Царь двигался к серпуховским переправам через Оку, рассчитывая остановить татар под Серпуховом, как вдруг ему донесли о разгроме опричного сторожевого полка к северу от Оки. Пользуясь услугами русских «вожей», хан переправился через Оку южнее Калуги и, преодолев Угру, стал выходить в тыл русской армии. Узнав о прорыве крымцев через Оку, Иван IV покинул армию и под охраной небольшой свиты через Бронницу ускакал в Ростов.

Не имея сил остановить татар, опрично-земская армия отступила к Москве. 23 мая воеводы укрылись за стенами Земляного города. Опричные полки разместились за Неглинной. Земские полки защищали Серпуховские и Калужские ворота. Часть сил расположилась на Таганском лугу, защищая подступы к городу со стороны села Коломенского.

Татары, следовавшие по пятам за русскими, вышли в окрестности Москвы в тот же день, что и воеводы. Хан разбил свой лагерь в окрестностях Коломенского. В первый же день крымцы разграбили незащищенные слободы и монастыри в предместьях столицы. На другой день они подожгли Земляной город. Утром 24 мая стояла ясная и тихая погода, без ветра. Внезапно поднялась буря, и пламя стало быстро распространяться по всему городу.

Едва начался пожар, по всем церквам и монастырям столицы ударили в набат. По мере распространения огня непрерывно звонившие колокола замолкали один за другим. Сорвались на землю колокола на звоннице опричного замка за Неглинной, затем — большие колокола кремлевских соборов. Вслед за тем город потрясли сильные взрывы. Взлетели на воздух пороховые погреба, устроенные в Кремле и в Китай-городе «в зелейных башнях». От взрывов, записал летописец, «вырвало две стены городовых у Кремля». При появлении татар население ближайших деревень и слобод поспешило укрыться за крепостными стенами. Едва начался пожар, толпы народа бросились к северным воротам. В воротах и на прилежащих к ним узких улочках образовались заторы, люди «в три ряда шли по головам один другого, и верхние давили тех, которые были под ними». Кому удалось спастись от огня, гибли в ужасающей давке.

Находившаяся в Москве армия понесла тяжелые потери, хотя и не вела боевых действий. Полки, стоявшие в Земляном городе, утратили порядок и смешались с населением, бежавшим из горящих кварталов. Главный воевода князь Бельский укрылся на своем подворье в Кремле, где и «затхнулся от пожарного зноя». Погибли многие другие воеводы, дворяне и дети боярские. Наименьшие потери понес передовой полк, стоявший на Таганском лугу и энергично отбивавшийся от татар.

В течение трех часов Китай-город, Кремль и Земляной город выгорели до тла. Крымцы пытались грабить горящую Москву, но те из них, кому удавалось проникнуть за стены крепостные, гибли в огне. На другой день после пожара хан отступил по рязанской дороге в степи. Крымское нашествие причинило невиданные опустошения московской округе и южным уездам страны. Кочевники увели в плен десятки тысяч жителей.

В то время как Москву истребляло пламя, Грозный молился, затворившись в стенах одного из ростовских монастырей. Узнав об отступлении Девлет-Гирея, он вернулся в столицу и долго плакал при виде пепелища, образовавшегося на месте цветущего города.

Новгородские архиепископы занимали особое положение в общерусской церковной иерархии. Местный владыка один среди всех прочих русских святителей носил белый клобук, что считалось особой привилегией. На рубеже XV–XVI веков новгородские церковные писатели сочинили «Повесть о белом клобуке», с обоснованием идеи о том, что после падения «ветхого» Рима и «нового» Рима (Константинополя) средоточием христианства должна стать Русская земля: «На третием же Риме, еже есть на Русской земли, благодать святого духа возсия». В отличие от Московской Руси с сильной монархической властью в Новгородской феодальной республике церковь играла значительно более самостоятельную роль и принимала самое активное участие в управлении светскими делами. В глазах новгородского духовенства не московская светская власть, а древнейшая церковная епархия должна была стать естественным преемником власти константинопольского патриарха. Эта идея подкреплялась ссылкой на регалии новгородского архиепископа — белый клобук, будто бы имевший византийское происхождение. Не случайно в XVII веке, когда светская власть добилась окончательного включения церкви в систему самодержавного государства, «Повесть о белом клобуке» была официально осуждена за вредную идею о том, что клобук архиепископа «честнее» царского венца.

Москва использовала всевозможные средства, чтобы покончить с особым положением новгородской церкви. Из восьми архиепископов, возглавлявших кафедру после присоединения Новгорода к Москве, пять лишились поста в опале. Новгородская епархия включала пять пятин, по территории и населению превосходивших дюжину московских уездов. По этой причине доходы новгородской церкви намного превосходили доходы других епископств. Английский посол Д. Флетчер получил в Москве сведения о том, что новгородские владыки будто бы получают доход до 10–12 тысяч рублей ежегодно, тогда как глава московской церкви — около 3 тысяч, а другие высшие иерархи — до 2500 рублей. Приведенные послом цифры были приблизительными. Но они передавали распространенный в то время взгляд на исключительные богатства новгородской епархии.

Московский священный собор покорно одобрил опричные репрессии против новгородской церкви и тем самым дал повод царю для новых гонений против черного духовенства. 29 августа 1570 года новгородцы получили из Москвы распоряжение немедленно собрать по монастырям все жалованные грамоты и отправить их в Москву. На другой день, повествует новгородский летописец, «взял государь по манастырем грамоты к себе, к Москве, жалованые по всем». Изъятие документов из монастырских архивов осуществили опричные приставы, посаженные в крупнейшие новгородские монастыри в период «государева погрома». Вся операция продолжалась один-два дня. В такой короткий срок исполнители не имели возможности детально разобраться в монастырских архивах и, по-видимому, изымали всю документацию без разбора. В новых мероприятиях опричнины таилась опасность, перед которой бледнели все предыдущие бедствия духовенства, такие, как разграбление казны и разгром монастырского хозяйства. Жалованные грамоты служили главным подтверждением права монастырей на земли и привилегии, сохраненные ими после присоединения Новгорода к Москве.

Покидая Новгород в феврале 1570 года, царь оставил там своих эмиссаров — К. Д. Поливанова и У. В. Безопишева. Главный опричный эмиссар Поливанов руководил продолжавшимися реквизициями монастырских богатств. В период с 13 февраля по 13 октября опричники взыскали с монастырей 13 тысяч рублей. Специальный царский посланник опричник П. Г. Совин в середине октября вывез собранные деньги в Москву. В конце того же года опричное правительство приняло решение о прекращении реквизиций в Новгороде. Причины, побудившие опричнину прекратить гонения против духовенства, довольно просты. К началу 1571 года власти приурочили объявление о переходе Головины Новгородской земли в опричнину.

Новгородская церковь не имела пастыря почти два года, со дня ареста Пимена. За это время в положении древнейшей епархии России произошли крупные перемены. В источниках имеются указания на то, что в 1570–1571 годах царь изъял из ведения новгородского Софийского дома земли русского Севера, некогда принадлежавшие Новгородской феодальной республике, включая Двину, Холмогоры, Каргополь, Турчасов, Вагу «с уезды». Эти территории были переданы под управление опричного Вологодского епископства. Иван IV старался подорвать влияние новгородской церкви с такой же решительностью, с какой Иван III боролся с новгородским боярством. Московские власти разрешили восстановить высшую церковную иерархию в Новгороде лишь после того, как там пустили корни опричные порядки. Решение о посылке в Новгород нового архиепископа объяснялось тем, что новая опричная администрация Новгорода нуждалась в авторитете церкви.