Собравшийся в декабре 1865 года конгресс потребовал от президента объяснений, почему не был предан суду Девис.
Членам конгресса не было известно, что против этого решения выступали не только президент Джонсон, но также Стентон и другие министры, считавшиеся радикальными республиканцами. Конгрессмены сочли, что отказ президента сообщить имеющиеся доказательства вины Девиса является частью его уже выявившейся политики потворствования побежденным плантаторам. «Дело Девиса» втягивалось в борьбу между конгрессом и президентом, тем более желанным союзником недовольных конгрессменов стал глава Бюро военной юстиции и руководитель трибунала, судившего заговорщиков, Джозеф Холт, по-прежнему убежденный в виновности Девиса. Это убеждение базировалось на новых доказательствах, представленных Коновером. После дискредитации других свидетелей его показания становились единственной основой обвинения против экс-президента южной Конфедерации.
Но Коновера уличили не только в даче ложных показаний, но и в попытке подбить к такому же поведению ряд лиц. Судя по всему, Коновер в отеле «Националь» создал своего рода «школу лжесвидетельства», инструктируя новичков, щедро раздавая им деньги, полученные ради этой цели от прокурора Джозефа Холта. Обвинение против бывшего президента рабовладельческой Конфедерации было сильно скомпрометировано разоблачением лживости показаний свидетелей, выставленных прокуратурой. Между тем Коновер писал Джозефу Холту, что знает людей, через которых правительство южан передавало деньги для заговорщиков, собиравшихся убить Линкольна, Джонсона и ряд министров. Холт и Стентон после некоторых колебаний решили дать возможность Коноверу представить его новые доказательства. Путешествуя по южным штатам, Коновер представил восемь свидетелей, которые, явившись в Бюро военной юстиции, возглавляемое Холтом, дали под присягой показания, подтверждающие связь властей Конфедерации с заговорщиками. Холт поверил этим показаниям, но Стентон и тем более президент Джонсон не были склонны принимать их за чистую монету. В апреле Холт представил эти показания юридическому комитету палаты представителей. Однако, когда комитет палаты послал за самими восьмерыми свидетелями, удалось найти только двоих. Один из них, Кэмпбел, признал, что его действительное имя Джозеф Хор. Он и второй свидетель, Снивел, разъяснили, что их показания были сфабрикованы Коновером. При очной ставке Коновер заявил, что Кэмпбел теперь лжет, поскольку, вероятно, подкуплен друзьями Девиса, и обещал разыскать остальных шестерых свидетелей. Посланный на их розыск Коновер исчез. Холту пришлось изъять показания восьмерых лжесвидетелей из материалов, которые он ранее представил юридическому комитету палаты представителей.
Через несколько месяцев, уже осенью 1866 года, Коновер был арестован, предан суду и осужден на 10 лет заключения по обвинению в лжесвидетельстве и подстрекательстве путем подкупа к даче ложных показаний. Его настоящие имя и фамилия были Чарлз Данхэм. Он признал, что заранее отрепетировал со лжесвидетелями их показания и объяснил свое поведение личной ненавистью к Девису, по приказу которого его в 1863 году бросили в тюрьму на Юге. Вместе с тем Коновер-Данхэм продолжал утверждать, что его показания на судебном процессе сообщников Бута в точности соответствуют действительности. Это давало возможность Холту и его единомышленникам настаивать на виновности Девиса. Президент и правительство решили иначе — в мае 1867 года Девиса освободили под залог впредь до вызова в суд, который так и не состоялся.
