Можно полагать, что в разработке утвержденной грамоты непосредственно участвовали лица из ближайшего окружения правителя, в частности его дядя Дмитрий Годунов. Прошло несколько лет, и он разослал по монастырям псалтыри с надписью об изготовлении их «в богохранимом и преименитом и в царствующем граде Москве — в третьем Риме, благочестием цветущем при державе… богом венчанного благоверного и христолюбивого великого монарха».

В течение многих десятилетий до установления патриаршества в Москве теория «Москва — третий Рим» излагалась в сочинениях неофициального толка. Претендовавший на неограниченную власть Иван Грозный ни разу не сослался на нее в своих многочисленных сочинениях. Только при Борисе Годунове эта теория впервые получила отражение в правительственном документе — утвержденной грамоте и таким образом превратилась в официальную доктрину.

Какое значение имело отражение в авторитетном документе формулы «Москва — третий Рим»? Можно ли считать, что Россия при Борисе Годунове выступила с претензиями на роль центра новой мировой империи, преемницы Древнего Рима и Византии? Такое толкование было бы совершенно неверным. В конце Ливонской войны Россия пережила сокрушительное военное поражение. Со всех сторон ее теснили враги. На первый план правительство Годунова выдвинуло задачу обороны границ и возвращения русских территорий, утерянных после военной катастрофы. Можно было бы предположить, что теория «Москва — третий Рим» выражала претензии русской церкви на руководство всемирной православной церковью. Но и такое предположение было бы необоснованным. Доктрина «Москва — третий Рим» при всей ее претенциозности выражала преимущественно стремление ликвидировать неполноправное положение Москвы по отношению к другим центрам православия.

Православный Восток с настороженностью отнесся к вестям об учреждении патриаршего престола в России. Нашлось немало богословов, ставивших под сомнение законность акции, проведенной константинопольским патриархом без совета со Вселенским собором. Высшими иерархами этого собора были помимо константинопольского владыки также александрийский патриарх, носивший пышный титул «папы и судьи вселенского», а также антиохийский и иерусалимский патриархи. Московская церковь обладала большим влиянием и несравненно большими материальными средствами, нежели все эти патриархи. Исходя из реального положения дел, глава московской церкви заявил о своих претензиях на третье место во вселенской православной иерархии. После жарких дебатов собор высших православных патриархов, созванный в Константинополе в 1590 году, санкционировал учреждение нового патриаршества, но отклонил домогательства московских властей относительно третьего места. Патриархи отвели своему русскому коллеге Иову самое последнее, пятое место, после четырех «древних» патриархов. Тщетно Борис Годунов слал на Восток гонцов с богатыми дарами. Вселенский собор 1593 года в Константинополе подтвердил свое предыдущее решение насчет распределения мест внутри вселенской православной иерархии.

Основание патриаршества стало важной вехой в истории русской церкви. Будучи при своем учреждении одной из многочисленных епархий византийской церкви, русская церковь давно стала фактически независимой от константинопольского патриарха. Преобразование московской митрополии в патриаршество закрепило эту независимость в нормах канонического права. Усилилось влияние русской церкви на международной арене.

Вопреки церковным легендам инициатива учреждения патриаршества в России всецело принадлежала светской власти. Преодолев конфликт с руководством церкви в годы опричнины, а затем во время правления Бориса Годунова, московское правительство все больше и больше подчиняло церковную организацию государству.

В начале XVII века Россия претерпела первую в своей истории гражданскую войну. Многие из тех, кто пережил Смуту, винили во всех несчастьях проклятых самозванцев, посыпавшихся на страну как из мешка. В самозванцах, выдававших себя за потомков Ивана Грозного, «законных» наследников престола, историки прошлого видели польских ставленников, служивших орудием иноземного вмешательства. Но это была лишь полуправда. Почву для самозванства подготовили не соседи России, а политические и социальные недуги, подтачивавшие русское общество изнутри.

