Московский кружок еретиков отличался по своему составу от новгородского. Но едва ли можно согласиться с Я. С. Лурье, что первый в отличие от второго был светским. В составленном Саниным перечне еретиков Новгорода по крайней мере треть — светские лица, среди них боярин Г. Тучин, Гридя Клочь, Лаврет, Мишук Собака, Юрка Долгова, Евдоким Люлиш, Самсонка, Васюк Сухой. В свою очередь, весьма видную роль в московском кружке еретиков играли протопоп Алексей и поп Денис, перебравшиеся из Новгорода в столицу. По словам Санина, к числу еретиков принадлежал новый глава церкви Зосима. Судьба новгородских и московских еретиков после процесса 1490 года была неодинакова, но это зависело не от различия в их идеологических позициях.

Московские власти не доверяли крамольному Новгороду, что и помогло архиепископу Геннадию обрушить гонения на местных вольнодумцев. В Москве ему удалось разделаться с Денисом — выходцем из Новгорода. Спасаясь от преследований, еретик Ивашка Черный — переписчик книг — бежал за рубеж вместе с московским купцом Зубовым. Таким образом, среди москвичей пострадала лишь мелкая сошка. Служба великому князю надежно укрыла от преследований церкви прочих москвичей — близкого к Ивану III дьяка Федора Курицына, сына боярского Митю Коноплева и других. Ересь свила себе гнездо при дворе наследника Ивана Ивановича. Жена наследника, по утверждению ортодоксов, сама исповедовала еретические взгляду. Иван Иванович в 1488–1490 годах еще был жив, так что всякие попытки привлечения к суду московских еретиков грозили бросить тень на великокняжескую семью. Своими действиями Иван III не раз давал повод ортодоксам обвинить его в попустительстве еретикам. Аналогичные обвинения были предъявлены митрополиту Зосиме.

Среди святителей XV века Зосима был одной из колоритнейших фигур. Он выступил как провозвестник нарождавшегося самодержавия. В «Изложении пасхалии», написанном после собора 1490 года, Зосима сравнивал самодержца Ивана III с другим столпом православия — византийским императором Константином и обосновывал мысль о том, что Москва превратилась в новый Константинополь. (Позднее эта идея легла в основу знаменитой теории «Москва — третий Рим».) Прославил бог царя Константина, писал Зосима, а теперь «сродника его, иже в православии просиавшего, благоверного и христолюбивого великого князя Ивана Васильевича, государя и самодержца всея Руси, нового царя Констянтина новому граду Констянтину (Константинополю. — Р.С.) — Москве…»

В Новгороде в ереси были обвинены лица, деятельно выступавшие на стороне Москвы. В Москве вольнодумцы и еретики выступали как апологеты грядущего самодержавия. Готовя суд над еретиками, Геннадий представил собору пыточные речи, компрометировавшие дьяка Курицына и других москвичей. Зосима не допустил суда над дьяком и другими московскими еретиками, за что вскоре сам подвергся подлинной травле.

Нифонт, епископ Суздальский, занял самую непримиримую позицию по отношению к еретикам. Именно поэтому собор 1490 года постановил послать в заточение к нему главного еретика Захария. После собора Иосиф Санин обратился к своему единомышленнику Нифонту с крайне резким обличительным посланием против Зосимы. Монастырь Санина находился в Волоколамске, на территории удельного княжества, и был подведомствен новгородскому владыке Геннадию. Поэтому Иосиф не опасался кары со стороны Ивана III и московского митрополита. Послание Иосифа показывает, что разногласия в церковном руководстве достигли после собора неслыханной остроты.

Иосиф без обиняков объявил Нифонту, что ныне на московском святом престоле сидит «злобесный волк», «первый отступник в светителях в нашей земли», «иже сына божия попра и пречистую богородицю похули… и икону господа нашего Иисуса Христа и пречистыа его матере… болваны нарицая… и всех святых писаниа отмеще: „Нет, деи, втораго пришествиа Христова, нет деи, царства небеснаго святым! Умер, деи, ин, что умер, — по та места и был“». Слова о «втором пришествии» позволяют точно датировать речь Зосимы. Православные богословы утверждали, что мир, сотворенный богом в семь дней, погибнет через семь тысяч лет, после чего настанет второе пришествие Христово.