И — все же нет оснований сомневаться в ответственности Девиса — не в том смысле, что он лично давал указания об убийстве Линкольна, а в том, что Бут и другие заговорщики были агентами южной разведки и действовали по ее распоряжениям. Не удовлетворяясь этим, прокуратура пыталась найти доказательства того, что Девис сам персонально руководил заговорщиками. Даже если дело обстояло именно так, обнаружение подобных доказательств могло быть только делом счастливого случая. Такой случай не представился, и пришлось воспользоваться услугами лжесвидетелей. В своей заключительной речи прокурор Джон Бингем заявил: «Джефферсон Девис, как это безусловно доказано, столь же виновен в этом заговоре, как Джон Уилкс Бут». Однако официальная версия событий рухнула после того, как было подорвано доверие к тем свидетелям обвинения, на основе показаний которых считалась доказанной эта связь. Но вместе с тем рухнула и концепция, согласно которой действия Бута и его подручных были составной частью заговора, организованного президентом и министром южной Конфедерации.
Историк политических процессов постоянно сталкивается с положением, когда все приводившиеся доказательства виновности или невиновности оказываются несостоятельными (все равно, было ли это установлено уже современниками или последующими научными исследованиями). Однако ложность представленных свидетельств еще не означает, что вообще не было того, что они были призваны доказать. Просто власти не имели нужных доказательств (или имели, но по разным причинам не хотели их обнародовать) и вместо них фабриковали ложные свидетельства, а историки пока не смогли установить истину. Поэтому было бы опрометчивым утверждать, что Бут не имел связей с южной разведкой или даже правительственными кругами Конфедерации. Южный заговор, агентом которого был Бут, мог существовать, но тогда его концы спрятаны в воду. Подозрения на этот счет, вытекающие из самой логики вещей, остаются, но доказательств нет, и, разумеется, их нельзя заменять новыми фантазиями на сей счет.
Начиная с 70-х годов XIX в., утвердилась теория «малого заговора», сводящаяся к тому, что его участниками были лишь Бут и несколько его сообщников, имена которых были известны из материалов военного трибунала. В рамках этой теории могли идти споры, сумел ли Бут спастись при аресте и не был ли взамен него убит кто-то другой или насколько участвовала в заговоре Мэри Саррет (выдвигались утверждения, что ее казнь была «юридическим убийством»).
Пожалуй, единственным исключением были работы бывшего католика, перешедшего в протестантизм, Ч. Чиникая, особенно его книга, вышедшая в 1886 году, «Пятьдесят лет римской церкви», в которой на нее возлагалась вина за убийство Линкольна. Эту версию повторили Т. М. Гаррис в книге «Убийство Линкольна» (Бостон, 1882) и позднее Б. Маккарти в книге «Утаенная правда об убийстве Авраама Линкольна» (1924, переиздана в 1964 году). Эта версия совсем бездоказательна и попросту нелепа.
Долгое время в американской историографии воспроизводилась официальная версия убийства Линкольна. Однако в ее рамках существенно переставлялись акценты в связи с нараставшей с конца прошлого века тенденцией к апологии рабовладельческого Юга и ко все большему очернению его наиболее решительных противников — радикальных республиканцев. В этой связи возникло и стремление к преувеличению разногласий, действительно существовавших между Линкольном, место которого в национальном пантеоне славы осмеливались оспаривать лишь немногие авторы и которого стали представлять настроенным благожелательно и примиренчески в отношении сторонников Конфедерации, и руководителями радикального крыла республиканской партии, следовательно, между президентом и рядом членов его правительства, включая прежде всего военного министра Эдвина Стентона.
Открытие возникло неожиданно. Счастливая мысль пришла в голову сделавшего это открытие, когда он вел машину вдоль одного из бульваров Чикаго. Эта мысль настолько поразила его, что, как он рассказывает, «я невольно поставил ногу на педаль тормоза. Автомобиль сразу остановился, и шедшая вслед машина налетела на меня. Из нее вышел верзила шести футов ростом и с самой подлой физиономией в шести штатах. Он всунулся ко мне через открытое окно. „Послушай-ка, парень, — заорал он, — о чем ты думаешь?“ — „Я могу сообщить тебе, приятель, — ответил я. — Я думал о том, что впервые заподозрил, почему генерал Грант не сопровождал Линкольна в театр вечером 14 апреля 1865 года“.