Бомелей лечил царскую семью и ближних бояр. Казнь членов «дворового» руководства не могла не отразиться на его судьбе. Астролог решил, что ему пора позаботиться о собственном спасении. Он предпринял попытку бежать из России. Взяв на имя своего слуги подорожную для поездки в Ригу, астролог отправился на границу, предварительно зашив в подкладку платья все свое золото. В Пскове его опознали как подозрительного иноземца, схватили и в цепях отправили в Москву. Бомелей и его слуги были подвергнуты страшным пыткам. Не выдержав мучений, они оговорили не только Леонида, но и многих других видных лиц.

После отмены опричнины царь установил особые отношения с Новгородом и назначил своего наследника царевича Ивана великим князем новгородским. Сохранилось донесение оршанского воеводы Ф. Кмита литовскому правительству от 2 марта 1574 года. Воевода, регулярно посылавший «шпигов» в пределы России, записал с их слов сведения о том, что «сына дей старшого князь великий (Иван IV. — Р.С.) посадил на царстве на Новегороде Великом».

Второе «новгородское дело» непосредственно затронуло царскую семью. У Грозного возникло подозрение в причастности к «измене» своего взрослого сына царевича Ивана. Современники ошибочно считали инициатором расправ «колдуна» Бомелея, не подозревая, что астролог сам стал жертвой наветов. «Лютый волхв» Елисей, записал псковский летописец, «положил на царя страхование» и «много множества роду боярского взусти убити цареви, последи же и самого (царя. — Р.С.) приведе, наконец, еже бежати в Англинскую землю и тамо женитися, а свои было бояре оставшие побити».

Так как дело о заговоре возникло в Новгороде, Грозный поручил расследование сыну, управлявшему Новгородской землей. По словам Горсея, в ходе розыска Бомелей поначалу все отрицал, «надеясь, что что-то переменится к лучшему с помощью некоторых доброжелателей, фаворитов царя, посланных посетить царевича Ивана, занятого пыткой Бомелея». Когда пыточные мастера подвесили астролога на дыбу, несчастный понял, что его ждет смерть. Тогда он признался в измене и постарался оговорить как можно больше людей, в особенности же царских приближенных, которые обманули его надежды.

При введении опричнины Боярская дума и высшее духовенство облекли царя неограниченными полномочиями для борьбы с боярской «изменой». Отмена опричнины аннулировала их. В ходе розыска по делу В. И. Умного, Бомелея и других лиц власти получили сведения об организации нового чудовищного «заговора». Как и прежде, царь и его приспешники увидели спасение в том, чтобы ввести в стране чрезвычайное положение. Но они не могли не понимать, что любая попытка возродить ненавистные опричные порядки неизбежно встретит сопротивление со стороны высшего органа государства — Боярской думы и священного собора, непосредственное влияние которых на дела управления возродилось после отмены опричнины.

Иван искал выход из положения, прибегнув к грандиозной мистификации. Он объявил об отречении от престола в пользу служилого хана Симеона Бекбулатовича, наделенного титулом великого князя всея Руси. Поставив Симеона над Боярской думой и земщиной, Иванец Московский без труда получил от него «разрешение» на организацию новой опричнины, получившей наименование «удела». Удельное правительство возглавили А. Нагой и Б. Я. Бельский — племянник Малюты Скуратова. Они быстро завершили розыск о новгородской «измене».

Организовав «удельную» гвардию, Иван IV отдал приказ о казни «заговорщиков». Осужденные были обезглавлены в Кремле «на площади под колоколы». По своему размаху казни в Кремле превосходили первые опричные казни. Голов лишились сразу четыре члена Боярской думы — высшего органа монархии, а также трое видных дьяков. Почти все эти люди прошли службу в опричнине.

В назидание земщине опричники устроили погром в приказе дьяка Иосифа Ильина. В синодике опальных имеется запись: «Иосифа Ильина, протопоп, подьячих три человека, простых пять человек хрестьян». Посыльные Грозного перебили подьячих заодно с изменниками-дьяками. При этом погиб также и протопоп. Его имя палачи не потрудились назвать в своем отчете, попавшем в синодик. Имя протопопа можно найти в московских летописях. Каты схватили протопопа Ивана из кремлевского Архангельского собора, но не стали проливать его кровь, а «посадили в воду» — утопили в Москве-реке.

