По ходатайству Иоасафа власти вернули из ссылки Ивана Бельского, освободили из-под стражи семью удельного князя Андрея и вернули ей княжество и столичный дворец, занятый ранее Шуйскими. «Вознегодовав» на митрополита и бояр, князь Иван Шуйский перестал ездить во дворец и появляться на заседаниях думы. Воспользовавшись такой оплошностью, власти отослали его с полками во Владимир. Суздальская знать в думе была встревожена таким оборотом дел. Опираясь на поддержку своих сторонников в думе — князей Кубенских-Ярославских, Д. Палецкого-Стародубского и других, Шуйские в ночь со 2 на 3 января 1542 года произвели государственный переворот. Иван Шуйский прислал в Москву сына Петра с отрядом из 300 мятежников-дворян, а затем и сам явился в столицу. Иван Бельский был арестован и в тот же день увезен в тюрьму на Белоозеро, его сторонников сослали в разные места.

Чтобы помешать перевороту, Иоасаф пытался организовать крестный ход с участием одиннадцатилетнего государя. Мальчика разбудили «не ко времени» — за три часа до света — и петь «у крестов» заставили. На богослужении присутствовали некоторые бояре. Однако мятежники не побоялись нарушить торжественную церемонию. Сначала они «взяша князя Петра (Щенятева. — P.C.) у государя из комнаты задними дверми», а затем пришли с «шумом» за митрополитом. Щенятев был главным сподвижником Бельских.

Заговорщики-дворяне обращались с главой церкви без всякого уважения. Вытащив владыку из царских постельных хором, они начали ему «бесчестие и срамоту чинити великую». Инициаторы переворота не желали, чтобы Иоасаф оставался в Кремле поблизости от дворца, опасаясь его влияния на Ивана IV. Поэтому они употребили всевозможные средства, чтобы прогнать его с митрополичьего двора. Как пояснил сам Иван IV в летописных приписках, дворяне стали «камением по келье шибати». Такого обращения с первосвятителем не позволяли себе даже татары. Спасаясь от мятежников, Иоасаф бежал из Кремля и нашел прибежище на подворье Троице-Сергиева монастыря в Китай-городе. Недруги и там не оставили его в покое. Они прислали к нему уездных детей боярских с «неподобными речьми». Помещики не только поносили владыку, но и «мало его не убиша». Спасло Иоасафа, если верить летописи, лишь заступничество троицкого игумена Алексея да присланного думой боярина Палецкого. Шуйские не забыли о низложении Даниила и старались не повторить ошибку. Они решили избавиться от Иоасафа и сослали его на Белоозеро, после чего провели выборы нового митрополита. 16 марта 1542 года сан митрополита получил новгородский архиепископ Макарий.

Будущий митрополит, в миру Макар Леонтьев, родился в начале 80-х годов XV века. В дворянской среде широкое распространение получили фамильные прозвища, но ни Макарий, ни его отец Леонтий не имели фамилии. Отсюда следует, что они, вероятнее всего, не были дворянами. Макар Леонтьев принял пострижение в Боровске в Пафнутьевом монастыре. Позднее он перебрался в Можайск и был назначен архимандритом можайского Лужицкого монастыря. В Можайске чернец обратил на себя внимание Василия III и снискал его расположение. Как записал псковский летописец, «князь великии любяше его зело и проси благословения от святителя…». Макарий обладал самым необходимым для священнослужителя качеством — Первую свою обязанность он ьидел в помощи всем, кто в ней нуждался.

В течение двадцати лет Василий III не имел детей в браке с великой княгиней Соломонидой Сабуровой. Когда же он задумал развестись с ней «чадородия ради», его проекты вызвали осуждение в церковной среде. Многие пастыри приравнивали второй брак блудодеянию. Макарий, как видно, принял деятельное участие в разводе государя, благословив его на брак с молодой литовской княжной Еленой Глинской. Сразу после княжеской свадьбы Макарий был посвящен в сан архиепископа, а затем выехал в Новгород с наказом молить бога, пречистую богоматерь и чудотворцев о молодоженах, «чтобы господь бог дал им плод чрева их». Чтобы облегчить святителю выполнение его миссии, власти вернули Софийскому дому сокровищницу старых архиепископов, много лет назад увезенную из Новгорода в Москву. Кроме того, Василий III назначил «бояр своих» в услужение Софии.