Зосима занял митрополию 26 сентября 1490 года, когда до светопреставления оставалось менее года. По мере приближения 7000 года (этот год должен был начаться 1 сентября 1491 года) ожидания надвигающейся катастрофы усилились. Среди общей экзальтации, поддерживаемой проповедями монахов и пророчествами кликуш, здравый смысл сохраняли одни вольнодумцы. В присутствии Алексея архиепископ Геннадий рассуждал, что будет с миром («прейдут три лета, кончается седмая тысяща»). Вольнодумец заметил на это: «И мы, деи, тогды будем надобны». Еретики отвергали миф о «втором пришествии» и не сомневались, что народ обратится к ним, когда увидит их правоту. Алексей не дожил до семитысячного года, но его пророчество сбылось. Описывая смятение умов в 1491–1492 годах, Иосиф Санин больше всего сетовал на то, что православные ищут ответа на одолевшие их сомнения у еретиков. «Ныне же, — писал Санин, — и в домех, и на путех, и на торжъщих иноци и мирьстии и вси сомняться, вси о вере пытают, и не от пророков… но от еретиков… и от проклятых на соборе, от Протопоповых (протопопа Алексея. — Р.С.) и его зятя и от их учеников… и от самого того сатанина сосуда и дияволова митрополита, не выходят и спят у него». Суд над новгородскими еретиками скомпрометировал кремлевского протопопа Алексея и его свояка священника Максима. Ревнители православия требовали жестокого наказания для всех, кто служит с еретиками в церкви, пьет и ест с ними.

Митрополит Зосима пренебрег их угрозами. После смерти Алексея он приютил на митрополичьем дворе детей протопопа и его зятя Ивашку Максимова — сына еретика Максима. Зосима отказался предать суду влиятельных московских еретиков — дьяка Федора Курицына и других. В такой ситуации Иосиф Санин при поддержке владык Геннадия и Нифонта повел с митрополитом борьбу не на жизнь, а на смерть. Если бы Зосима обладал решительным характером, он мог бы подвергнуть гонениям своих противников, сместить епископов. Но в какой-то момент он, по-видимому лишился поддержки Ивана III и был сведен с престола. В официальных грамотах Геннадий связывал отставку митрополита с его немощью. Но новгородский летописец, близкий к новгородскому Софийскому дому, заметил, что уход Зосимы не был добровольным и сопровождался скандалом: «Зосима остави митрополию не своею волею, но непомерно пития держашеся и о церкви божьей не радяще». Вопрос об отставке Зосимы решился не сразу. 17 мая 1494 года он отрекся «поневоле», но лишь 9 февраля следующего года его лишили сана и отослали в Троице-Сергиев монастырь. Падение митрополита не привело к судебным преследованиям против близких к нему еретиков. Родню протопопа Алексея, обретавшуюся на митрополичьем дворе, спасли высокие покровители. К числу единомышленников и покровителей еретиков современники относили сноху Ивана III Елену Волошанку. Влияние еретички при дворе достигло апогея после того, как ее сын Дмитрий был провозглашен в феврале 1498 года соправителем Ивана III.

Второй брак Ивана III запутал династические отношения в великокняжеской семье. К 1494 году достиг совершеннолетия Василий Иванович — сын Ивана III и Софьи Палеолог. По сообщению новгородской летописи, в 1497 году придворные Софьи составили заговор. Они будто бы убедили Василия «отъехать» от отца, засесть на Белоозере и захватить там великокняжескую казну. Тем временем Софья должна была использовать все свое влияние на мужа, чтобы разрешить вопрос о престолонаследии в пользу сына от второго брака. Сторонникам Софьи не удалось осуществить свои замыслы. Иван III казнил заговорщиков, сына запер во дворце под присмотром надежных людей, а от жены стал жить «в береженьи», но вскоре сменил гнев на милость и вернулся к обычной семейной жизни.

Немало лет соправителем Ивана III был Иван Иванович, сын от первой жены — тверской княгини Марии Борисовны. Иван Иванович умер в 1490 году, оставив наследника княжича Дмитрия. Двор наследника давно стал центром притяжения для высшей знати. Старшие бояре думы поддерживали старшую ветвь великокняжеской династии. Сыновьям Софьи Палеолог уготована была судьба удельных князей. Заговор ее сторонников был воспринят в боярской среде как удельно-княжеская крамола. Стремясь раз и навсегда положить конец такой крамоле, Иван III и его дума в 1498 году торжественно короновали Дмитрия-внука шапкой Мономаха.