После поражения в двадцатилетней Ливонской войне в России воцарились разруха и хаос. Чтобы поправить расстроенные финансы, власти ввели режим «заповедных лет»: запретили крестьянам уходить от землевладельцев. Считалось, что это мера временная и преходящая, а потому она не была облечена в форму закона. В деревне «заповедные годы» послужили прологом к окончательному закрепощению крестьян. В 1597 году правитель Борис Годунов издал закон об «урочных годах», по которому помещики получили право разыскивать и возвращать в свои поместья беглых крестьян со всем их имуществом.

Недовольны были не только низы, но и верхи общества. Обладая огромными земельными богатствами и опираясь на древние обычаи, знать противилась самодержавным поползновениям монархии и претендовала на то, чтобы делить власть с царем. Избранный на престол Земским собором в 1598 году Борис Годунов оставался в глазах бояр худородным выскочкой. Романовы, Шуйские, Мстиславские сами добивались шапки Мономаха, считая, что имеют больше прав на русский престол. Враги Бориса пускали в ход любые средства. В трудный для Годуновых час пополз слух о том, что царевич Дмитрий — младший сын Ивана Грозного — избежал смерти в Угличе и скоро придет требовать отцово царство.

Борис взошел на трон в несчастливое время. В начале нового столетия Россию поразил неурожай — дожди и ранние морозы начисто истребляли все крестьянские посевы. Население быстро исчерпало имевшиеся у него запасы хлеба. Чтобы заглушить муки голода, люди ели лебеду и липовую кору. Смерть косила народ по всей стране. Современники считали, что в итоге трех голодных лет страна потеряла то ли треть, то ли две трети населения. Впрочем, эти данные были лишены достоверности. В них запечатлелось чувство ужаса очевидцев, пораженных неслыханным бедствием.

Правительство пыталось бороться с голодом. В крупных городах казна поставляла на рынок дешевый хлеб. Власти потратили огромные суммы денег, раздавая беднякам по полушке либо «хлеба́ и калачи». Недоброжелатели Бориса считали, будто раздача милостыни лишь усилила голод в Москве, куда потянулся люд со всей округи. Однако очевидцы менее пристрастные иначе оценивали меры Годунова. «На Москве и в пределах ея, — писал летописец, — ели конину, и псы, и кошки, и людей ели, но царскою милостынею еще держахуся убогие».

По словам голландского купца Исаака Массы, царь Борис мог приказать монахам и богатым людям, имевшим полные амбары, продать хлеб, но не сделал этого. Сам патриарх, располагая большим запасом продовольствия, якобы объявил, что не хочет продавать зерно, за которое со временем можно выручить еще больше денег. «И у этого человека, — писал Масса, — не было ни жены, ни детей, ни родственников, никого, кому он мог бы оставить состояние, и так он был скуп, хотя дрожал от старости и одной ногой стоял в могиле». В литературе можно найти многократные ссылки на слова Массы. Но достоверность их невелика. Сочиненная протестантом «патриаршая речь» проникнута торгашеским духом, характерным для голландского негоцианта, но не для Иова. Ближайший помощник Бориса не мог выступить как открытый сторонник хлебных спекуляций, когда власти принимали все меры для их обуздания. Современники имели основание упрекать богатых землевладельцев в том, что они спекулировали хлебом и обогащались за счет голодающего народа. Но не спекуляция была причиной бедствия. Суровый климат, скудость почв, феодальная система земледелия делали невозможным создание таких запасов зерна, которые могли бы обеспечить страну продовольствием в условиях трехлетнего неурожая.

К числу богатейших монастырей России принадлежал Кирилло-Белозерский монастырь. В 1601 году наличные запасы ржи и овса в обители не превышали 30 тысяч четвертей. Ввиду неурожая на долю вновь собранного хлеба приходилось менее 12 тысяч четвертей, а ежегодный расход монастыря составлял более 10 тысяч четвертей ржи и овса. Таким образом, монахи имели в излишках столько хлеба, сколько им надо было для удовлетворения собственных нужд в течение всего лишь двух-трех лет.