течения: одно выступало за полную автономию, другое — за признание юрисдикции Печского патриарха. Избранный первым сторонник автономии Стефан Метохиец не был подтвержден, в отличие от Исайи Джаковича, пользовавшегося поддержкой венского двора и избранного после данного обещания верности Печскому патриарху. После его скорой кончины в 1708 г. на престол был избран Софроний Подгоричанин (1710–1711), которому не дали присягнуть, но Печ, тем не менее, послал ему свое благословение, а архиереев призвал к повиновению новому владыке. Таким образом, находившиеся под христианской властью епископы и митрополиты лишь опосредованно были связаны с Печским престолом — через своего «первого митрополита», чья кафедра располагалась в Крушедоле. Когда монастырь — эта задужбина Бранковичей — подвергся разрушениям во время войны 1716–1718 гг., резиденцией митрополита стали Сремски-Карловци, расположенные близ Петроварадина. Поэтому сербская православная церковная организация под властью Габсбургов и вошла в историю как Карловацкая митрополия. Данной церковной структуре предстояло на протяжении более чем двухсот лет играть важную роль в развитии сербского народа. Уже в 1713 г. был избран следующий митрополит — Викентий Попович, во время правления которого под христианскую власть перешли новые территории и новые епархии. Выборы митрополита были поводом для созыва соборов. Имперские власти, имевшие целью ограничение влияния церковной иерархии, настаивали на участии в этих соборах также мирян, вследствие чего они приобретали сословно-светский характер. Ядро участников составляло духовенство, к которому затем присоединились представители военных кругов, а еще позднее — и прочие «сословия». Со временем определилась и их компетенция — помимо избрания архиепископов на нем обсуждались вопросы строительства церквей и открытия школ; решались церковно-имущественные и административные проблемы; рассматривались жалобы на неподобающие действия властей или католических прелатов, а также поступавшие угрозы. Для созыва собора требовалось разрешение монарха, представитель которого всегда присутствовал на его заседаниях.

К новым и значительным изменениям привела начавшаяся в 1714 г. война Турции с Венецией, в которую Австрия вступила в 1716 г. Военные успехи чередовались с поражениями — турецкие набеги разоряли монастыри в Среме. Переломным событием стали осада и взятие Белграда в 1717 г. По Пожаревацкому мирному договору, подписанному в 1718 г., под власть императора перешли Банат, оставшаяся часть Срема, узкая полоса территории Боснии к югу от Савы и северные области Сербии — до Западной Моравы на западе и до впадения Тимока в Дунай на востоке. В результате помимо ядра бывших владений сербских деспотов от турецкой власти было освобождено немалое число сербов, проживавших в малонаселенном болотистом Банате и в части Боснии.

Что касается новоприобретенных территорий, то Габсбурги решили игнорировать требования венгров и отказались принимать во внимание когда-то существовавшую организацию местной власти. В Сербии не было органов управления, которые могли бы олицетворять непрерывность власти, как это было в случае с Сабором в Венгрии. Вена вернула Сербии ее имя — Konigtum Serbien и установила режим, подобный турецкому, закрепив все высшие должности за своими людьми, а низшие отдав представителям местного населения. В Белграде располагался центр Белградской администрации, в сферу ответственности которой входило четырнадцать дистриктов (районов). На востоке семь дистриктов подчинялось Темишварской администрации. Во главе всей системы управления находился губернатор с резиденцией в Белграде. Администрация имела смешанный характер — это была военно-гражданская администрация, осуществлявшая охрану границы. Охрана осуществлялась посредством шанцев и возведения чардаков — траншей и наблюдательных башен. Низшими административными и судебными чинами являлись обер-кнезы, стоявшие во главе кнежин из 20–30 сел, а отдельные поселения возглавляли кнезы, которых новая власть называла судьями.

При организации военной власти учитывался опыт Военной границы. Новые земли делились на капетании во главе с местными старейшинами. Поселения, располагавшиеся вблизи границы, считались гайдуцкими и были обязаны исполнять воинскую повинность. Остальные села назывались тыловыми. Новая власть пришла на разоренные и малонаселенные земли. Почти треть сел опустела — на 644 села, имевших население, приходилось 388 опустевших. Заселение последних происходило за счет беженцев с территорий, оставшихся под турецкой властью. В городах же селились немецкие колонисты. «Немецкий город» появился и на Дунайской стороне в Белграде. Стремясь реанимировать хозяйственную деятельность, новые власти инициировали развитие горного дела в окрестностях Белграда, а затем и в Майданпеке, что, однако, большого успеха не принесло. Турецкое же завоевание 1739 г. свело это начинание на нет.

Австрийские власти продемонстрировали неспособность к управлению. Продажные, лишенные авторитета чиновники обременяли местных жителей различными податями. Иностранцы, из которых в основном состояла администрация, не понимали и не уважали население, которым они должны были править. Облик Белграда, где в основном проживали иностранцы, в скором времени изменился.

Установление власти императора над частью Сербии привело к увеличению числа его сербских подданных и сделало актуальной проблему определения их статуса и организации. Дарованные в 1720 г. «привилегии» распространялись на всех сербов из присоединенных территорий. В то же время, установление связей между отдельными сербскими областями вызывало опасение властей. Их недоверие к сербам наиболее отчетливо проявлялось в отношениях с церковью. После смерти Карловацкого митрополита Викен-тия Поповича (1725) сербы потребовали созыва собора для избрания нового владыки, но уже как главенствующего над всеми епархиями. Осуществить это не позволили австрийцы, полагавшие, что следует иметь два собора и избирать двух митрополитов. В конце концов был найден компромисс, согласно которому Карловацкий митрополит становился администратором Белградской епархии. Такое положение действовало вплоть до 1739 г., когда Белградская митрополия снова оказалась в руках турок.

В период мира с турками австрийцы, действуя с занятых ими сербских территорий, вели тайные переговоры с Печским патриархом Арсением IV, а также черногорскими и албанскими племенными вождями. На этот раз наступление на области, контролируемые племенами, готовыми восстать против турок, планировалось осуществить из района Нови-Пазара и долины реки Лим. Летом 1737 г. Австрия официально вступила в войну с Турцией, с которой уже с 1735 г. воевала Россия. Преисполненные оптимизма австрийцы нанесли удары сразу по трем направлениям: в Боснии, Сербии и Болгарии. В Сербии наступавшим сопутствовал успех. В результате было занято несколько городов, среди которых оказались Ниш и Нови-Пазар. Патриарху удалось частично поднять на борьбу племена Кучей, Васоевичей, Братоножичей и Пиперов, а также католические албанские племена: Климентов, Хотов, Кастратов и Трудов. Войска империи, усиленные повстанцами, заняли Ниш и пробились к Косово (монастырь Баньска). Однако неудачи в Боснии и Западной Сербии, поставившие австрийцев на грань поражения, стали причиной нового исхода населения. Тяжелое поражение в битве под Гроцкой (1739) вынудило Австрию подписать невыгодный Белградский мир, согласно которому территории южнее Савы и Дуная возвращались Османской империи. Последующие войны не смогли изменить этой границы, которая еще на 150 лет разделила сербские земли и стала препятствием в деле интеграции сербского народа.