Православные святители не забыли, как предавали анафеме злого расстригу и еретика. Увидев самозванца вблизи, они не избавились от старых подозрений. Лжедмитрий I не решился оставить подле себя никого из своих друзей-католиков. Зато его ближними советниками стали протестанты братья Бучинские. Иезуитам царь предоставил обширное помещение для богослужения, а кроме того, он время от времени тайно приглашал их к себе на совещания в Кремль. Окруженный всеми атрибутами призрачного могущества, царь горько жаловался им на свое одиночество.

До поры до времени церковники прощали самозванцу его подозрительные связи с католиками и протестантами. Но они окончательно прониклись недоверием к царю, когда тот решил поправить свои финансовые дела за счет церкви. У Иосифо-Волоколамского монастыря он взял 3 тысячи рублей, у Кирилло-Белозерского — 5 тысяч. С мелких монастырей, которых было великое множество, трудно было получить такие суммы. Зато из казны крупнейшего в стране Троице-Сергиева монастыря Лжедмитрий заимствовал сразу 30 тысяч рублей. Духовенство опасалось, что такого рода займы были лишь началом. В самом деле, в кругу польских советников-протестантов Отрепьев охотно обсуждал проекты частичной секуляризации доходов церкви и обращения их на нужды казны и дворянства. Подобного рода меры, без сомнения, нашли бы поддержку среди скудеющего дворянства, с жадностью взиравшего на несметные богатства монастырей.

Помолвка царя с Мариной Мнишек подлила масла в огонь. Фанатики честили царскую невесту как еретичку и язычницу. Казанский архиепископ Гермоген требовал вторичного крещения польской «девки». Но патриарх Игнатий не поддержал его. В угоду царю льстивый грек соглашался ограничиться церемонией миропомазания, которая должна была сойти за отречение от католичества. Лжедмитрию I удалось сломить сопротивление духовенства. 10 января 1606 года близкие ему иезуиты сообщили, что противники царского брака подверглись наказанию, но никто из них не предан казни. Лжедмитрий сам поведал об этом вернувшемуся из Польши Бучинскому в таких выражениях: «Кто из архиепископов начали было выговаривать мне, упрямиться, отказывать в благословении брака, и я поразослал, и ныне никаков человек не смеет слова молвить и во всем волю мою творят». Первым наказанию подвергся неугомонный Гермоген. Архиепископа отослали в его епархию в Казань и там заключили в монастырь. Церковная оппозиция приумолкла, но ненадолго.

Низвергнув Годуновых, Отрепьев сыграл свою роль. Теперь он стал ненужным для русского боярства. Духовенство поддерживало тайную боярскую агитацию против самозванца. Столкнувшись с оппозицией, Лжедмитрий сделал попытку опереться на польских магнатов, оказавших ему неоценимую помощь в самом начале авантюры. Он послал за оставленной в Польше невестой Мариной Мнишек, а нареченного тестя Юрия Мнишека попросил навербовать наемное войско — лучшую опору против заговорщиков — и привести его в Москву. Прибытие иноземцев окончательно осложнило обстановку в столице. Насилия «рыцарства» вызвали брожение. В народе открыто говорили, что царь — «поганый, некрещеный» иноземец, вступивший в брак с «языческой девкой».

17 мая 1606 года бояре Шуйские и Голицыны при поддержке двухсот вооруженных дворян произвели дворцовый переворот. Вспыхнувшее в столице восстание помешало наемному воинству выручить попавшего в беду самозванца. Лжедмитрий был убит заговорщиками. Трон перешел к боярскому царю Василию Шуйскому. На другой день после убийства Лжедмитрия I Боярская дума приняла решение низложить патриарха Игнатия Грека — ближайшего соратника и помощника Лжедмитрия. Как значится в разрядах, «за свое бесчинство» Игнатий был лишен сана 18 мая 1606 года. Вина патриарха раскрылась незадолго до переворота, когда двое православных владык из Польши прислали с львовским мещанином Корундой (или Коронкой) письмо к главе русской церкви с уведомлением, что царь является тайным католиком. Грамоты попали в руки бояр и были использованы для осуждения Игнатия. Грека с позором свели с патриаршего двора и заточили в Чудов монастырь.

