Португальским послом при Ватикане стал двоюродный брат Помбаля Франциско де Альмада де Мендоса, начавший сколачивать антииезуитский блок среди верхов католического духовенства. Португальский посол создал энергично действовавшую секретную службу, собиравшую материалы против иезуитов. По слухам, в подвале посольства была даже организована подпольная типография, печатавшая памфлеты, обличавшие орден. Посол добился от папы Бенедикта XIV распоряжения, ограничивавшего деятельность иезуитов в Португалии. Им было запрещено исповедовать и проповедовать. Но иезуиты не собирались складывать оружие. Когда сторонники Помбаля указывали как на явное знамение Божье, что дом первого министра не был разрушен во время катастрофы, иезуиты категорически отказались в данном случае узреть чудеса Господни. Они ехидно добавляли, что, несмотря на землетрясение, сохранилась невредимой также улица Руажужа, целиком отданная под публичные дома.

Иезуиты сумели быстро сколотить тайный союз с аристократами, недовольными политикой Помбаля. Центром оппозиции стали семейства герцога Авейру и маркиза Тавора, связанные тесными родственными узами. Было известно, что семейство Тавора очень неодобрительно относилось к тому, что одна из представительниц этого знатного рода стала королевской фавориткой. В ночь на 3 сентября 1758 года король возвращался в карете в свой дворец, по всей вероятности, от молодой маркизы Тавора. Его сопровождал доверенный секретарь Педро Тейшера. В то время, когда карета проезжала по темной и узкой дороге, кучер заметил трех всадников в масках. Вскоре послышался звук, напоминавший тот, который производит давший осечку пистолет, а когда карета проехала еще несколько метров, она попала во вторую засаду. Раздались два выстрела из ружья. Король Иосиф был ранен в правое плечо и руку. Выстрелы задели также кучера. Король спас себе жизнь тем, что приказал быстро ехать в совершенно другом направлении — к жилищу придворного лекаря. Таким образом королевский экипаж избежал третьей засады. В доме врача королю перевязали раны, и он, вернувшись во дворец, спешно потребовал к себе Помбаля.

На следующий день в столице поползли слухи о покушении на короля, но вскоре последовало официальное заявление, что он повредил себе случайно руку и должен поэтому несколько дней не выходить из комнаты. О покушении было официально сообщено лишь 9 декабря, более чем через три месяца. Помбаль, вероятно, хотел, сохраняя в тайне ранение короля, заставить участников покушения подумать, что оно осталось незамеченным, и вследствие этого выдать себя каким-нибудь неосторожным поступком. А многочисленным шпионам, составлявшим секретную службу Помбаля, тем временем был отдан приказ раскрыть обстоятельства и участников покушения.

Подозрение сразу пало на герцога Авейру и маркиза Тавора. О том, что они объединились для борьбы с Помбалем, говорили их секретные совещания, тем более что раньше они находились в очень недружественных отношениях. Только через два месяца ключ к заговору наконец оказался в руках Помбаля. Некий Мигуэль Сервейра, мастер-перчаточник, пришел в дом министра и сообщил, что 3 августа человек по имени Антонио Алварес Феррейра одолжил у него ружье, а 8 сентября — через пять дней после покушения — вернул одолженную вещь, заметив при этом: «Спасибо за это ружье. Я с ним проделал самое лучшее дело за всю мою жизнь». Перчаточник спросил у Феррейры, где он служит. Тот ответил, что у герцога Авейру. Через несколько дней секретный агент донес, что один учитель-француз заявил в таверне, что если король и вправду ранен, как о том ходят слухи, то он подозревает в этом своего приятеля Антонио Феррейру, который попросил у него за несколько дней до 3 сентября пистолет якобы с целью поупражняться в стрельбе.

Помбаль, позаботившись о том, чтобы перчаточник и француз находились под надежной охраной во дворце, приступил к осуществлению хитроумного плана. Министр исходил из того, что Авейру и Тавора, имевших многочисленных родных и друзей в португальской колонии Бразилии, непременно постараются уведомить о случившемся. Последовало запрещение кораблям покидать португальские гавани без дозволения правительства. Такое разрешение получил лишь один бриг. Как только это стало известно, на корабль было принесено множество писем для доставки в Бразилию. Перед отплытием капитан получил запечатанный конверт с предписанием вскрыть его на Азорских островах. Капитан точно выполнил инструкцию. В конверте находился приказ передать все письма, находившиеся на бриге, губернатору Азорских островов. Тот внимательно прочитал письма, задержав те, которые показались ему важными. Судно отправилось в Бразилию, а военный корабль доставил конфискованную часть корреспонденции в Лисабон. Через три недели Помбаль имел в своих руках все, что ему было нужно, в том числе ряд писем, написанных герцогом Авейру, маркизом Тавора и иезуитами. В письмах излагалась новость о покушении на короля и содержались ярые нападки на правительство Помбаля.

