Воспользовавшись признанием Вассиана, суд признал его виновным. Старца решено было заточить в Иосифо-Волоколамский монастырь. Среди монахов этого монастыря особым доверием Даниила пользовались старцы Ленковы. Одного из них — Герасима — он сделал игуменом после своего избрания на митрополию. Но Герасим Ленков пробыл на игуменстве всего несколько месяцев. После него тюремщиком Вассиана стал старец Тихон Ленков, до того надзиравший за Максимом Греком. В 1532 году Василий III вызвал Тихона в Москву, дав ему приказ: «Васьяна княж Иванова приказал бы ты, Тихон, беречи Фегносту Ленкову». Осифляне Ленковы, заполучив в свои руки Вассиана, «по мале времени его уморили». Так, по крайней мере, утверждал князь Андрей Курбский.

Чтобы укрепить незыблемость старой веры, противники греческой «прелести» решили устроить новый суд над Максимом Греком. Зловещую роль в судьбе философа и гуманиста сыграл новый любимец Василия III М. Ю. Захарьин. (Его родной брат Роман положил начало роду Романовых.) Захарьины превзошли в усердии митрополита Даниила. М. Ю. Захарьин был единственным из ближайших советников великого князя, решительно поддержавшим его намерение перед смертию постричься в монахи. В дни суда М. Ю. Захарьин выступил с такими обвинениями против Максима Грека, которые четко обнаруживали фанатизм и невежество обвинителя. Захарьин утверждал, будто во время пребывания в Италии Максим и двести других лиц выучились у некоего учителя «любомудрию философскому и всякой премудрости литовстей и витерстей, да уклонилися и отступили в жидовский закон и учение», папа римский велел их сжечь, но Максим спасся, сбежав на Афон.

Если бы Захарьину удалось доказать утверждение насчет перехода Грека в «жидовский закон», еретика можно было послать на костер. Именно так Иосиф Волоцкий расправился с вольнодумцами в 1504 году. Однако Максим Грек написал несколько обличительных посланий против иудаизма, и выступление ближнего боярина не достигло цели. Ввиду очевидной абсурдности подозрений насчет «жидовства» митрополит Даниил не включил этот пункт в свою обвинительную речь.

В 1522 году в Москву прибыл турецкий посол Скандер, грек по крови. Он привез предложение о мире и дружбе с Россией. Максим Грек виделся с земляком, и через десять лет митрополит Даниил обвинил его в изменнических сношениях с турецким послом и кафинским пашой. Обвинения были вымышленными. Максим верил в высокую историческую миссию богохранимой православной державы и надеялся на возрождение Греции под ее эгидой.

Философа обвинили в том, что он добился расположения Василия III посредством волхования — он якобы писал водкой на дланях. Пристав старец Тихон Ленков передал слова Грека: «Ведаю все везде, где что деется». Эти слова также были вменены писателю в вину. Собор увидел в них чародейство: «Ино то волхование еллинское и еретическое».

Инициаторы суда стремились очернить ученого-переводчика как шпиона и колдуна с единственной целью — опорочить его переводы, якобы возводящие хулу на старую веру. Главные обвинения сводились к тому, что Грек не признавал русских священных книг, исказил ряд канонических статей в Кормчей, «заглаживал» (стирал) отдельные строки в Евангелии, хулил русских чудотворцев. Отвечая на последнее обвинение, Максим заявил, что никогда ничего не говорил о митрополитах Петре и Алексее, Сергии Радонежском и Кирилле, а про чудотворца Пафнутия Боровского говорил: «Того для, что он держал села, и на деньги росты имал, и люди и слуги держал, и судил, и кнутьем бил, ино ему чюдотворцем как быти?» Максим не собирался декларировать свою принадлежность к так называемому движению нестяжателей. Он говорил об очевидных вещах. Истинно святую жизнь вели пустынники в скитах, тогда как старцы монастырей были погружены в мирские дела и их жизнь была далека от святости.