После избрания на трон Василия Шуйского власти нарекли на патриаршество Филарета Романова (в миру Федор Романов). Противник Бориса Годунова Федор Никитич был пострижен в монахи в 1600 году и пробыл в заточении до воцарения Лжедмитрия I. До апреля 1606 года он жил не у дел в Троице-Сергиевом монастыре и лишь в самом конце правления самозванца получил от него сан митрополита Ростовского.

Согласившись на избрание Филарета патриархом, царь Василий использовал первый удобный предлог, чтобы удалить его из столицы. Новому пастырю церкви поручено было во главе большой комиссии ехать в Углич за мощами истинного Дмитрия. В двадцатых числах мая московские власти объявили польским послам на приеме в Кремле, что патриарх Филарет вскоре привезет в Москву тело младшего сына Грозного. Позже, по возвращении из России в 1608 году, польские послы напомнили московским дипломатам, как был низложен патриарх Игнатий Грек, а посажен Филарет, «яко о том бояре думные по оной смуте (после майского переворота. — Р.С.) в ответной палате нам, послам, сами сказывали, менуючи, что по мощи Дмитровы до Углеча послано патриарха Феодора Мититича, а говорил тые слова Михайло Татищев при всех боярах; потом в колько недель и того (Романова. — Р.С.) скинули».

Вскоре после отъезда Филарета в Углич на улицах Москвы появились «подметные письма» с сообщением о том, что царь Дмитрий спасся. В столице произошли волнения. Царь Василий едва не лишился короны. Власти использовали дознание о смуте, чтобы скомпрометировать Романовых и Мстиславского — главных претендентов на трон со времени смерти царя Федора Ивановича. Филарета обвинили в том, что он причастен к составлению «подметных писем», и свели с патриаршего двора.

Филарет пользовался популярностью в столице, и его отставка была встречена с неодобрением. Смута ширилась, и церкви нужен был авторитетный руководитель, который мог бы твердой рукой повести за собой разбредшуюся паству. В конце концов царь Василий остановил свой выбор на казанском митрополите Гермогене.

Ровесник царя Ивана Грозного Гермоген пережил четырех царей, из которых по крайней мере двое побаивались прямого и несговорчивого пастыря. В дни междуцарствия после смерти царя Федора Борис Годунов надолго задержал Гермогена в Казани, чтобы воспрепятствовать его участию в царском избрании. Гермоген один не побоялся открыто осудить брак Лжедмитрия I с католичкой Мариной Мнишек, за что был сослан. Царь Василий мог не сомневаться в том, что Гермоген решительно поддержит его в борьбе со сторонниками Лжедмитрия. Ко времени занятия патриаршего престола Гермогену исполнилось 75 лет, и он достиг, по тогдашним понятиям, глубокой старости. О жизни Гермогена известно немногое. Поляк А. Гонсевский, хорошо знавший патриарха, имел письменное свидетельство о нем одного московского священника, по словам которого, Гермоген пребывал «в казаках донских, а после — попом в Казани». Как видно, молодость свою Ермолай (Ермоген) провел с вольными казаками, в походах и войнах. Казаки выдвинули из своей среды многих известных деятелей Смуты, к которым следует отнести и патриарха. В духовное сословие он перешел, вероятно, поздно. Во всяком случае, первое упоминание о Гермогене как священнослужителе относится ко времени, когда ему было 50 лет. Тогда он был попом одной из казанских церквей. Этот факт, отмеченный в известии Гонсевского, документально подтвержден.

Став в 60 лет казанским митрополитом, Гермоген с редким усердием стал насаждать православие в инородческом Казанском крае. Предшественник Гермогена патриарх Иов удивлял всех громозвучным голосом, звучавшим, «аки дивная труба». Гермоген не обладал необходимым для пастыря сильным голосом. По словам современников, Гермоген был речист — «словесен и хитроречив, но не сладкогласен», «нравом груб», «прикрут в словесех и возрениях». Вообще же патриарх был человеком дела, вспыльчивым, властным и резким. К врагам он относился без всякого милосердия.