Неожиданно появились и дополнительные доказательства.

Слуга священника Сальвадор Дурао был влюблен в служанку в доме Авейру. 3 сентября Дурао пошел на очередное свидание к своей даме сердца. Когда заговорщики вернулись домой после покушения, он спрятался среди каких-то хозяйственных вещей во дворе. Дурао слышал, как они обсуждали вопрос о том, попали ли пули в короля.

В декабре были произведены аресты многих членов семейств Авейру и Тавора. Одновременно был недвусмысленно сделан намек на участие в деле иезуитов, которые сначала «предрекали всякие несчастия королю, а потом взялись за исполнение этих предсказаний». Процесс окончился казнью всех активных участников покушения. В январе 1759 года было конфисковано имущество иезуитов, а в сентябре того же года издан королевский указ об изгнании их из страны. Их объявили вне закона, посадили на корабли и доставили во владения римского папы. Хотя иезуиты после падения Помбаля снова подняли голову, им уже не удалось добиться прежнего могущества.

Во второй половине XVIII в. орден был запрещен во Франции и в ряде других стран, после чего по предписанию папы он был распущен. Однако в 1814 году, в период временного торжества феодально-абсолютистской реакции, орден иезуитов был восстановлен и существует до наших дней.

Своеобразной формой секретного ордена являлась знаменитая Феме. Самое слово «феме» объясняли по-разному. Одни производили его от латинского «fama» — весть, молва (т. е. закон, основанный на молве); другие — от германского слова «Fahne» — флаг, или от старонемецкого «Fern» — осуждение, третьи — даже от близкого по звучанию арабского слова, означающего «мудрость».

Возникла Феме около 1260 года в период междуцарствия, последовавшего после смерти императора Фридриха II и сопровождавшегося непрерывными войнами, полным господством кулачного права. Феме была создана для защиты жизни жителей городов и селений, которым постоянно угрожали банды солдат и грабителей. Вестфалия была районом, где имелся значительный слой свободного крестьянства, которые, как и мелкие рыцари в этом районе, считали своим непосредственным главой самого императора. Это, несомненно, было причиной, почему Феме первоначально зародилась именно в Вестфалии и получила там широкое распространение, хотя позднее она существовала не только по всей Германии, но также в Швейцарии, Чехии и Прибалтике. Расцвет Феме приходится на XIV в. В 1371 году император Карл IV даже легализовал ее деятельность. В это время она, по некоторым оценкам, насчитывала до 100 тысяч членов. Феме называла себя «святой», поскольку считала своей задачей поддержание десяти заповедей и христианской религии вообще. Документ, относящийся к 1490 году и составленный в Арнесбурге, так определял круг полномочий Феме. Тайный трибунал судилища должен был разбирать дела еретиков и отступников от христианства, колдунов и волшебников, вступающих в связь с дьяволом, клятвопреступников, а также предателей, выдающих тайны Феме. Публичный трибунал был призван разбирать уголовные преступления — бродяжничество, воровство (обычно кроме мелкого), насилие, разбой, убийство, измену, а также святотатство и сознательное осквернение церквей и кладбищ. Феме сама, как правило, ограничивала свою юрисдикцию только христианами, не считала возможным судить женщин и детей. Вне сферы своей компетенции Феме обычно считала представителей дворянской знати, которые имели традиционно признававшуюся привилегию быть судимыми только равными им по рангу, а также духовенство, которое было подведомственно церковным трибуналам. Формально император и архиепископ Кельна посвящались в члены трибунала. Хотя «святая» Феме объявляла себя слугой императора, он, как это нередко случалось, отнюдь не одобрял ее деятельности. В 1470 году Феме даже потребовала явки на свое заседание Фридриха III, угрожая в противном случае считать его «неподчиняющимся императором». Император, правда, на вызов не явился, но и не посмел принять меры против тайного судилища.