Василий III лишил сана новгородского архиепископа Серапиона, использовав донос на него Иосифа Волоцкого. С тех пор Софийский дом оставался в течение семнадцати лет без пастыря. Назначение Макария новгородцы восприняли с воодушевлением. Заняв митрополичий стол, святитель, по утверждению псковского летописца, творил «людем заступление велие и сиротам кормитель бысть». Владыка неустанно ходатайствовал за опальных новгородцев в Москве и, по словам Максима Грека, немало «обидимых из темниц и от уз разрешил». При поездках в Москву пастырь «много печалования творя из своей архиепископьи о церквах божиих и опо бедных людех, еже во опале у государя великого князя много множества». Макарий упразднил особножительство во многих новгородских монастырях и ввел в них общинножительство, а также снизил поборы с черного и белого духовенства.

Мечтая о духовном обновлении общества, Макарий выдвинул грандиозную задачу. Владыка взялся за составление полного собрания всех «святых книг, которые в Руской земле обретаются». Прежде ежемесячное чтение — Минеи-Четьи — включало почти исключительно жития святых и некоторые поучения. Макарий объединил усилия книжников, переводчиков и писцов, чтобы собрать из разных городов, перевести и исправить, переработать или сочинить заново десятки и сотни священных книг, слов, житий, посланий и церковных актов. В предисловии к Минеям Макарий сообщал читателю, что собирал и объединял «святые великие книги» двенадцать лет «многим имением и многими различными писари, не щадя сребра и всяких почестей». Первый экземпляр был изготовлен в Новгороде для Софийского дома в бытность Макария архиепископом новгородским. Работа приобрела несравненно более широкий размах после того, как Макарий стал митрополитом. Власти поддержали его начинание. Опираясь на царский указ, глава церкви, произвел своего рода разверстку между книжными мастерскими различных городов и монастырей. «Бысть бо тогда, — записал новгородский монах-переписчик Мокий, — повеление от царя и великого князя Иванна по многим градом писати святыа книгы». Одни переписчики охотно исполняли свой урок, другие — «не по воли». Когда Мокий отказался писать выпавшие на его долю «тетради», местный дьяк Ф. Сырков сделал ему грозное внушение — «прещение велико с яростью». Благодаря разверстке, тома Миней, предназначенные для Успенского собора в Кремле и лично для царя Ивана, были закончены в короткое время. По своему объему они вдвое превосходили софийский экземпляр. К работе были привлечены русские и славянские писатели — Ермолай-Еразм, Василий Тучков, дьяк Дмитрий Герасимов, Илья Пресвитер, сербский писатель монах Лев Филолог и другие лица. Великие Минеи-Четьи включали Священное писание с толкованиями, евангелия, патерики, книги Иоанна Златоуста, Василия Великого, русских писателей Иосифа Волоцкого и других, Кормчую книгу, ряд церковных актов, «Иудейскую войну» Иосифа Флавия, сочинение о Вселенной — «Космографию» Кузьмы Индикоплова, апокрифы, жития новых московских чудотворцев, канонизированных в середине XVI века. Минеи состояли из 12 рукописных томов, объемом более 13 тысяч листов большого формата.

До шестидесяти лет Макарий управлял новгородской церковью, а затем занял митрополичий престол. Одни историки называли его прямым ставленником «партии реакционных бояр» в лице Шуйских. Другие полагали, что Макария выдвинули служилые люди и его программа заключалась в «ликвидации боярской реакции». Реакционность бояр относится к числу исторических мифов. Период боярского правления был временем подлинного экономического расцвета России. К тому же бояре-опекуны первыми приступили к проведению реформ. Регенты Шуйские не противостояли дворянам, а опирались на них. Поддержка служилых людей позволила им вернуться к власти в 1542 году. Особую роль в перевороте сыграли новгородские помещики. Они «всем городом» поддержали мятеж. Именно их Шуйские послали к Иоасафу, чтобы окончательно согнать его с митрополии.