Священники кремлевских соборов пользовались особым уважением среди столичного духовенства. Протопоп семейного храма государя — Благовещенского собора — был царским духовником, протопоп Архангельского собора — хранителем царских гробов. Значение этой должности было совсем особенное. Недаром через два десятилетия принадлежностью ее стал архиепископский титул. «Да на Москве же безотступно живет у царских гробов у Архангела, — значилось в документах начала XVII века, — архиепископ… и служит завсегда по родителях государских». Лишь близкие к царской семье священнослужители могли рассчитывать на пост в Архангельском соборе. Беззаконное убийство протопопа Ивана, гибель архиепископа Леонида, опала на архимандритов двух крупных столичных монастырей показывали, что самодержавная власть вернулась к прежним методам обращения с церковью.

Митрополит Антоний, покорный воле монарха, избежал гонений. Но и его власти старались держать в постоянном страхе. По приказу царя головы казненных в Кремле бояр были брошены «по дворам» митрополиту Антонию, главе думы Мстиславскому и прочим правителям земщины.

Почти все руководители опричнины, развязавшие террор в 1565–1568 годах, стали в конце концов его жертвами. Уцелевшие вожди Опричной думы погибли в связи с возрождением опричнины — удела — в 1575 году. Те из духовных лиц, которые оказали важные услуги Грозному при учреждении опричнины или были зачислены на опричную службу, разделили участь своих покровителей и кончили жизнь на плахе или в тюрьме.

В английских мемуарах XVI века можно встретить утверждение, будто царь передал трон хану Симеону ради осуществления антицерковных мер. Иван будто бы заставил Симеона отнять у епископов и монастырей все жалованные грамоты, подтверждавшие их привилегии, а затем от своего имени возобновил эти грамоты, за что духовенство должно было заплатить огромные денежные суммы. Новейшие исследования показали полную недостоверность таких известий.

Первая опричнина длилась семь лет и была для страны трагедией. В 1575–1576 годах она повторилась в виде фарса. Из-за крайней непопулярности своей политики Грозный счел благоразумным упразднить удел через год после его организации.

Иван Грозный завещал трон слабоумному сыну Федору. Незадолго до смерти он назначил регентский совет, в который вошли удельный князь Иван Мстиславский, князь Иван Шуйский, Никита Романов и Богдан Бельский. Трое регентов принадлежали к аристократии и служили в земщине, и лишь Богдан Бельский происходил из худородной дворянской семьи, а своей карьерой был всецело обязан опричнине. Отменив опричнину, царь до конца жизни сохранил корпус, составленный из опричников и носивший наименование «двора». Стражу в Кремле несла «дворовая» охрана, подчинявшаяся Бельскому. Поэтому после кончины Грозного 18 марта 1584 года власть перешла в руки Бельского. Земские дворяне отказывались повиноваться ему. Тогда Бельский собрал в Кремле «дворовое» войско и попытался уговорить царя Федора возродить в стране опричнину. Попытка переворота послужила толчком к восстанию в столице. Толпа пыталась штурмовать Кремль. Во время перестрелки было убито до двадцати и ранено до ста человек. Тогда царь Федор решил пожертвовать правителем. Земские бояре объявили народу о ссылке Бельского, после чего волнения улеглись.

Место Бельского в регентском совете занял шурин царя Федора Борис Годунов, получивший чин конюшего, старшего боярина думы. Борис имел покровителя в лице популярного земского боярина Никиты Романова. Бояре не проявляли никакого почтения к государю, и родня Федора должна была объединиться, чтобы укрепить пошатнувшийся трон. Разногласия в боярском правительстве вспыхнули с новой силой после того, как дядю царя Никиту Романова хватил удар, надолго приковавший его к постели. В 1585 году глава регентского совета Мстиславский сложил с себя полномочия и удалился в монастырь. Борис торжествовал победу. Но его успех оказался кратковременным. Интриги бояр Шуйских едва не погубили Годуновых. Весной 1586 года волнения в столице возобновились. Подстрекаемый боярами народ требовал выдачи Годуновых на расправу. Правительство было вынуждено сидеть в осаде в Кремле. Опасаясь за свое будущее, Годунов тайно отправил в Англию гонца с просьбой предоставить ему и его семье убежище.