Греки из окружения философа, выступавшие на суде как свидетели обвинения, тщетно рассчитывали на милость и снисхождение властей. Все они вместе с русскими писцами, участвовавшими в исправлении русских богослужебных книг, подвергались суровому наказанию. Максима Грека перевели из тюрьмы Иосифо-Волоколамского монастыря в Тверь. «Оковы паки дасте ми, — жаловался страдалец, — и паки аз заточен, и паки затворен и различными озлоблении озлобляем». Келейник Максима Афанасий и старец Чудова монастыря Вассиан Рушанин попали в заточение к митрополиту, Михаил Медоварцев — к коломенскому владыке Вассиану Топоркову, чудовский старец Вассиан Рогатая Вошь — к рязанскому владыке Ионе, архимандрит Савва — в Левкиеву Успенскую пустошь в окрестностях Волоколамска. Писца Исаака Собаку решили заточить в Юрьев монастырь в Новгороде, но затем изменили решение и отослали в митрополичий монастырь в Волосове, под Владимиром.

На соборе 1503 года русское духовенство отвергло посягательства светской власти на земельные владения церкви. Соборы 1525 и 1531 годов осудили попытки Максима Грека и его единомышленников исправить книги по греческим образцам. Расправой с еретиками отцы церкви рассчитывали укрепить свою власть над умами, в действительности же гонения на европейски образованных богословов и писателей подрывали самые основы благотворного влияния церкви на развитие русской культуры, ее нравственный авторитет.

Когда Иван IV занял трон, ему было три года. Его отец Василий III перед смертью назначил для управления государством «седьмочисленную» боярскую комиссию. Опекуны должны были «беречи» Ивана, пока он не достигнет пятнадцатилетнего возраста. В опекунский совет вошли князь Андрей Старицкий — младший брат Василия III, Михаил Глинский — дядя великой княгини Елены и ближайшие советники — братья Шуйские, М. Ю. Захарьин, М. Тучков, М. Воронцов. При жизни Василия III бранили, что он решает дела с доверенными людьми — «сам-третей у постели», не считаясь с думой. Семибоярщина должна была, по замыслу великого князя, сохранить такой порядок и умерить распри в аристократической Боярской думе.

Семибоярщина управляла страной менее года, после чего ее власть стала рушиться. Опираясь на поддержку думы, фаворит великой княгини князь Иван Овчина-Оболенский арестовал опекунов Михаила Глинского и Михаила Воронцова, а позже — князя Андрея Старицкого. К власти пришла правительница Елена Глинская. После ее смерти в 1538 году бояре поспешили избавиться от ее фаворита.

Столкновение между Бельскими и Шуйскими положило начало длительным раздорам в Боярской думе. Митрополит Даниил встал на сторону руководства думы. Но его поддержка не спасла Бельских от поражения. Шуйские были облечены регентскими полномочиями и умело использовали поддержку детей боярских и дворян. По приказу Шуйских ближний дьяк Ф. Мишурин был обезглавлен, а его покровители И. Бельский и М. Тучков подвергнуты гонениям.

Василий Шуйский добился исключительной власти и почета. Он поспешил породниться с великокняжеской семьей, женившись на двоюродной сестре Ивана IV. Вслед за тем правитель переехал жить на подворье князей Старицких в Кремле. Там он вскоре и умер. Бразды правления, выпавшие из рук князя Василия, подхватил его брат Иван Шуйский. 2 февраля 1539 года власти низложили митрополита Даниила за то, что «он был во едином совете со князем Иваном Бельским». Даниил правил церковью круто, не щадя даже собственных людей. Как писали современники, он был «немилосерд и жесток, уморял у собя в тюрьмах и окованных своих людей до смерти, да и сребролюбие было великое».

Шуйские значительно укрепили бы свои позиции, если бы им удалось усадить на митрополичий престол своего ставленника. Но, во-первых, князь Иван Шуйский не обладал опытностью и авторитетом старшего брата и не мог добиться послушания от думы и высшего духовенства. Во-вторых, Даниил, изгнанный с митрополичьего двора, категорически отказался подписать отречение и тем самым сохранил возможность влиять на избрание своего преемника. Оказавшись в затруднительном положении, власти пошли на уступки духовенству. Они выбрали три самых знаменитых монастыря — Чудов, Троице-Сергиев и новгородский Хутынский — и объявили трех архиереев кандидатами в митрополиты. По жребию сан достался троицкому игумену Иоасафу Скрипицыну. Случай избрания владыки по жребию был в московской практике исключительным. Иоасаф стал митрополитом 6 февраля 1539 года, а полтора месяца спустя Даниил подписал отреченную грамоту, тем самым благословив своего преемника. Подобно Даниилу, Иоасаф ориентировался на официальное руководство Боярской думы и явно недооценивал влияние Шуйских.